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刺梨果实不同发育时期转录组分析及RACE法克隆CNR基因被引量：1: 2024年; 为研究刺梨果实不同发育期的差异表达基因,对不同发育期果实进行转录组测序。结果表明,共组装了98752个单基因,其中有64003个基因可被数据库注释。Ⅰ期vsⅡ期有上调基因1842个,下调基因1159个;Ⅰ期vsⅢ期有上调基因911个,下调基因538个。刺梨果实不同时期的基因表达差异较大,这些基因表达差异为探索刺梨果实发育机制提供参考。CNR基因即细胞数量调控因子,是一个植物的细胞数量负调控因子,可能调控果实发育。本研究利用RACE技术克隆得到一个刺梨CNR基因的cDNA全长序列,并构建真核表达载体,为后续深入研究基因功能提供基础。; 陈宏宇杨烨于莹田媛; 关键词：刺梨果实基因

RACE法克隆黑曲霉NCU-317中α-L-鼠李糖苷酶基因与生物信息学分析被引量：1: 2019年; 实验室前期筛选得到一株能够产α-L-鼠李糖苷酶的黑曲霉NCU-317,但由于其完整产酶序列未知,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术和改良cDNA末端快速扩增(RACE)法,以克隆得到的黑曲霉NCU-317 cDNA为模板,成功克隆得到其α-L-鼠李糖苷酶基因全长。克隆得到α-L-鼠李糖苷酶基因共3 018 bp,其中含有2 748 bp的完整开放阅读框,5’非编码区长为216 bp,3’非编码区长为54 bp。经过对序列的生物信息学分析显示:编码蛋白由915个氨基酸组成,预测理论分子量为103.94 kD,等电点为5.59;蛋白质二级结构以无规则卷曲为主;将氨基酸序列输入UniProt比对后发现,黑曲霉NCU-317的产酶序列与黑曲霉A0A254UAG7同源性最高,达到了99.6%。; 陈东启余勃陆豫; 关键词：黑曲霉 RT-PCR RACE 生物信息学分析

应用RACE法克隆雷竹笋PAL基因及序列分析: 2018年; 应用RACE法,克隆获得了雷竹笋PAL基因的全长序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明:雷竹笋PAL基因的开放阅读框长度为2103 bp,共编码701个氨基酸,其中具有1个保守的活性位点Ala-Ser-Gly(A-S-G);在PAL蛋白的二级结构中含有大量的α螺旋和β折叠,其三级结构模型为一个带柄的圆锥形。构建的PAL基因核苷酸序列进化树结果显示雷竹与毛竹、绿竹的亲缘关系最近,与小麦、大麦、水稻、佛肚竹的亲缘关系较近,与玉米、高粱的亲缘关系较远。; 张规富汪浩; 关键词：雷竹笋 RACE技术克隆蛋白质结构

简并PCR结合RACE法克隆希木龙念珠菌CDR1基因: 2018年; 目的克隆希木龙念珠菌中药外排泵基因(CDR1),为探讨希木龙念珠菌的耐药机制奠定基础。方法首先从NCBI基因数据库中找到已知的白念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌和光滑念珠菌Cdr1蛋白的氨基酸保守序列,并设计简并引物,PCR扩增获得希木龙念珠菌CDR1c DNA部分片段,接着使用RACE方法分别扩增其5'和3'端序列得到完整的CDR1编码序列(CDS)。结果简并PCR扩增得到预期2 210bp大小的片段;5'RACE和3'RACE分别得到CDR1c DNA 5'和3'端片段,经纯化、克隆、测序、比对和拼接分别得到两株菌完整的CDR1c DNA序列;其编码的蛋白序列经比对发现与其它念珠菌的Cdr1蛋白高度同源。结论利用简并PCR联合RACE方法能够有效、准确地克隆出希木龙念珠菌CDR1基因。; 张浩王千周亚彬李若瑜刘伟; 关键词：简并PCR 药物外排泵

RACE法扩增梅花鹿β-防御素-1(siBD-1)全长cDNA: 2017年; 为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deerβ-defensin-1,siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析。结果表明,成功克隆出长度约为172和299bp的siBD-1cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418bp的siBD-1cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89bp 5′-非翻译区(UTR)、192bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118bp的3′-UTR和Poly(A)16。同源性比对结果显示,siBD-1cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%。siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基。; 唐娟金鑫张曼侯永跃李军燕田巧珍刘骄王云鹤杨银凤; 关键词：梅花鹿

