四川省应用基础研究计划项目(2009JY0061)
- 作品数：8 被引量：15H指数：3
- 相关作者：侯怡铃侯万儒孙冰李俊苏秀兰更多>>
- 相关机构：西华师范大学教育部更多>>
- 发文基金：四川省应用基础研究计划项目国家自然科学基金四川省教育厅青年基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 大熊猫核糖体蛋白S11亚基基因(RPS11)cDNA的克隆及序列分析被引量：2
- 2010年
- RPS11是核糖体小亚基40S的组成部分,由RPS11基因所编码,属于核糖体蛋白S17p家族,主要存在于真核生物中。为了解大熊猫核糖体蛋白亚基RPS11基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPS11基因的异同,本研究根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S11亚基基因(RPS11)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术从大熊猫的肌肉组织总RNA中成功克隆了核糖体蛋白亚基RPS11基因,并进行了测序和序列分析。结果表明:大熊猫RPS11亚基基因的开放阅读框(ORF)长为477bp,编码158个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子量为18.4275kDa,pI为10.96。拓扑预测显示该蛋白含有14个功能位点:即2个N-糖基化位点,6个蛋白激酶C磷酸化位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点和1个核糖体蛋白S17 signature位点。进一步分析发现,大熊猫RPS11基因与已报道的部分哺乳动物的表达序列及其编码的氨基酸序列都具有很高的相似性。本研究结果为丰富和完善哺乳动物RPS11基因资源库提供了基础资料。
- 孙冰侯怡铃李俊苏秀兰吴光富宋嫣张田侯万儒
- 关键词：大熊猫
- 大熊猫核糖体蛋白L10亚基基因的cDNA克隆及序列分析被引量：1
- 2010年
- 目的了解大熊猫(ailuropoda melanoleuca)核糖体蛋白L10亚基基因(RPL10)的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPL10基因的异同。方法根据已报道的部分哺乳动物RPL10基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPL10基因的进行克隆、测序;采用Genescan软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA序列的开放阅读框查找;采用DNAMANVersion 6软件,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server软件,进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析;采用http://www.imtech.res.in/raghava/apssp2/对蛋白质二级结构进行模拟分析。结果大熊猫RPL10基因的表达序列长为685 bp,开放阅读框(ORF)为645 bp,编码214个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为24.599 7×103,等电点为10.74,含有4个功能位点,分别为:2个蛋白激酶C磷酸化位点,2个N化位点,2个酰胺化位点,1个核糖体蛋白L10e信号位点。进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的人、牛、家犬、褐家鼠、小家鼠有很高的相似性,其表达序列同源性分别为92.4%、92.4%、97.21%、88.84%与89.61%;其编码的氨基酸序列除与牛的同源性为99.07%外,与其他哺乳动物同源性为100%。而且,其蛋白质的高级结构除牛外其他物种也具有一致性。结论无论是从RPL10基因的序列、结构、功能位点,还是从其编码的氨基酸的序列和二级结构进行分析,都表明大熊猫的RPL10基因和已报道的哺乳动物的RPL10基因具有高度的遗传稳定性和功能一致性。
- 苏秀兰侯怡铃李俊孙冰吴光富宋嫣张田侯万儒
- 关键词：大熊猫RT-PCR克隆
- 大熊猫核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的cDNA克隆及序列分析被引量：1
- 2010年
- RPL30是核糖体大亚基60S的组成部分,由RPL30基因所编码,主要存在于真核生物中.根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白L30亚基基因(RPL30)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,以大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)的肌肉组织为材料,成功地克隆了核糖体蛋白L30亚基RPL30基因,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫L30亚基基因的表达序列长为388bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,并含有6个功能位点.进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的人、牛、褐家鼠、小家鼠有很高的相似性,其表达序列同源性分别为93.97%,96.26%,89.66%和89.94%,其编码的氨基酸序列同源性分别为99.13%,98.26%,99.13%,99.13%,且其蛋白质的高级结构相似性也很高.
- 侯怡铃侯万儒
- 关键词：大熊猫RT-PCR
- 大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析被引量：3
- 2010年
- 为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.
