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郑州地区犬细小病毒VP2基因遗传进化分析: 2024年; 为了解郑州地区犬细小病毒(CPV)的流行特征及遗传变异情况,采集81份2017—2022年郑州市疑似感染CPV犬的粪便或肛门拭子进行PCR检测。随机挑选出21份经PCR检测的CPV阳性样本,扩增其VP2基因,连接至载体并测序,用MegAlign软件对流行株进行同源性和氨基酸变异分析,并通过MEGA6.0软件构建基因遗传进化树。结果显示:2017—2018年郑州地区CPV流行基因型为New CPV-2a亚型,2019—2022年则以CPV-2c亚型为主导。21株CPV流行株与疫苗株的核苷酸同源性为98.3%~99.0%,其中CPV-79流行株与疫苗株的核苷酸同源性最低,仅为98.3%,且该毒株在VP2蛋白GH环区出现多位点氨基酸突变;部分CPV-2c亚型流行株第5和370位氨基酸出现A到G和Q到R的变异。研究结果表明:郑州地区当前流行基因型为CPV-2c亚型,虽出现多位点氨基酸突变,但未形成明显的国内进化分支。值得注意的是,New CPV-2a亚型在进化过程中形成了不同分支且存在抗原突变的风险。本研究丰富了郑州地区CPV的分子流行病学调查数据,也为我国CPV流行疫苗株的研制奠定了基础。; 张爱国温良海陈廷毅王艺格胡梦真马琰君靳双星黄啟雪张瑶宋超; 关键词：犬细小病毒 VP2基因遗传进化分析

四株水貂肠炎病毒的分离鉴定及遗传进化分析: 2024年; 为了调查我国水貂肠炎病毒(mink enteritis virus,MEV)的流行情况,本研究以山东某水貂养殖场疑似发生水貂病毒性肠炎的病貂为材料,对其进行剖检以及病原检测。将PCR检测为MEV阳性的水貂肠道内容物处理后用F81细胞进行病毒分离培养,通过电镜形态学观察、血清学、分子生物学等方法证实,分离出的4株病毒为MEV毒株,分别将其命名为MEV SD-1、MEV SD-4、MEV SD-5和MEV SD-6。完成了这4株病毒的近全基因组序列测定分析,对分离株之间以及与参考毒株的主要蛋白氨基酸序列进行了同源性比较。结果显示分离株之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为99.5%~99.7%和99%~99.9%,而分离株与GenBank的32株参考序列之间VP2和NS1蛋白的氨基酸相似性分别为96.5%~99.7%和98.4%~99.6%。本研究结果为进一步开展MEV的流行病学调查、疫苗研制以及诊断方法研究奠定了基础。; 孟祥书陈汉郭杰姚梦凡和彦良陈超阳孙见李丽敏刘聚祥程悦宁王建科; 关键词：水貂肠炎病毒遗传进化分析

鹅细小病毒强毒株的分离鉴定与遗传进化分析: 2024年; 为了了解齐齐哈尔地区鹅细小病毒(GPV)现地强毒株的流行及抗原变异情况,试验从齐齐哈尔龙江县某养殖场采集疑似小鹅瘟病死雏鹅的肝脾病料进行病毒分离培养,对获得的疑似尿囊液进行PCR检测、血凝性检测、动物回归试验及VP3基因序列分析。结果表明,分离到的病毒株能使12日龄鹅胚在144 h内死亡;血凝性检测未检测出血凝价;动物回归试验,可复制该病,致使5日龄雏鹅在96~144 h内全部死亡;VP3基因PCR扩增条带大约为1 600 bp,与目的条带大小相符;对其进行序列分析,判定该分离株为鹅细小病毒毒株,与我室之前分离鉴定的鹅细小病毒HH10强毒株核苷酸同源性为98.17%,与标准B株核苷酸同源性为97.13%。说明鹅细小病毒基因保守。; 王志强黄宇翔邹跃张红杨昊天董佳强杨坤; 关键词：鹅细小病毒动物回归试验遗传进化分析

河北省牛梨形虫流行病学调查及遗传进化分析: 2024年; 为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。; 孙通宝陈丽凤邹亚学吴晨雨果欣雨张雪晴王秋悦; 关键词：泰勒虫遗传进化分析

