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国家自然科学基金(10147204)

作品数：19 被引量：54H指数：4
相关作者：冯立芹吕军李永香晋宏营王小龙更多>>
相关机构：内蒙古大学内蒙古工业大学内蒙古民族大学更多>>
发文基金：内蒙古自治区自然科学基金国家自然科学基金更多>>
相关领域：生物学理学更多>>

文献类型

  • 19篇中文期刊文章

领域

  • 18篇生物学
  • 1篇理学

主题

  • 12篇基因
  • 10篇酵母
  • 6篇酵母基因
  • 6篇酵母基因组
  • 6篇基因组
  • 6篇杆菌
  • 6篇大肠杆菌
  • 5篇密码子
  • 4篇ORF
  • 3篇基因表达
  • 3篇基因表达水平
  • 3篇基因家族
  • 2篇数据库
  • 2篇偏好
  • 2篇基因序列
  • 2篇编码区
  • 1篇动态聚类
  • 1篇信息关联
  • 1篇信息熵
  • 1篇原核

机构

  • 19篇内蒙古大学
  • 2篇内蒙古工业大...
  • 1篇内蒙古民族大...

作者

  • 3篇王小龙
  • 3篇吕军
  • 3篇冯立芹
  • 3篇晋宏营
  • 3篇李永香
  • 2篇罗辽复
  • 2篇王芳平
  • 1篇马克健
  • 1篇刘丽华
  • 1篇加顺花
  • 1篇哈斯阿古拉
  • 1篇张鹤龄
  • 1篇张颖
  • 1篇胡秀珍
  • 1篇杜德成
  • 1篇解廷月
  • 1篇陈翠霞
  • 1篇张利绒

传媒

  • 13篇内蒙古大学学...
  • 4篇生物物理学报
  • 1篇华中科技大学...
  • 1篇内蒙古工业大...

