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- 一种好氧堆肥过程中抗生素耐药基因变化的预测方法
- 本发明涉及一种好氧堆肥过程中抗生素耐药基因变化的预测方法,通过数据挖掘猪粪好氧堆肥过程中各因素对ARGs的影响;利用机器学习模型预测猪粪堆肥过程中ARGs的变化率;并通过SHAP分析对XGBoost黑盒模型进行解释。本发...
- 吴楠于晓慧王晴王智强李妍王文豪
- 肠炎沙门氏菌sm140与其噬菌体共进化过程中抗感染/感染相关基因变化的研究
- 肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis,SE)是一类重要的食源性致病菌,感染人和动物胃肠道,可引起严重的腹泻甚至死亡。在当前抗生素耐药性日益增加的背景下,探索有效的沙门氏菌防控策略尤为重要。噬菌体作为...
- 曾宇坤
- 关键词:肠炎沙门氏菌噬菌体
- 复合修复剂协同生物电化学修复铅污染土壤体系中抗性基因变化及驱动机制
- 铅污染土壤中存在的微生物兼具重金属及多种抗生素抗性,引发的抗生素抗性基因(Antibiotics Resistance Genes,ARGs)增殖与传播会对公共健康构成潜在威胁,其生态毒理学效应已成为世界面临的重大环境问...
- 曹雨徽
- 关键词:抗性基因
- 动态监测肺癌患者基因变化规律及其预后意义
- 2023年
- 背景以表皮生长因子酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKIs)为代表的靶向治疗显著延长了EGFR突变患者的生存期,且不良反应相对较轻,已成为晚期驱动基因阳性非小细胞肺癌(NSCLC)患者的首选治疗方式。以基因检测的方式动态监测NSCLC患者治疗进展及进展后的基因突变规律,将有助于为患者提供更切实有效、更长期稳定的个体化靶向治疗指导。目的比较NSCLC疾病进展前后的基因突变特征差异,分析动态监测肺癌患者基因规律及其预后意义。方法本研究收集2007—2021年于中日友好医院中西医结合肿瘤内科及肺癌中心门诊或住院进行基因检测的NSCLC患者数据,建立肺癌基因检测数据库,记录患者进展前后基因检测的数目和结果。根据基因清除情况分为基因清除型组与非基因清除型组,比较两组的基线特征、生存情况。结果筛选入组并成功随访至临床终点患者共217例。进展前后组织样本总基因突变分布,野生型由70例(32.3%)变化为95例(43.8%),突变型由147例(67.7%)到122例(56.2%),19DEL突变由64例(29.5%)到67例(19.8%),21 L858R突变由74例(34.1%)到64例(24.0%),T790M突变由2例(0.9%)到45例(20.7%),TP53等少见突变或合并少见突变由20例(9.2%)到84例(38.7%)。217例NSCLC患者基因清除型67例,非基因清除型150例。基因清除型组与非基因清除型组患者除肺病史(P=0.032)及靶向治疗史(P=0.001)比较,差异有统计学意义。基因清除型组与非基因清除型组中位无进展生存期(PFS)分别为9.8个月和11.8个月,差异无统计学意义[HR=0.89,95%CI(0.66,1.20),P=0.310]。134例晚期患者基因清除型与非基因清除型中位PFS分别为8.1个月和9.8个月,差异无统计学意义[HR=0.83,95%CI(0.58,1.19),P=0.359]。基因清除型组与非基因清除型组中位总生存期(OS)分别为50.5个月和28.5个月,差异有统计学意义[HR=0.56,95%CI(0.41,0.78),P<0.0001]。134例晚期NSCLC患者基因清除型与非基因清除�
- 薛崇祥鲁星妤刘哲宁董慧静郑玉敏崔慧娟
- 关键词:表皮生长因子表皮生长因子受体抑制剂基因检测肿瘤进展预后
- 基于转录组分析高温胁迫下云南山茶抗氧化酶相关基因变化规律
- 2023年