- 侯怡铃孙冰侯万儒
- 关键词：大熊猫RT-PCR
- 四川黑熊RPS16亚基基因的克隆与序列分析被引量：3
- 2012年
- 根据已报道的部分哺乳动物RPS16基因的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从四川黑熊的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS16基因的表达序列进行克隆、测序和分析.结果表明:四川黑熊RPS16基因的表达序列全长为481bp,开放阅读框(ORF)为441bp,编码146个氨基酸,相对分子质量为16.4KDa,pI为10.81.拓扑预测显示含有6个类型的功能位点:1个依赖cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,3个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶II磷酸化位点,2个N-糖基化位点,1个乙酰化位点及1个核糖体蛋白S9信号位点.进一步分析发现,四川黑熊RPS16基因与已报道的大熊猫、牛、野猪、人、小家鼠和褐家鼠等6个哺乳动物物种的表达序列及其编码的氨基酸序列有很高的相似性,说明RPS16基因具有高度的遗传稳定性和功能一致性.
- 王婷侯怡铃丁祥孙冰苏秀兰李俊侯万儒
- 关键词：克隆
- 大熊猫核糖体蛋白S15A亚基基因(rps15A)的克隆及序列分析
- 2011年
- 根据已报道的部分物种的核糖体蛋白S15A亚基基因(rps15A)的相关信息设计引物,运用RT-PCR和Touchdown-PCR技术,分别克隆了大熊猫核糖体蛋白S15A亚基的cDNA和结构基因序列,并进行测序及分析.结果表明:大熊猫核糖体蛋白S15A亚基基因的表达序列全长为460 bp,开放阅读框(ORF)为393 bp,编码130个氨基酸,结构基因序列全长为6091 bp,含有4个外显子和3个内含子.RPS15A蛋白的相对分子质量为14.84 kD,pI为10.62.拓扑预测显示含有5个类型的功能位点,即:1个依赖cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,1个乙酰化位点,1个N-糖基化位点及1个核糖体蛋白S8 signature位点.进一步对RPS15A蛋白的结构分析及其与部分脊椎动物和果蝇RPS15A蛋白的同源性分析,发现该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列具有很高的相似性,这表明真核生物核糖体蛋白亚基S15A在进化中具有较高的保守性.
- 李俊丁祥侯怡铃孙冰苏秀兰吴光富宋嫣侯万儒
- 关键词：大熊猫克隆
- 大熊猫核糖体蛋白S17亚基基因(rps17)的克隆及序列分析被引量：1
- 2011年
- RPS17蛋白是核糖体40S亚基的组成部分,由rps17基因编码.为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps17基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基rps17基因的异同,分别运用RT-PCR和PCR技术,从大熊猫肌肉组织的mRNA中成功克隆了核糖体蛋白亚基S17基因的cDNA序列以及从总DNA中成功克隆了S17基因的结构基因序列.序列分析发现,大熊猫核糖体蛋白亚基S17基因的表达序列长为457bp,开放阅读框(ORF)为408bp,编码135个氨基酸的蛋白质.结构基因序列长2 368bp,含有4个外显子和3个内含子.拓扑预测显示,核糖体蛋白亚基RPS17的相对分子质量为15.52×103,PI为10.26,含有5个类型的功能位点,即:5个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶II磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,1个N-豆蔻酰化位点及1个核糖体蛋白S17Esignature位点.进一步分析发现,该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物有很高的相似性,其蛋白质的高级结构除褐家鼠外与其它物种也具有一致性.对大熊猫rps17基因及其表达的蛋白质结构的比较研究,旨在丰富和完善哺乳动物rps17的基因资料库.
- 侯怡铃李俊侯万儒
- 关键词：大熊猫RT-PCR克隆
- 大熊猫核糖体蛋白亚基RPS7基因的克隆及序列分析被引量：4
- 2009年
- 目的了解大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)核糖体蛋白亚基RPS7基因的结构及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPS7基因的同源性。方法运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS7基因的表达序列进行克隆、测序;采用Gnescan软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA序列的开放阅读框(ORF)查找;采用DNAMAN Version6,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server软件进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析。结果大熊猫RPS7基因的表达序列全长为589bp,ORF为585bp,编码194个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为22.12685×103,等电点为10.09,含有1个N-糖基化位点,2个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,2个十四(烷)酰化位点,2个酰胺化位点及1个RPS7蛋白signature位点。进一步分析结果显示,大熊猫RPS7基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物具有很高的相似性。结论运用分子生物学原理与相应的技术手段,成功地扩增出大熊猫RPS7基因的表达序列,并对其编码的蛋白进行了初步分析,丰富和完善了哺乳动物RPS7基因资料库。
- 侯怡铃伍春莲侯万儒郝彦哲张田
- 关键词：大熊猫克隆
