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基于信噪比的蛋白质相互作用的预测被引量：4: 2008年; 蛋白质间的相互作用在生命体中扮演着关键的角色.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质间的相互作用,并改用信噪比为判别参数.此判别参数与之前的判别参数——峰值相比,在保证较高预测精度的基础上,还可以很好地区分阳性数据和随机数据,从而也就能较好地处理过度拟合的问题.; 冯铁男江浩王翼飞; 关键词：离散小波变换酵母蛋白质信噪比

双模糊渐进直推式支持向量机算法被引量：10: 2009年; 直推式支持向量机(TSVM)是支持向量机与直推式学习相结合的重要算法.文中为TSVM中的临时标签样本引入双模糊隶属度以及样本修剪策略,构建一种双模糊渐进直推式支持向量机(BFPTSVM)算法.该算法可有效降低TSVM的计算复杂度及核存储量.模拟实验表明该算法可取得比其他算法更好的分类性能,并且具有较快的收敛速度.; 彭新俊王翼飞; 关键词：直推式学习

DC-CLUSTER软件的设计与开发: 2008年; 目前,基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一,引起了广泛的重视。特别是高密度的DNA微阵列,由于它荷载了成千上万个DNA片段,可用于高通量的生物学检测,其开发和利用已进入商业化阶段,而其信息处理和信息挖掘更受关注。本文介绍了基因芯片分析中聚类分析软件的设计与实现过程,并对软件系统结构、功能模块、关键技术进行了阐述。该软件能完成基因芯片分析中聚类分析工作。它的开发为从事基因芯片分析的研究人员提供了有效的数据处理和分析工具。; 李冯沈称意王翼飞; 关键词：生物信息学基因芯片聚类分析差异基因

改进的τ-leap算法在生化反应系统随机模拟中的应用被引量：3: 2009年; 提出了一种τ-选择策略,有效地反映了生化反应系统中分子数目的改变.并由此提出了改进的τ-leap(improvedτ-leap)算法,该算法对生化反应系统的随机模拟更为有效和实用.并以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的SSA算法、改进的τ-leaping算法以及已有的修正的τ-leap(modified tau-leap)算法进行了模拟计算.仿真实验结果表明:在具有同等计算复杂度的情况下,改进的τ-leap算法较修正的τ-leap明显地提高了模拟精度.; 刘焕彭新俊周文王翼飞; 关键词：随机模拟算法生化反应系统

基于禁忌搜索和遗传算法的智能化双聚类方法被引量：2: 2009年; 在基因表达数据中寻找重要双聚簇的难度随数据规模的增长而增长.该文讨论一种智能化的双聚类方法,充分利用禁忌搜索和遗传算法自身的爬山能力,很好地平衡了区域搜索和全局搜索的关系,并使输出结果不依赖于预先设定的阐值.实验表明,该方法具有很好的收敛性,并可发现比传统方法更好的双聚簇.; 吕玉龙沈青松石铁流王翼飞; 关键词：遗传算法禁忌搜索基因表达数据

改进的概率权重随机模拟算法被引量：4: 2008年; 提出了一种改进的概率权重随机模拟算法(IPW SSA),该算法自适应地确定权重因子,对反应率常数跨度很大的系统的化学反应动力学的随机模拟更为有效、实用.文中以两个化学反应系统为例,分别使用原始的和改进的概率权重随机模拟算法对其进行模拟.结果表明,改进的概率权重随机模拟算法可以明显地减少模拟生化反应系统所需的时间,且提高了精度.; 周文刘焕王翼飞; 关键词：随机模拟算法化学反应系统

基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测被引量：2: 2008年; 基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集(含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%.并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较.结果表明,该文提出的方法具有较高的预测准确度.; 于彬王广彬王翼飞; 关键词：离散小波变换膜蛋白疏水性

膜蛋白跨膜螺旋区段的预测研究被引量：1: 2008年; 提出了一种基于离散小波变换的预测膜蛋白跨膜螺旋区段数目和位置的方法,并以PDB代码为1F88的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程。为了测试该方法的实际效果,采用25条膜蛋白序列作为测试集,并将预测结果与5种常用预测方法的主要预测结果进行比较。结果表明,提出的方法具有较高的预测准确度。; 于彬; 关键词：小波变换膜蛋白疏水性

应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点被引量：1: 2008年; 蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化率来构造向量,通过十倍交叉验证来对数据进行训练和预测.实际计算的结果显示,该方法的准确率为72.19%,比只利用序列信息和进化率信息的方法提高了5.71%.; 孟炜王飞飞彭新俊沈称意王翼飞; 关键词：支持向量机

新的端粒酶活性抑制蛋白LPTS-L的制备: 2007年; LPTS基因是利用定位候选克隆策略克隆的一个新的肝相关候选肿瘤抑制基因。LPTS基因编码一个全长为328氨基酸的蛋白质(LPTS-L),该蛋白具有抑制细胞端粒酶活性的功能。为了进一步研究LPTS-L蛋白的结构与功能,利用DNA重组技术,将LPTS-L的cDNA克隆到表达载体pET-24a中构建重组克隆pET-24-LPTS,并在大肠杆菌BL-21中进行融合表达,获得可溶形式的LPTS-L融合蛋白。采用Ni Sepharose4B柱亲和层析,可以获得纯度较高的蛋白,但不适合大量制备。通过设计引物去掉了pET-24a载体上的6×His tag将LPTS-L基因进行了非融合表达,然后采用磷酸纤维素P11阳离子交换层析纯化LPTS-L蛋白,纯度可达到55%。再经Sephadex G-100凝胶过滤,LPTS-L蛋白的纯度可达到80%。Western blot实验显示经纯化后的LPTS-L蛋白可与兔抗GST-LPTS-L的多抗发生特异性结合。采用TRAP法测定蛋白质活性,结果显示纯化得到的LPTS-L蛋白可抑制端粒酶的活性,与采用Ni Sepharose4B纯化获得的LPTS-L融合蛋白比较,其抑制效率基本一致。因此,所建立的技术可以有效地制备LPTS-L蛋白。; 吴楚答亮陈光明张芳赵慕钧; 关键词：表达纯化

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国家高技术研究发展计划(2006AA02Z190)