- 【目的】探究云南山茶对高温胁迫的内在响应机理,筛选参与抗高温胁迫的抗氧化酶相关基因,并分析抗氧化酶相关基因的变化规律。【方法】选择40℃为胁迫温度对云南山茶幼苗进行处理,并在0、24、72h、re48 h(恢复48 h)、re72 h(恢复72 h)的时间节点,测定云南山茶叶片的抗氧化酶活性,同时对云南山茶叶片进行转录组测序,筛选出可能参与高温调控的抗氧化酶相关基因,对其富集通路进行分析并探究相关基因的变化规律。【结果】40℃高温胁迫下,云南山茶通过提高超氧化歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)等抗氧化酶活性来抵御高温胁迫;与CAT和SOD相关的基因集中富集在KEGG过氧化物酶体(Peroxisome)通路上,POD相关基因则富集在苯丙烷生物合成(Phenylpropanoid biosynthesis)通路中。CrSOD1、CrSOD10等5条基因的表达量与SOD活性变化趋势一致,而CrSOD5和CrSOD6等8条基因的表达规律与SOD活性变化趋势相反。其中CrSOD10、CrSOD20以及CrSOD17这3条基因与SOD活性有显著相关性(P<0.05)。CAT的相关基因中,未发现与CAT活性变化趋势一致的基因。CrPOD51和CrPOD58表达量与POD活性变化规律相同,CrPOD73等基因则存在相反的表达规律,其中CrPOD2等32条基因的表达量与POD活性呈极显著相关(P<0.01)。【结论】探究了云南山茶在高温胁迫下抗氧化酶相关差异基因的变化规律,发现了在云南山茶对抗高温胁迫的过程中可能起重要作用的抗氧化酶相关基因。
- 柏松张冰林先玉屈燕
- 关键词:高温胁迫云南山茶转录组抗氧化酶基因表达
- 不同贮藏条件下芹菜可溶性糖质量分数及相关基因变化分析被引量:1
- 2023年
- 芹菜(Apium graveolens L.)是伞形科二年生叶菜类蔬菜,可溶性糖是叶菜类蔬菜的重要营养成分之一。作者选取‘四季小香芹’和‘六合黄心芹’为试材,测定其在室温(25℃)、低温(4℃)和室温黑暗(25℃)条件下贮藏0、6、24、30、48、54 h的可溶性糖质量分数,利用实时荧光定量PCR技术检测可溶性糖代谢相关基因(AgIVR1、AgSPP、AgSPS、AgSS1和AgUDPG)的表达特性。结果显示:3种贮藏条件下芹菜可溶性糖质量分数存在品种和组织差异性,‘四季小香芹’可溶性糖质量分数高于‘六合黄心芹’;叶柄可溶性糖质量分数高于叶片;不同贮藏条件下可溶性糖质量分数无明显变化规律。低温贮藏至54 h时,2种芹菜AgSS1基因的表达量均显著上升;不同贮藏条件下芹菜的AgSPS基因表达量整体都呈下降趋势;不同基因之间可能通过互作共同调节芹菜贮藏过程中可溶性糖质量分数的变化,可溶性糖积累量与相关基因的变化有关。
- 贾敏朱胜琪王雅慧谭杉杉刘洁霞陶建平熊爱生
- 关键词:芹菜贮藏可溶性糖叶柄
- Dysbindin转基因小鼠心肌肥厚模型中基因变化
- 2022年
- 目的探讨Dysbindin转基因小鼠不同心肌肥厚模型心肌肥厚标志基因的表达。方法构建cTNT-Dysbindin-IRES-EGFP-polyA质粒,受精卵原核显微注射C57BL/6小鼠,建立Dysbindin转基因小鼠。采用异丙肾上腺素(Isoprotemol,ISO)和胸主动脉缩窄(Thoracic aorta constriction,TAC)诱导心肌肥厚。造模结束,称取小鼠体重、心脏重量,计算心脏重量指数(HW/BW);采用qRT-PCR检测心肌肥厚标志基因表达。结果应用PCR扩增产物和GFP阳性验证Dysbindin转基因小鼠特异性表达在心肌。ISO组和TAC组转基因小鼠和野生型小鼠的HW/BW和心肌肥厚标志基因升高,与野生型小鼠比较,转基因小鼠心房利钠肽(ANP)和-肌球蛋白重链(-MHC)基因表达水平降低。结论Dysbindin转基因小鼠对于ISO和TAC诱导心肌肥厚有减轻作用,ANP和-MHC降低优于脑钠钛(BNP)。
