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牛脱毛性状相关的基因组变异与功能基因筛选: 乌兰吐雅

白羽肉鸡精液品质性状GWAS分析及功能基因筛选: 以精液品质性状和孵化性状为代表的繁殖性状是影响肉鸡生产效益的重要指标,随着肉鸡生长性状的过度选择,公鸡的精液品质出现不同程度降低,带来了极大的经济损失。本研究以快速型白羽肉鸡品系为研究对象,基于55K SNP进行基因分型...; 张高猛; 关键词：白羽肉鸡全基因组关联分析转录组测序

大型迪庆藏猪不同生长阶段腹脂代谢功能基因筛选及其调控网络分析被引量：1: 2023年; [目的]筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段腹脂代谢差异的功能基因并解析其调控网络。[方法]选择胎次相同、出生日期及体质量相近的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组进行育肥试验,分别在体质量达40、80和120 kg屠宰,每组采集3头猪的腹脂进行转录组测序,测序数据经短时间序列表达模式(STEM)趋势分析、功能富集分析和互作网络分析。[结果]40 kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg和40 kg vs 120 kg分别筛选到1517、486和1752个显著差异基因;差异基因STEM分析显示:模块4和1的基因先显著下调后基本不变,模块15、12和11的基因随体质量增加而显著上调,模块0的基因随体质量增加而显著下调;WNT10B、CPT1B和C5AR2位于模块4和1的基因网络核心,PLA2G7、WWTR1、SPP1、SERPINE1和PTPN11位于模块15、12和11的基因网络核心,ADIPOQ、CH25H和IL10位于模块0的基因网络核心;WNT10B和CPT1B等11个基因的qPCR验证结果与转录组测序结果一致。[结论]WNT10B和PTPN11等11个核心基因以协作方式参与大型迪庆藏猪腹膜脂肪代谢调控,结果可为迪庆藏猪的遗传改良提供参考。; 董新星王琳刘金桥严达伟张博邓俊张浩马黎; 关键词：迪庆藏猪调控网络

鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定: 2023年; 本研究根据金定鸭个体蛋质量情况,选择2种极端表型,分为高蛋质量组(WH)和低蛋质量组(WL)。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选组间差异显著基因组区域内的单核苷酸多态性(SNP)位点及相关功能基因,并通过单个样本重测序对筛选的蛋质量相关SNP进行验证,分析各SNP位点不同基因型之间的蛋质量大小差异。研究发现,在低蛋质量组和高蛋质量组获得的高质量reads数量分别为194115424和228089084,共定位到SNP差异显著区间178个,共富集到受选择候选基因40个,而且这些区间和基因均位于Z号染色体。鉴定出候选基因ARSB上Z-22908831、Z-22966695突变位点显著影响300 d、450 d蛋质量,RORB上Z-35251072、Z-35256947突变位点显著影响450 d蛋质量,RORB上Z-35278196突变位点显著影响300 d、450 d蛋质量,RASEF上Z-39588570突变位点显著影响450 d蛋质量。本研究结果为通过分子育种技术提高蛋鸭产蛋性能选育提供了依据,加快了选育进程。; 陶志云朱春红刘宏祥施祖灏章双杰徐文娟宋卫涛王志成李慧芳; 关键词：功能基因

CRISPR-Cas9功能基因筛选技术在肝癌研究中的应用被引量：1: 2022年; 肝癌是全球第四大致死肿瘤,对人类健康构成重大威胁。进展期肝癌缺乏有效靶点,以及目前标准疗法治疗效果有待进一步提高,是肝癌研究领域亟待解决的关键科学问题之一。CRISPR-Cas9功能基因筛选技术促进了肝癌生物学研究的发展,借助该技术,研究者发现了诸多参与肿瘤发生发展的靶基因。此外,无偏倚的CRISPR-Cas9功能基因筛选为探索耐药驱动机制和确定潜在治疗新靶点提供了基础。该文将系统阐述CRISPR-Cas9高通量功能基因筛选技术在肝癌研究领域取得的进展和突破,这些研究将有助于加深人们对肝癌的理解及开辟新的潜在治疗方案。; 曹颖钱若兰杨晨王存覃文新; 关键词：肝癌肝细胞癌肝癌治疗

