国家自然科学基金(31000644)
- 作品数：7 被引量：15H指数：3
- 相关作者：甄一松熊敬维吴青肖成路张伟丽更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院北京大学中国医学科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金美国中华医学基金会项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>
- CardioVISTA:进化保守转录元件的可视化在线程序
- 2014年
- 目的心脏发育研究领域中的转录调控一直是热点研究问题,它影响了发育过程的各个环节。为了进一步利用多物种的基因组,定位进化保守的转录因子调控位点,我们利用Cardio Signal数据库的数据分析VISTA数据库多重比对后的基因组序列。方法在本文中,我们采用Perl语言和后台Maria DB数据库,可视化的展示基因组序列中的保守调控元件。结果我们的程序能够分析VISTA格式的多重比对数据,能够动态展示基因组保守元件在整个DNA序列的位置。结论我们的Cardio VISTA程序是今后转录调控研究中的利器。
- 甄一松
- 关键词：生物信息学
- 心肌肥厚和扩张型心肌病中的Notch信号通路被引量：3
- 2010年
- Notch信号通路在脊椎动物和无脊椎动物中高度保守。它对正常心血管系统的发育有重要作用。心肌肥厚是许多疾病发展的一个重要阶段,但是它的形成机制到现在还没有完全清楚。扩张型心肌病是一组由于基因缺陷、心肌细胞损伤、心肌组织浸润使心脏肌肉层直接受累的疾病,其临床表现主要为心脏增大、心律失常,最终发生心力衰竭。最近的研究揭示Notch很可能在在这些疾病进程中起到非常关键的保护作用。
- 甄一松王晓建惠汝太
- 关键词：NOTCH信号通路心肌肥厚扩张型心肌病
- 心脏的再生性研究进展被引量：7
- 2011年
- 心力衰竭(心衰)是由多种心血管疾病引起的心功能不全,最终出现心肌局部坏死和不可逆转的纤维化。传统的药物治疗、介入和外科治疗方案都存在着一定的局限性。随着转化医学的发展,心脏再生和修复无疑是解决以上临床问题的最佳方案,基础研究的成果正在为临床实践提供理论基础。文章从心脏再生性修复策略、心肌细胞来源、重编程和模式动物等几个方面的进展概括了整个心脏再生领域的发展。
- 甄一松惠汝太熊敬维
- 关键词：心脏发育模式动物心肌梗塞
- HMGB1在缺血性心衰中作用的研究进展
- 2014年
- HMGB1是一种DNA结合蛋白,主要起维持核小体结构、调节基因转录、复制、DNA修复等作用。最近,针对HMGB1功能的研究主要着重于其对细胞的细胞外调节作用,HMGB1除在细胞核内存有活性外,它更有着细胞因子的功能。近年来在发展中国家,心血管疾病越来越被视为发病和死亡的一个重要原因,而慢性心力衰竭作为各种心脏病发展的严重阶段,正成为本世纪最重要的心血管疾病。随着流行病学的变迁和社会经济的发展,冠心病作为心衰的主要病因之一在我国显得越来越突出,越来越多的研究显示HMGB1在缺血性心衰发生及发展中起着多种重要作用。
- 赵吉姜红
- 关键词：HMGB1缺血性心衰
- R/Bioconductor在Affymetrix表达芯片中的应用被引量：5
- 2011年
- R是用于统计计算和数据作图的编程语言和程序设计环境,能在多种平台下编译和运行。Bioconductor也是免费开源的程序设计环境,它主要基于统计编程语言R,用于基因组数据的分析。我们通过已发表的数据,包含斑马鱼心肌再生的生物芯片数据,分析源码实例,较为详细地介绍和讲解了R/BioConductor的用法,为推广优秀的免费统计软件提供了一个简单的中文使用手册。
- 甄一松张伟丽吴青肖成路
- 关键词：BIOCONDUCTOR生物芯片心血管医学
- 心外膜的发育
- 2012年
- 心外膜是覆盖在心脏外层的间皮组织。心外膜来源于脏壁中胚层的前心外膜,后者位于心管流入极附近。心外膜的部分细胞通过上皮间充质转化进入心外膜下层,随后形成血管内皮、成纤维和平滑肌细胞,最终导致冠脉系统的形成。心外膜细胞可能形成心肌细胞,并且可能是心脏驻留干细胞的来源。因此,它在心脏修复治疗中发挥巨大作用。本文回顾了该领域的最新研究进展并且提出了目前存在的问题。
- 甄一松
- 关键词：心外膜心脏发育
- 生物信息学分析心脏发育时期腔室基因的表达
- 2013年
- 目的心房和心室的分化是心脏发育研究领域的一个重要问题。我们希望利用公共数据库的数据寻找和整理心房和心室特异表达的基因,为回答腔室分化这个基础研究问题提供新的线索。方法在本文中,我们采用生物信息学的方法归纳了心房和心室特异基因。然后,利用DAVID软件对这些腔室特异基因进行了功能分析。结果实验结果证实了公共数据库的芯片数据与已有的文献报道一致。分析结果找到162个心房基因,80个心室基因。据此,我们定义了新的谱系特异的房室基因。此外,DAVID软件分析结果发现心房基因更多地包含分泌蛋白,而心室基因更多地参与心肌病的信号通路。结论心房和心室特异基因是我们解决心脏发育过程中分化问题的第一步,这些基因仅仅占整个转录组的很少一部分,为我们今后发育和疾病领域的研究提供了方向。
- 甄一松王晓建惠汝太
- 关键词：心脏发育生物信息学分析心房心室