年份

  • 4篇2006
  • 5篇2004
  • 6篇2003
  • 4篇2002
共 19 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
典型细菌和酵母基因组中基因间关联的研究被引量：2
2004年
以表示基因表达水平的密码子适应性指数(CAI)以及基因的长度两个指标作为描述基因特征的重要参量,以枯草杆菌、大肠杆菌和酵母三种生物的全基因组作为研究对象,运用信息论的方法,研究了基因组内基因之间的关联特征.发现对于大肠杆菌和枯草杆菌基因组来说,基因之间存在着较强的短程关联,枯草杆菌基因组在表达水平方面还出现了强度较弱的中、长程关联,而且全基因组基因间关联要强于正链或负链上基因之间的关联,基因在表达水平方面的关联要强于在长度方面的关联,并对这些现象进行了相应的解释.
晋宏营李宏
关键词：信息关联基因组
大肠杆菌不同表达水平基因之间的关联模式
2004年
以密码子适应性指数(CAI)作为描述基因表达水平特征的参数,运用信息论的方法研究了大肠杆菌不同表达水平的双基因间的关联强度;统计分析了各种3基因模式、4基因模式和6基因模式出现的相对使用频率.结果发现:同等表达水平的基因组成的模式不仅关联性很强,而且其相对使用频率也很高,而相反表达水平的基因组成的模式虽然基因间关联性也较强,但其对应的相对使用频率很低.
加顺花李宏
关键词：基因表达水平
用重建进化树方法研究酵母螺旋酶(YRF)基因家族的演化
2004年
运用重建进化树方法对酵母螺旋酶(Y′-helicaseprotein,YRF)基因以及类YRF基因的ORF(OpenReadingFrame)序列进行了动态聚类,指出了与YRF基因有亲缘关系的ORF,纠正了已公布的酵母基因组中可能存在的错误,给出了新预测的基因位置.并运用基因间关联指数和序列非均匀性指数对所得结论进行了进一步验证.
王小龙李宏陈翠霞
关键词：动态聚类
大肠杆菌同义密码子重复序列中密码子的使用被引量：3
2006年
以大肠杆菌基因组为样本,研究同义密码子重复序列与ORF全序列中各密码子相对使用频率的差异,分析同义密码子重复序列中密码子重复的偏好.结果表明部分密码子的使用与ORF全序列中的使用不同,并非所有密码子的使用与基因表达水平正相关;同义密码子重复序列中密码子重复具有偏好性,部分密码子重复在四联体中有位置偏好.同义密码子重复的最大长度与所编码的氨基酸亲疏水性质、简并度及构成密码子的碱基性质有关.
李永香李宏王芳平
关键词：大肠杆菌基因组偏好
基因组中开阅读框架长度的分布模型与基因组进化被引量：5
2004年
分析了5种真核、15种细菌和10种古菌基因组中开阅读框架(openreadingframe,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性。用各种分布模型进行拟合比较,结果显示每种生物的这类分布均符合Г(α,β)分布,由此提出生物基因组中ORF的数目随长度的分布是Г(α,β)分布的假设。分析各生物基因组的拟合参数,发现α和β值与基因组进化存在明显的相关性;讨论了α和β值的生物进化意义,并给出了真核生物偏好使用长基因的结论;依照Г(α, β)分布估计了酵母基因组中ORF数目的上限为5870个。该方法对于研究生物基因组进化以及评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义。
冯立芹李宏
关键词：基因组ORF基因组进化
线虫DNA序列沿染色体进化的非均匀性
2006年
选择了四个信息参量来刻画核酸序列的进化水平,研究线虫染色体全序列、基因序列和基因间序列的进化水平沿染色体的非均匀分布规律.结果显示各类序列的进化水平沿常染色体呈现明显的非均匀性和规律性.进化水平高的序列分布在染色体的两端,是进化活跃区,进化水平低的序列,分布在染色体的中部,是进化保守区;基因序列和基因间序列是协同进化的,在染色体上具有相同的分布规律;Ⅳ号染色体显示出了染色体形成的拼接模式,由此推断常染色体的形成与进化过程是先以一个进化保守序列为核序列,在其两端拼接其它的序列,通过序列间的协调和融合使之逐渐走向成熟;整个X染色体具有稳定的进化水平,进化模式与常染色体不同.
杜德成解廷月李宏
关键词：线虫染色体
不同基因组中同义密码子重复序列的分析与比较
2006年
以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.
李永香李宏
关键词：氨基酸同义密码子
大肠杆菌与酵母基因组中密码对使用的比较被引量：4
2006年
研究了大肠杆菌和酿酒酵母两类生物全基因组的密码对,通过密码对的观察值与期望值的比较,发现密码对的使用有很强的偏好性;此外,按照Boycheva定义的标准(ΔREG)研究了密码对的使用与基因表达水平的关系,发现酵母与大肠杆菌两类生物的密码对使用与基因表达水平的关系是相似的;高表达基因偏好ΔREG为正值的密码对,而低表达基因偏好ΔREG为负值的密码对.通过曲线的相似性分析,可以推测,真核生物(S accharomy ces cerev isiae)与原核生物(E scherich ia coli)在密码对的使用上,其机理是相似的.
王芳平李宏李永香
关键词：密码子基因组基因表达水平
原核生物和酵母基因组中起始密码的特征分析被引量：1
2003年
提出了一个识别基因起始密码子的第一ATG规则.用酵母基因组中的已知基因检验,正确率为99.9%;用大肠杆菌基因组中已知以ATG起始的基因进行检验,正确率为92.9%;用枯草杆菌基因组中已知以ATG起始的基因的进行检验,正确率为81.0%.统计了L-Ter(上游最后一个终止密码)到起始密码子之间的距离(记为D值),酵母的平均长度是17个碱基;在大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因的D值分别是36和33个碱基;以非ATG起始的基因的D值分别是39和32个碱基.解释了真核和原核生物D值差别的原因;发现大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因和以非ATG起始的基因序列的构造差异.认为L-Ter到起始密码子之间的序列可能是mRNA先导序列的主要结构.
李宏吕军张利绒罗辽复
关键词：原核生物酵母起始密码子基因编码区基因序列
酵母螺旋酶(YRF)基因家族的同源性分析被引量：1
2003年
运用序列对比分析的方法对酵母螺旋酶(Y′helicaseprotein,YRF)家族基因和类YRF基因的开放阅读框(OpenReadingFrame,ORF)进行了比较,比较中考虑了启动区所在序列.纠正了已公布酵母基因组中可能存在的错误,给出了新预测的基因位置.提出了酵母螺旋酶基因进化的过程,并对内含子的进化进行了初步探讨,结论支持内含子早论.
王小龙李宏
关键词：编码区同源性
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