国家自然科学基金(10272030)
- 作品数：18 被引量：98H指数：6
- 相关作者：王希诚李纯莲赵金城郭权卢桂艳更多>>
- 相关机构：大连理工大学大连大学大连民族学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生化学工程更多>>
- 一种新的遗传算法停止准则被引量：6
- 2004年
- 遗传算法因其思想简单、易于实现及不需要目标与约束函数的灵敏度信息等优点而越来越受到国内外广大学者的关注。本文以基于空间收缩的多种群遗传算法中搜索空间的收缩精度作为算法停止准则,并与传统的控制算法收敛的方法进行比较分析,实验表明本文算法停止准则能够及时准确地控制算法收敛,较之传统方法更具科学性和有效性。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法搜索空间
- 基于预测模型优化的药物分子对接网格
- 2011年
- 将网格技术应用于药物分子对接中,能有效解决药物分子对接中所涉及的搜索空间巨大、时间耗费长、对计算环境要求高等问题.通过应用改进的遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GAsDock,以信息熵控制设计空间的收缩,增强了进化的目的性,显著地提高了对接效率.然后,利用线性、指数平滑和离散马尔可夫3种预测模型,并结合加权系数法,提高了分子对接任务的效率及各节点计算能力的自适应性.同时,采用了网格数据传输优化技术,降低了药物分子的传输时间,且能更有效地利用网格资源.实例测试表明了药物分子对接与网格技术相结合的合理性及有效性.
- 郭权卢桂艳王希诚
- 关键词：分子对接配体信息熵
- 计算机辅助药物分子对接并行演化设计被引量：7
- 2005年
- 对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光 30 0 0上模拟计算表明 ,该设计具有很高的并行加速比 ,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下 。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：分子对接结合位点遗传算法信息熵并行计算
- 药物分子对接中的构象搜索策略被引量：6
- 2004年
- 药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵计算机辅助药物设计
- 基于信息论遗传算法药物分子对接设计
- 2004年
- 本文建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩 本算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛 利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率 数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法药物设计分子对接信息熵小种群
- 基于扩展神经网络的网格资源调度优化算法被引量：5
- 2005年
- 针对具有时间约束和若干资源约束的网格资源调度问题,提出了一种基于扩展神经网络的求解新方法GRSENN。资源调度问题首先被分解为一系列多维背包问题并提出相应的数学模型,然后通过把问题的各种约束表示为Hopfield神经网络的能量函数项,进而导出神经网络模型。实验仿真结果表明该方法的有效性,并可避免通常神经网络所具有的容易陷入局部极小点的缺陷。
- 郭权卢桂艳王希诚
- 关键词：网格资源调度神经网络
- 力学与计算技术的互动发展
- 本文简述了力学和计算技术的发展历史,揭示了它们的互动发展规律,并分析了现代力学的多尺度发展趋势。
- 王希诚
- 关键词：数学计算技术
- 文献传递
- 基于浮点数编码的信息熵控制多种群遗传算法被引量：2
- 2004年
- 在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率的拉格朗日乘子 ,得出空间收缩概率 ,控制各种群中解空间的收缩。信息熵的介入可使优化过程更加平稳 ,收敛更快。同时 ,该算法给出了一种科学而有效的遗传设计收敛判据。实例证明该文算法在求解约束优化问题时快速。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵
- 受随机激励作用结构的演化设计算法被引量：3
- 2004年
- 提出了研究受随机激励作用的结构动力优化的演化设计方法,演化模型以随机激力作用下结构的位移方差为约束,寻求最优的构件尺寸使结构的重量最轻。演化算法采用多种群遗传与搜索空间收缩策略,并利用高效的虚拟随机激励法进行随机响应重分析和准精确罚函数处理约束,保证了算法稳定而迅速地收敛于最优解,算例显示出本文方法的有效性。
- 王希诚张海蕾武金瑛
- 关键词：演化算法虚拟激励法精细积分法动力优化
- 多序列渐进式比对算法研究与比较被引量：3
- 2005年
- 多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果。本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价。
- 谷俊峰王希诚赵金城
- 关键词：多序列比对序列比对算法生物信息学进化分析ROSE仿真程序
