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基于图嵌入与集成学习的真核启动子预测研究: 对于真核生物而言,启动子是承载基因转录过程的关键角色,也是调控基因选择性表达的必要环节。从真核生物序列数据中对启动子进行预测,有助于更全面地了解启动子的表现多样性和结构复杂性,在系统调节的分子机理、临床疾病的发展机制以及...; 邰诗文; 关键词：启动子预测图嵌入

基于知识图谱和基因预训练的启动子预测研究与应用: 在生物学领域,通过使用人工智能技术对分子和蛋白质的结构和功能进行学习,进而对后续药物的设计起到很大的推动作用。特别的,启动子位于基因的上游区域,通过与转录因子相互作用来调控基因的转录,可以从一定程度揭示基因调控的机制,为...; 张孟垚; 关键词：启动子预测知识图谱

一种跨多物种的启动子预测方法及系统: 本公开属于数据处理技术领域，提供了一种跨多物种的启动子预测方法及系统。该方法包括，获取DNA序列，分别提取所述DNA序列的第一特征和第二特征；基于所述第一特征，采用随机森林模型，得到第一预测概率值；基于第二特征，采用卷积...; 吴昊张鹏宇

基于DenseNet和注意力模块的增强子和启动子预测研究: 基因是生物体DNA上存储遗传信息的功能区域，通过一系列的转录和翻译过程，基因信息被传递到蛋白质中，从而决定了生物体的外在表型特征。增强子和启动子是基因组中的关键调节元件，它们和转录因子相互作用，促进基因的转录活性，从而调...; 雷如峰; 关键词：增强子启动子调控网络

iProm-W2V:一种基于词嵌入的人类TATA启动子预测模型: 2024年; TATA启动子是人类基因表达调控的关键元件,因此准确识别人类TATA启动子具有重要的现实意义。本文基于深度学习技术,提出了一种名为iProm-W2V的人类TATA启动子预测模型。iProm-W2V模型通过词嵌入方法提取了启动子序列的特征,并融合了卷积层、双向长短时记忆网络等先进架构,从而实现了对人类TATA启动子的精准预测。实验结果表明,iProm-W2V模型具有出色的人类TATA启动子预测能力。; 吴鹏黄威刘波刘振林; 关键词：卷积神经网络

基于DNABERT编码的启动子预测模型被引量：1: 2023年; 启动子是位于基因上游区域的特定DNA序列,通过识别和预测DNA序列中的启动子,可以更好地理解基因调控的机制,促进生物学和医学研究的进展。通过实验的方法来预测启动子既昂贵又费时,而通过计算方法进行启动子预测同样存在不足之处,如精度有待提升、序列编码方式所包含的信息量不足等。该文提出了一种新的编码方式,将预训练模型DNABERT应用于启动子预测的编码,并测试了使用不同深度学习模型进行预测的效果。实验结果表明,使用经过预训练和微调的DNABERT进行编码的Transformer模型在启动子预测任务中取得了较好的效果。; 李伟豪刘喆林关宁; 关键词：启动子预测 DNA编码

基于迁移学习的启动子预测研究: 基因表达的第一步是转录，而控制转录过程的关键部分是启动子序列，目前启动子识别已在多种疾病的研究中得以应用。近年来，深度学习因其具备精准而快速的识别能力被广泛应用于生物序列的计算预测。然而，当使用深度网络对启动子进行识别研...; 徐玉桥; 关键词：启动子预测

基于迁移学习的人类和噬菌体启动子预测方法研究: 启动子在基因转录调控过程中起到至关重要的作用。精确识别启动子序列可以帮助生物学家进一步改进基因组注释并指导实验设计，以阐明基因转录调控机制。得益于测序技术的进步，更多经过实验验证的启动子序列已经公开，为构建启动子计算工具...; 张俊寅; 关键词：启动子预测卷积神经网络

猪miR-23a-27a-24簇启动子预测及活性分析被引量：1: 2023年; 目的本研究旨在对猪miR-23a-27a-24簇(miR-23a-27a-24 cluster)的潜在启动子区域进行预测和分析,为进一步探索miR-23a-27a-24基因对猪转录调控机制的研究奠定基础。方法利于生物信息学分析猪miR-23a-27a-24簇的启动子区域、CpG岛及其潜在的转录因子;利用截短突变和PCR技术克隆得到5个逐级缺失的miR-23a-27a-24基因启动子片段,构建双荧光素酶报告载体,通过检测各载体的双荧光素酶活性获得miR-23a-27a-24基因的核心启动子区域。结果 pGL3-cMiR启动子在猪miR-23a-27a-24簇上游341bp至994bp区荧光素酶活性最强,为pGL3-basic空载体活性的5.02倍(P<0.05),视为miR-23a-27a-24簇核心启动区。生物信息学分析表明:猪miR-23a-27a-24簇启动子区不含CpG岛,其核心启动子区可能存在SP1、VDR、MAZ、YY1、E2F1和ELF1六种潜在的转录因子结合位点。结论本研究构建并确定了猪miR-23a-27a-24簇核心启动子区域,可为今后开展猪miR-23a-27a-24簇的转录调控机制奠定基础。; 李清春孙晓梅孙敬礼黄涛; 关键词：启动子转录调控

基于深度神经网络的微拟球藻启动子预测: 启动子位于DNA序列中转录起始位点附近的非编码区域，是基因转录激活的关键调控元件。微拟球藻是一种重要的工业产油微藻，其启动子的准确识别有助于加速基因工程技术的发展，实现它的复杂代谢控制和合成生物学策略，有利于改良微藻推动...; 庞珍珍; 关键词：神经网络启动子

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