蓝狐细小病毒VP2基因的测序及遗传进化分析: 2024年; 目的探究山东省潍坊市蓝狐细小病毒VP2基因的遗传进化特征,了解国内蓝狐细小病毒流行毒株的分子特性。方法根据GenBank公布的BFPV及CPV参考株基因序列设计VP2基因引物,应用细小病毒PCR检测方法对来自山东省潍坊市某蓝狐养殖场的健康和腹泻粪便样品进行核酸检测,扩增核酸阳性样品的VP2全基因序列,使用MegAlign软件进行拼接整理,之后借助DNASTAR和MEGA7.0软件构建进化树进行遗传进化分析并完成核苷酸与氨基酸序列分析。结果20份样品中有15份样品(9份腹泻蓝狐样品、6份健康蓝狐样品)均呈细小病毒核酸阳性且扩增出符合预期长度的VP2基因特异性条带。序列同源性比对结果显示,BFPV/WF/2023株与国内CPV-2c参考株同源性最高,可达99.7%~99.9%,与疫苗参考株(CPV-2)同源性为98.7%;与FPV、MEV、BFPV参考株同源性最低,为98.1%~98.4%。系统进化树结果显示,BFPV/WF/2023株与国内CPV-2c参考株处于一个大分支且与BFPV参考株距离较远。蛋白氨基酸分析结果显示,BFPV/WF/2023株与国内CPV-2c参考株关键氨基酸位点(297 A、324 I、370 R、426 E)一致。结论山东省潍坊市健康和腹泻的蓝狐种群中均存在细小病毒感染,且蓝狐细小病毒已演变为犬科的优势毒株CPV-2c亚型,需加强对狐细小病毒感染情况的追踪和监测。; 曹思凡祁少华王建忠赵永坤闫飞虎冯娜夏咸柱; 关键词：VP2基因基因型遗传进化

新疆地区犊牛冠状病毒的病原调查及S基因的遗传进化分析: 2024年; 采集了新疆8个地区15个牛场421份4月龄内犊牛的肛拭子,应用RT-PCR方法扩增牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)N基因和S基因,对S基因蛋白序列进行遗传进化分析。结果显示,BCoV个体核酸阳性率为19.91%(67/421),7~30日龄犊牛阳性率为33.59%(44/131),有临床腹泻症状犊牛的核酸阳性率为18.21%(57/313),伊犁地区最高34.88%(15/43);获得3条S基因序列,全长分别为4092、4092、4093bp,与参考序列核苷酸同源性为98.88%~99.46%;遗传进化分析显示3条S基因与国内四川毒株SWUN/NMG-13(MW711304.1)和BCOVChina/SWUN/LN4(MK095182.1)核苷酸同源性最近,为99.3%~99.4%,均属于GⅡ型;与国内外17株参考毒株相比,所测毒株存在23个氨基酸位点突变,均在I113V、D115A、S501P和T510S位点出现突变。结果表明,新疆地区1~4月龄犊牛普遍存在BCoV感染,且S蛋白存在部分突变。本研究揭示了新疆牛场犊牛BCoV不同月龄和地域流行分布及其S蛋白的变异特征,为BCoV防制提供了依据。; 贾开文操义恒胡亚辉党士荣钟发钢赵文娟吴桐忠韩猛立张星星张倩周霞黄新; 关键词：牛冠状病毒流行病学调查 S基因遗传进化分析

病毒宏基因组学检测猪博卡病毒及其遗传进化分析: 2024年; 为了探明导致某养猪场中仔猪腹泻的病原,本试验将患病仔猪样本处理并提取核酸后进行病毒宏基因组测序,对测序结果进行序列比对分析和遗传进化分析,并对样本核酸进行PCR检测验证。结果显示,RNA样本中只注释到A型流感病毒(H1N1和H3N2),读数比为6.8%,未发现其他猪病相关RNA病毒。DNA样本注释到的病毒主要为猪博卡病毒(PBoV),读数比为34.5%,命名为PBoV-SDPD-2022;其余猪病相关病毒包括猪巨细胞病毒、猪乳腺腺病毒和猪细环病毒,读数比均小于1.0%。基于全基因组、NS 1基因和VP 1基因构建的系统发育进化树均显示,PBoV-SDPD-2022与参考毒株PBoV3_VIRES_HuB01_C1处于同一分支,属于PBoV G3群。与21株参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为49.6%~97.2%和38.5%~95.3%;VP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为47.9%~97.9%和34.8%~98.8%;NP1蛋白的编码基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为35.2%~98.5%和26.9%~97.4%。与G3群参考毒株相比,PBoV-SDPD-2022 NS1蛋白在第654位点处有1个氨基酸的缺失;VP1蛋白在第151、152位点处有2个氨基酸的插入,且包含基序YLGPF(VPl aa 18~22)和HDLAY(VP1 aa 41~45);NP1蛋白在第15、16、35、36、212位点处发生氨基酸的缺失,在第95位点处有1个氨基酸的插入。PCR检测证实样本核酸为PBoV阳性。结果表明,导致该养猪场仔猪腹泻的优势病原是G3群PBoV。本试验有助于进一步了解我国PBoV基因组序列特征,并为未来PBoV流行病学调查提供了参考依据。; 孙晓瑜单虎黄娟; 关键词：遗传进化分析

