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密码子被引量：5: 1997年; 钱留华; 关键词：遗传密码密码子

用于密码子扩展的突变tRNA: 在一些实施方案中，本公开涉及其中反密码子的第一个字母已被替换为赖胞苷或胍丁胞苷的突变tRNA，以及包含突变tRNA的翻译系统。在具体实施方案中，本公开提供了能够选择性翻译密码子NNA的突变tRNA。在另一个实施方案中，本...; 筱原正次郎谷口贵昭美细津美树西村香绪梨岩桥万奈江村岳中野効彦田中正彦大岳崇伦太田淳

马尔堡病毒密码子偏爱性分析: 2024年; 目的分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphpad Prism 9.5软件进行绘图。结果 MARV7种蛋白ENC均值分布在49.84~60.92之间,CAI值接近0.7。RSCU结果显示GCA、AGA、AAU、GAA、GGA、AUU、CCU、ACA是7种蛋白的共有高频密码子,其中具有偏爱性的密码子多以A/U结尾。中性分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明MARV密码子使用偏爱性是由突变压力、自然选择和其它多种因素共同作用形成的,其中自然选择占主导作用。将MARV密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和杆状病毒4种常见表达系统进行比较,发现MARV与大肠埃希菌密码子使用频率更为接近。结论 MARV密码子使用偏爱性由多种因素共同作用形成的,自然选择占主导作用。大肠埃希菌表达系统更适合作为马尔堡病毒蛋白的体外表达。; 李健晴刘奇王聪孟余; 关键词：马尔堡病毒密码子偏爱性自然选择

编码FIX蛋白的密码子优化核酸: 本申请涉及遗传学、基因疗法和分子生物学的领域。更具体地，本发明涉及编码FIX(凝血因子IX)蛋白的分离的密码子优化核酸、基于其的表达盒和载体、以及用于提高FIX基因在目标细胞中的表达的基于AAV5(腺相关病毒血清型5)的...; A·V·普罗科菲耶夫P·M·格绍维奇A·N·斯特雷科娃N·A·斯皮里纳T·E·舒加娃D·V·莫洛佐夫

枸杞叶绿体基因组密码子偏好性分析: 2024年; 目的探究枸杞密码子的使用模式及影响因素。方法基于中国枸杞Lycium chinense、黄果枸杞L.barbarum和白果枸杞L.ruthenicum的叶绿体基因组,利用CodonW 1.4.2软件、Python软件和Excel软件等分析枸杞密码子使用偏性。结果3个枸杞叶绿体基因组具有相似的密码子使用模式,密码子第3位碱基平均GC含量为25.68%~25.77%;3个枸杞的ENC值均在35以上,表明枸杞叶绿体基因组密码子偏性较弱。ENC-plot、PR2-plot和中性分析结果显示枸杞叶绿体基因组密码子偏性主要受自然选择影响。基于相对同义密码子分析,枸杞植物中共有最优密码子13个。结论枸杞叶绿体基因组密码子第3位碱基主要以A/T结尾,且密码子偏性主要受自然选择的影响。通过对枸杞植物的聚类分析,揭示了枸杞植物的遗传关系以及枸杞植物密码子使用模式的影响因素,为后续探究枸杞植物的系统发育提供参考。; 杜雨李效雄贾西贝胡晓桐刘筠马彦军; 关键词：枸杞叶绿体基因组密码子偏好性聚类分析

猴痘病毒密码子偏爱性变迁分析被引量：1: 2024年; 目的了解猴痘病毒(mpox)密码子使用偏爱性特点,探讨影响其密码子使用偏爱性的主要因素。方法从NCBI数据库中下载1260条mpox全基因编码序列,选择包括6种突变明显的蛋白编码序列(包括3个毒力基因和3个膜蛋白),运用软件CodonW、EMBOSS、IBM SPSS Statistics 26和SigmaPlot 14.0进行数据分析和绘图分析。结果mpox 6种蛋白ENC取值范围为40.65~52.24,CAI均值为0.64±0.03。ENC-plot、中性绘图及PR2-plot分析表明突变为影响mpox密码子偏爱性的主要因素。基于密码子使用偏爱性的聚类分析显示6种蛋白聚类相似,其中2003-2016毒株和标准株Zaire-96-I-16聚为一类,2017-2021和2022至今的毒株聚为一类。结论mpox 6种蛋白密码子主要受突变的影响,其偏爱性有增加趋势。2017年以后的毒株密码子偏爱性发生较大改变,需要进一步加强监测。; 杨曼清单静李亚飞罗春雨刘奇; 关键词：猴痘病毒密码子偏爱性进化