RACE法克隆湖羊SPLUNC1基因及序列分析被引量：1: 2015年; 通过克隆湖羊短的上腭、肺及鼻咽上皮克隆1(short palate,lung and nasal epithelium clone 1,SPLUNC1)基因的cDNA序列,为研究其蛋白的结构和功能奠定基础。参照GenBank上牛、山羊的SPLUNC1基因的cDNA序列,设计简并引物,分别扩增出5′和3′端目的片段,测序后进行拼接,获得湖羊SPLUNC1基因cDNA全长序列,并对序列进行分析。结果表明:克隆的湖羊SPLUNC1基因cDNA序列全长为1 091bp(GenBank登录号KJ749828),其中开放阅读框为768bp,共编码255个氨基酸。构建的氨基酸进化树结果显示湖羊SPLUNC1与预测绵羊的氨基酸同源性最高,山羊次之。; 陈凯丽孙延鸣沈文陈冬梅郭海英; 关键词：湖羊 CDNA末端快速扩增

RACE法克隆日本三角涡虫β-actin基因: 2013年; 采用cDNA末端快速扩增法(RACE),以日本三角涡虫cDNA为模板扩增β-肌动蛋白(β-actin)基因,对聚合酶链式反应(PCR)产物进行测序和拼接。经与NCBI核酸数据库进行序列比对,结果表明:产物的cDNA长度为1168 bp,开放阅读框ORF长999 bp,编码332个氨基酸,具有actin蛋白家族典型特征。; 赵楠楠王秀丽祝文兴吴雪杨桂文安利国袁金铎; 关键词：日本三角涡虫 Β-ACTIN基因克隆 RACE技术

RACE法克隆亚麻COMT基因及生物信息学分析被引量：3: 2013年; 利用RACE技术克隆得到亚麻木质素合成关键酶基因COMT基因的cDNA全长序列,该基因cDNA全长1 726 bp(GenBank登录号为KC832865)。含有1 104 bp完整的开放阅读框,5'非编码区长423 bp,3'非编码区长199 bp。对序列进行生物信息学分析的结果 :编码的蛋白由367个氨基酸组成(其中亮氨酸38个,丙氨酸32个和丝氨酸28个),相对分子量为40 kD,等电点pI为5.7;蛋白质二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主;构建系统进化树表明与赤桉(Eucalyptus camaldulensis)亲缘关系最近。; 龙松华乔瑞清陈信波邱财生邓欣郭媛郝冬梅王玉富; 关键词：亚麻木质素 COMT基因 RACE 生物信息学分析

RACE法克隆甜菜NR基因及生物信息学分析被引量：1: 2013年; 硝酸还原酶是氮素代谢的关键酶和限速酶,研究硝酸还原酶的功能对提高甜菜的产量具有重要作用。运用RACE法克隆出甜菜的硝酸还原酶基因,并利用生物信息学对甜菜NR进行主要结构分析和功能预测,并使其在拟南芥中表达,观察根对向重性应答过程中的弯曲情况。结果表明,利用RACE法克隆得到甜菜NRcDNA全长为2760bp;甜菜NR为易溶、亲水性强的蛋白;二级结构预测结果显示,甜菜NR为混合型蛋白;甜菜NR含有钼辅因子、细胞色素b5、FAD及NADH结合域,具有跨膜区域,但不含有信号肽;利用拟南芥突变体观察到野生型比突变体的弯曲较快,暗示甜菜的NR基因可能通过调节NO积累参与植物向重性应答。; 王琦冯二艳王荣任嘉红; 关键词：甜菜生物信息学硝酸还原酶 RACE

3′RACE法扩增谷氨酰胺合成酶基因及其生物信息学分析: 2012年; 以抽提得到的黑曲霉mRNA为模板,根据GenBank上检索的谷氨酰胺合成酶基因mRNA序列,设计特异性引物,进行3′RACE PCR扩增,并在NCBI网站进行生物信息学分析。结果扩增得到长约1kb的DNA片段,测序结果表明,所获得的DNA序列与gene bank上检索到黑曲霉产谷氨酰胺合成酶基因的同源性大于97%,与其他曲霉产谷氨酰胺合成酶的基因同源性大于50%。经开放阅读框软件分析发现其具有2个外显子,其中1个外显子的氨基酸序列与黑曲霉产GS同源性为100%。; 张志灯罗土炎饶秋华曹治云郑腾; 关键词：谷氨酰胺合成酶基因生物信息学

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