河南省猪细小病毒2型流行特征和遗传进化分析: 2024年; 为了解河南省猪细小病毒2型(PPV2)的遗传进化和流行特征,本试验对2021—2022年河南省不同地区猪养殖场送检的759份临床样品进行PCR检测,选取4份不同地区的PPV2阳性样品,对其进行全基因组测序,并与35条国内外PPV2参考序列进行同源性分析、系统发育分析和重组分析。结果显示,送检临床样品PPV2检出率为15.81%(120/759),与猪细小病毒7型(PPV7)、猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的混合感染率依次为35.83%、25.00%和20.83%。鉴定的4株PPV2分别命名为PPV2XM-15/2021、PPV2ZMD-20/2021、PPV2ZK-9/2021和PPV2SQ-16/2021。4株PPV2鉴定株的全基因组核苷酸同源性为95.0%~99.7%,处在不同进化分支,亲缘性较远,与35株PPV2参考株的全基因组核苷酸同源性为93.9%~99.8%、NS基因核苷酸和氨基酸同源性均为92.6%~99.8%、Cap基因核苷酸和氨基酸同源性均为88.7%~100%。PPV2ZMD-20/2021株、PPV2ZK-9/2021株和PPV2SQ-16/2021株可能为重组毒株。结果表明,河南省猪场PPV2检出率较高,且与多种病原混合感染,其中与PPV7混合感染最常见;PPV2遗传进化差异较大,存在重组现象,且重组位置不唯一。; 许夕雅韩紫薇杨寒高冬生王永生陈陆; 关键词：全基因组遗传进化分析

1株牛源冠状病毒的分离鉴定及遗传进化分析: 2024年; 【目的】获得新疆地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)毒株,探究BCoV体外分离的最佳条件,了解BCoV新疆株的遗传进化情况,为BCoV疫苗候选株提供研究基础。【方法】通过RT-PCR对来自新疆地区7个牛场的腹泻犊牛小肠及其内容物(n=185)进行BCoV检测,将阳性样本经过处理后接种HCT-8细胞,通过间接免疫荧光试验(IFA)、Western blotting和透射电镜对分离的病毒进一步鉴定,通过Reed-Muench法测定分离株的半数组织培养感染剂量(TCID50),将分离毒株进行全基因组测序,并对测序结果进行遗传进化分析。【结果】腹泻样品BCoV检出率为64.9%,接种HCT-8细胞后成功分离到1株BCoV,命名为XJ-SHZ-37(GenBank登录号:OR750853);IFA可观察到孵育病毒的细胞有绿色的特异性荧光,而对照组没有;Western blotting检测结果显示,该分离株与BCoV N蛋白多克隆抗体发生特异性反应;透射电镜可观察到呈皇冠状的病毒颗粒;Reed-Muench法测定分离株的TCID50为10-7.9/0.1 mL;基因组测序及遗传进化结果表明,XJ-SHZ-37与从牛中分离到的冠状病毒科冠状病毒属的BCoV分离株ZJNB2106相似性最高。【结论】新疆地区7个牛场有较高的BCoV检出率,成功分离出1株能稳定遗传且能与BCoV N蛋白多克隆抗体特异性结合的分离株,该分离株有较高的病毒滴度,且通过遗传进化关系表明与中国牛源毒株ZJNB2106株进化亲缘关系最近。; 刘文锴汪萍金映红薛晶李月梁纤纤李晓卓韩翔舒郑启铭蒋松夏俊; 关键词：遗传进化

以色列急性麻痹病毒LN株全基因克隆与遗传进化分析: 2024年; 研究旨在了解辽宁省以色列急性麻痹病毒(IAPV)的遗传进化特点。试验选取成年患病蜜蜂提取IAPV并进行PCR测序,选取China-BJ (GenBank登录号:KX421583.1)基因序列设计12对引物进行全基因克隆,将获得的基因序列与GenBank已公布的19株IAPV序列进行遗传进化分析。结果显示:试验成功分离出IAPV,并将其命名为IAPV-LN株(GenBank登录号:MZ269472.1)。IAPV-LN株与China-BJ和China-BJ2 (GenBank登录号:MG599488.1)同属一个分支。研究表明,丹东市某蜂场患病蜜蜂中分离得到的IAPV-LN株与China-BJ2、China-BJ的亲缘关系最近,可能来自同一个原始毒株。; 陈路李林熹梁爽韩宇李明孙莉; 关键词：遗传进化分析

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