米槠叶绿体基因组密码子偏好性分析: 2024年; 利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP分析米槠叶绿体基因组密码子的偏好性,并将筛选出的50条叶绿体基因组基因分成7类。结果显示,米槠叶绿体基因组密码子第3位GC平均含量为29.03%,有31个密码子RSCU值大于1,其中29个以A或U为结尾,表明该物种密码子偏好以A或U结尾。ENC范围为38.42~56.53,平均值为48.05,CAI平均值为0.168,说明密码子使用偏好性低。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析均表明,选择压力是影响密码子偏好性的主要因素。有12个最优密码子被筛选出来,其中9个以U或A结尾。利用CDS序列构建的系统演化树和用RSCU值构建的聚类树状图有部分一致,表明密码子偏好性与物种进化关系有关。; 江淑珍连辉熊远芳张赛陈世品; 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性系统发育分析

葫芦巴叶绿体基因组密码子偏好性分析被引量：1: 2024年; 为探究葫芦巴(Trigonella foenum-graecum L.)叶绿体基因组密码子的使用偏好性,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对筛选到的50条蛋白质编码序列密码子进行分析。结果表明:葫芦巴叶绿体基因组密码子末位碱基以A/U为主,GC含量仅为26.25%。ENC取值范围为35.05~53.66,且ENC值>45的有20个,说明葫芦巴大部分基因编码序列的密码子偏性较强。RSCU≥1的密码子有30个,其中16个以U结尾、13个以A结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析及PR2-plot偏倚分析结果发现,葫芦巴叶绿体基因组密码子使用偏好性受到突变压力等多种因素的影响,主要因素为自然选择。最终筛选出GCU,AGA,CGU等21个密码子为最优密码子。; 杜明川王伟鲍海娟格措张蕊王久利刘晶; 关键词：葫芦巴叶绿体基因组密码子偏好性

大叶榉树叶绿体基因组密码子偏好性分析被引量：1: 2024年; 【目的】探明珍贵用材树种大叶榉树叶绿体基因组密码子使用偏性及其偏性形成的主要因素,为利用大叶榉树叶绿体基因工程中优良基因及提高基因表达效率等提供参考依据。【方法】运用CodonW1.4.2和CUSP等分析大叶榉树叶绿体基因组的54条CDS。【结果】大叶榉树叶绿体基因组密码子第3位碱基的GC含量为26.70%,显著低于第1位的46.39%和第2位的38.94%;ENC值为35.94~61.00,且ENC值大于45的CDS有45个,占总参试基因的83.33%,说明大叶榉树叶绿体基因组CDS区的密码子偏性较弱;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析表明,自然选择是大叶榉树叶绿体基因组密码子偏好性的主要影响因素;PR2-plot分析表明,大部分基因位于第三象限,基因第3位的碱基对T、C的偏好性强;叶绿体基因组RSCU值大于1的有26个密码子,偏好以A或U碱基结尾,其中,以U结尾的有11个密码子,以A结尾的有12个密码子,以G结尾的有3个密码子。【结论】大叶榉树叶绿体基因组密码子使用偏好性受多种因素影响,其中,自然选择是主要的影响因素,叶绿体密码子第3位的GC含量对其基因组密码子偏好性影响显著,UUG、AUU、UCU、CCU、UGA和AGG为大叶榉树的最优密码子。; 颜凤霞姜运力; 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性

‘波邦’咖啡叶绿体基因组密码子使用特征研究: 2024年; 本研究对小粒咖啡‘波邦’叶绿体基因组进行系统分析,探讨影响密码子使用偏性形成的因素。结果表明,‘波邦’叶绿体基因组密码子偏好性较弱,倾向于A/T结尾的密码子。ENC-GC3s绘图、PR2绘图以及中性绘图分析表明,‘波邦’密码子偏好性受突变影响的同时,也受自然选择等因素的影响,但自然选择起到更大的作用。进一步对应分析发现,基因表达水平、基因长度、GC含量对‘波邦’密码子偏性也有影响。密码子使用频率结果表明,拟南芥、烟草和酿酒酵母可考虑作为‘波邦’基因的表达受体系统,其中,烟草与酿酒酵母更为理想。研究表明,在‘波邦’中发现了GCT、TGT、GAT等20个高频密码子,确定了GCA、GCT、TGT等21个最优密码子。; 李亚麒李贵平李亚男付兴飞黄家雄毕晓菲喻好好刘德欣胡发广; 关键词：小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性

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