- 蒋珍妮朱国能王迎超赵文胜
- 关键词:DYSBINDIN转基因心肌肥厚
- 裂片石莼和土霉素复合压力下弧菌群落及耐药基因变化特性研究
- 2022年
- 近年来,水产养殖病源弧菌污染及其耐药性问题备受关注,本研究首次采用宏基因组测序技术分析了海水养殖沉积物在大型海藻裂片石莼(12 g·L^(-1))与不同浓度(0、10、100、500μg·L^(-1))土霉素作用3个月后,弧菌群落结构及其耐药基因变化特性.结果表明,经裂片石莼诱导培养后,沉积物中弧菌属相对丰度降低了0.22%,但对弧菌多样性和弧菌耐药基因含量提升明显.裂片石莼和土霉素复合压力下,100μg·L^(-1)土霉素对弧菌群落多样性及弧菌耐药基因影响最大,而500μg·L^(-1)对其影响最小.沉积物弧菌属共检测出21种耐药基因,多为BL1_fox、BL2be_per、BL2_veb等β-内酰胺类耐药基因.裂片石莼能减少耐药基因tetPB富集,而进一步添加土霉素能诱导产生VatB、BcrA耐药基因.此外,弧菌耐药基因迁移与转化还受弧菌群落结构变化影响.
- 肖昌延乔燕骆玉琴冯丽娟
- 关键词:土霉素耐药基因
- 转录组测序分析急、慢性乙型肝炎患者外周血单个核细胞基因变化
- 2022年
- 目的筛选急性乙型肝炎(acutehepatitisB,AHB)和慢性乙型肝炎(chronichepatitisB,CHB)外周血单个核细胞中异常表达基因。方法收集在右江民族医学院附属医院就诊的3例AHB与3例CHB外周血,分离单个核细胞,提取RNA后进行转录组测序,根据P<0.05且|log2FC|>1计算两组样本的表达差异,绘制差异基因热图。对差异基因进行GO功能与KEGG信号通路聚类。结果AHB组和CHB组两组间满足P<0.05且|log2FC|>1差异条件的基因共计725个,其中上调372个,下调353个。差异基因主要富集的GO功能:微管发生功能、内源性刺激反应功能、组织发生功能、细胞增殖调控功能与细胞增殖功能和细胞外区域功能。差异基因主要富集的KEGG信号通路:PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、硫胺素代谢通路、癌症转录失调和IL-17信号通路。结论提供了AHB和CHB外周血单个核细胞中差异表达基因变化的一般情况与可能调控功能和通路,可能有助于阐明AHB和CHB的发展机制。
- 钟丽梅韦武均黄晶晶胡仁统林成黎作茶韦家柱陈晓昊周律
- 关键词:转录组测序单个核细胞差异表达基因
- 森林土壤磷循环功能基因变化特征及其影响因素
- 微生物在土壤磷循环中起着举足轻重的作用,然而森林土壤中微生物磷循环功能基因在海拔和纬度上的变化,以及森林土壤微生物磷循环功能基因的调节机制尚不明确。因此,我们分别选取了秦岭太白山1503 m、1915 m、2451 m、...
- 李益
- 关键词:海拔梯度纬度梯度功能基因
相关作者
- 司炳银

- 作品数:77被引量:419H指数:9
- 供职机构:军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室
- 研究主题:森林脑炎病毒 登革2型病毒 登革热病毒 非典型肺炎 基因组
- 朱明华

- 作品数:327被引量:1,414H指数:18
- 供职机构:第二军医大学附属长海医院
- 研究主题:病理学 胰腺肿瘤 P53 胰腺癌 免疫组织化学
- 蔡岩

- 作品数:89被引量:207H指数:6
- 供职机构:中国医学科学院肿瘤医院
- 研究主题:食管癌 食管鳞癌 预后判断 食管肿瘤 结直肠癌
- 王建春

- 作品数:71被引量:248H指数:7
- 供职机构:山东省立医院
- 研究主题:钙调神经磷酸酶 多态性 老年人 心房颤动 淋巴细胞
- 徐昕

- 作品数:104被引量:262H指数:8
- 供职机构:中国医学科学院肿瘤医院
- 研究主题:食管癌 食管鳞癌 食管肿瘤 预后判断 荧光原位杂交