产S-雌马酚梭菌C1三代全基因组测序及功能基因筛选鉴定: 2022年; 【目的】挖掘产S-雌马酚梭菌C1转化大豆苷元产生S-雌马酚的功能基因,为梭菌C1的S-雌马酚转化机制研究提供参考,并为利用合成生物学方法生产S-雌马酚提供新基因资源。【方法】利用GridION测序平台,对梭菌C1进行第三代全基因组测序、基因组组装和功能注释等分析,从C1菌全基因组中筛选和鉴定参与S-雌马酚生物转化的功能基因。【结果】C1全基因组大小为3035113 bp,预测编码3166个基因,包含53个tRNA、15个rRNA、4个ncRNA和1个基因岛。通过生物信息学分析,发现C1-07020基因编码蛋白与已报道的Lactococcus sp.20-92大豆苷元还原酶具有44.8%的氨基酸序列相似性和相同的3个功能保守结构域,体外蛋白功能验证表明,C1-07020具有大豆苷元还原酶功能。此外,C1菌中没有发现与已知产S-雌马酚菌相似的功能基因簇或大豆苷元还原酶以外的其他功能基因。【结论】在C1中鉴定到一个新的产S-雌马酚功能基因,并发现了C1可能具备特殊的产S-雌马酚机制,实验所获基础数据可为进一步挖掘产S-雌马酚新功能基因、了解S-雌马酚的生成机制及体外产S-雌马酚基因资源的应用提供参考。; 胡云霏阳婷王春霖冯然陈华海李降龙尹业师; 关键词：全基因组功能基因

芍药属中芍药苷生物合成功能基因筛选及丹皮酚合成途径氧甲基转移酶研究: 来源于芍药属中的芍药Paeonia lactiflora Pall.和牡丹Paeonia suffruticosa Andr.分别是中药白芍、赤芍和牡丹皮的原植物来源,这三种中药分别有补肝血、清热凉血及活血化瘀的功效。现...; 郭文鼎; 关键词：芍药苷丹皮酚

小尾寒羊及其与萨福克F1生长发育和肉质相关功能基因筛选及验证: 随着人们生活水平的提高,对羊肉的需求量逐年增加,对羊肉品质的要求也越来越高。目前人们对高品质羊肉的需求和生产相矛盾,通过杂交育种可有效改善羊肉品质及产量。小尾寒羊作为地方优良品种,以高繁殖力著称,但其产肉率较低。萨福克具...; 宋亚丽; 关键词：生长发育差异表达基因小尾寒羊

鸭产蛋量相关遗传变异和功能基因筛选及鉴定: 2022年; 【目的】通过高通量混池重测序和选择清除分析比较鸭不同产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP和基因差异,以筛选和鉴定出鸭产蛋量相关的遗传变异位点和功能基因,为通过分子遗传育种手段提高鸭产蛋性能提供依据。【方法】根据金定鸭群体开产后150 d内个体产蛋量情况,选择2种极端表型,分为高产蛋组(CH)和低产蛋组(CL)。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选不同鸭产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP及相关功能基因,通过单个样本PCR扩增子测序对筛选的产蛋量相关SNP进行验证,对筛选的候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定候选基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径,并分析不同基因型间产蛋量高低差异。【结果】在低产蛋量组和高产蛋量组分别获得192071438和229836820条的clean reads,共定位到的SNP差异极显著区间为1368个,受选择候选基因为214个,而且这些区间和基因主要位于Z号染色体,主要包括KDM 4 C、LURAP 1 L、PTCH 1、PRUNE 2、TRPM 3和VPS 13 AD等基因。验证结果表明重测序结果准确。GO功能分析表明,受选择基因在分子功能、细胞组分和生物过程3个本体中均有富集。KEGG通路富集分析表明,受选择基因主要富集到代谢途径、肌动蛋白骨架调节、真核生物核糖体发生等信号通路。鉴定出候选基因KDM 4 C上Z-28286537、Z-28286879、Z-28288421、Z-28434122和Z-28436368位点,LURAP1L基因上Z-30802227位点、TRPM3基因上Z-36500134、Z-36503668、Z-36534782、Z-36684262、Z-36710928和Z-36732487位点,VPS13A基因上Z-37498270和Z-37513004位点,PTCH1基因上Z-41510597位点显著影响鸭的产蛋量(P<0.05)。【结论】鸭Z号染色体上存在多个与鸭产蛋量显著相关的SNPs位点及相关基因,本研究结果为通过分子遗传育种手段提高蛋鸭产蛋性能提供了依据。; 陶志云朱春红刘宏祥施祖灏章双杰徐文娟宋卫涛王志成李慧芳; 关键词：产蛋量功能基因

功能基因筛选和鉴定策略的研究进展及其优缺点被引量：1: 2022年; 筛选和鉴定功能基因是研究各种生物学表型发生分子机制的关键步骤,也是人类后基因组时代主要研究内容之一。传统遗传学、全基因组关联分析、表达谱差异、基因组测序、生物信息学等基于正向遗传学的筛选方法和cDNA文库、RNA干扰、CRISPR/Cas9技术、插入突变、模式生物等基于反向遗传学的筛选策略已被应用于筛选和鉴定功能基因,各种技术方法均具备各自的优势和缺陷,但可相互结合使用,发挥各自优点。; 刘旭常德王俊锋; 关键词：功能基因生物信息学模式生物

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