国家高技术研究发展计划(2012AA022107)
- 作品数：18 被引量：67H指数：3
- 相关作者：张雪洪彭华松王威胡洪波何亚文更多>>
- 相关机构：上海交通大学中国科学院上海生命科学研究院浙江大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学化学工程更多>>
- 根际促生假单胞菌的比较基因组学研究与绿针假单胞菌优势小基因组菌株的构建
- 随着合成生物学的迅猛发展，底盘细胞的构建在生物技术领域展现了巨大的应用前景。而微生物基因组的精简优化逐渐成为构建底盘细胞的重要策略。假单胞菌（Pseudomonas）具有明显的代谢和生理多样性，因此能够抵抗各种内源和外源...
- 沈雪梅
- 关键词：根际促生菌比较基因组学吩嗪
- 文献传递
- 假单胞菌GP72 rpeB突变株的构建及其对吩嗪类抗生素合成的调控被引量：1
- 2015年
- 【目的】绿针假单胞菌GP72是一株可生产吩嗪类抗生素吩嗪-1-羧酸(PCA)及2-羟基吩嗪(2-OH-PHZ)的生防假单胞菌。Rpe A/Rpe B双元调控系统是其双元调控系统中的一组,本文旨在研究这一系统中的应答调控子(RR)Rpe B对于PCA及2-OH-PHZ的生物合成影响。【方法】通过生物信息学分析获得了rpe A/rpe B双元调控系统的序列,并从GP72中扩增出rpe B基因,通过同源重组技术构建卡那霉素抗性片段插入突变rpe B的突变菌株GP72BN。利用发酵实验、rpe B基因回补实验及荧光定量PCR实验,验证rpe B对于吩嗪类抗生素合成及相关基因表达的调控作用。【结果】在KMB培养基中,rpe B突变株的PCA产量下降为野生型的49.5%,2-OH-PHZ产量下降为野生型的67.3%。rpe B基因的回补可以在一定程度上回复PCA及2-OH-PHZ的产量。荧光定量PCR实验结果表明,rpe B突变株中群体感应系统基因phz I/phz R及吩嗪合成基因簇基因phz E转录水平均显著下调,而PCA转化为2-OH-PHZ的修饰基因phz O转录水平变化不显著。【结论】Rpe B正调控PCA与2-OH-PHZ合成途径的表达。Rpe B很可能是通过调控群体感应基因phz I/phz R和phz基因簇的表达,从而影响PCA的合成,并间接调控其衍生物2-OH-PHZ的合成。
- 赵嘉陈明敏胡洪波张雪洪
- 关键词：吩嗪-1-羧酸
- 基因工程改造Pseudomonas chlororaphis GP72以提高2-羟基吩嗪产量
- 绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)GP72是一株从青椒根际分离得到的植物根际促生菌株,它能够分泌吩嗪-1-羧酸(PCA)、2-羟基-吩嗪-1-羧酸(2-OH-PCA)、2-羟基-吩嗪(2-O...
- 刘开泉
- 关键词：吩嗪-1-羧酸过表达
- 吸水链霉菌HS023 milF基因敲除构建产5-酮米尔贝霉素基因工程菌被引量：3
- 2015年
- 【目的】通过敲除吸水链霉菌HS023的mil F基因,构建产5-酮米尔贝霉素的基因工程菌。【方法】构建mil F基因敲除质粒p MSST-Δmil F,转入米尔贝霉素产生菌——吸水链霉菌HS023,获得mil F基因敲除的双交换突变株F2-18。【结果】发酵结果表明:mil F基因敲除突变株F2-18不再产生米尔贝霉素,仅产生中间产物5-酮米尔贝霉素,且发酵单位较出发菌株略有提升。【结论】通过敲除mil F基因,发酵可生产5-酮米尔贝霉素,并直接用于驱虫药米尔贝肟和乐平霉素的化学合成,可大大简化从米尔贝霉素到米尔贝肟和乐平霉素的合成步骤。
- 黄隽林甲檀周敏白骅
- 关键词：吸水链霉菌基因敲除
- 绿针假单胞菌HT66中ompR基因的功能被引量：1
- 2018年
- 【背景】植物根部存在大量对植物生长有促进或对病原菌有拮抗作用的有益细菌,是当前农业微生物研究的热点之一。其中,绿针假单胞菌HT66是一株可高效合成吩嗪-1-甲酰胺(PCN)的环境友好型生防菌株。【目的】探究在绿针假单胞菌HT66中ompR基因的生理功能,以及其对菌株生防作用的影响。【方法】通过基因无痕敲除的方法构建HT66菌株的ompR基因缺失突变株,对比研究突变株与野生株在生长速率、渗透压感应、生物膜的合成、pH耐受性、群集运动和PCN产量的变化。【结果】与野生株相比,ompR基因缺失突变株的细胞生物量微量减少,生物膜的合成减少31.5%,群集运动以及对渗透压和pH的耐受性明显下降,但是其PCN产量较野生株提高了57.8%。【结论】在HT66菌株中,ompR基因对其运动性、环境耐受性和生理生防功能均有一定程度的调控作用。本研究丰富了绿针假单胞菌的代谢通路,此报道将对后续PCN合成机制的研究和应用提供一定的理论依据。
- 侯博文郭树奇彭华松张雪洪
- 关键词：假单胞菌基因敲除OMPR
- 绿针假单胞菌高产吩嗪-1-甲酰胺的机制及合成过程强化研究
- 绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)HT66是本实验室从水稻根际分离得到的一株生防菌株,它可以分泌吩嗪类物质吩嗪-1-甲酰胺(Phenazine-1-carboxamide,PCN)。在吩嗪类...
- 金雪洁
- 关键词：基因敲除
- 文献传递
- DNA组装新方法的研究进展被引量：2
- 2013年
- 2010年,蕈状支原体Mycoplasma mycoides的人工合成,迎来了合成生物学的崭新时代。这种突破性的进展主要得益于酵母自身强大的DNA体内重组能力。近几年来,除了利用体内重组的DNA大片段拼接技术,基于连接或聚合思想的不同尺度的DNA体外组装方法也相继出现,如Biobrick\Bglbrick、SLIC与Gibson等温一步法等,这些方法的应用加快了合成生物学功能元件库、生物合成途径乃至微生物染色体的人工构建。事实上,目前所建立的各种DNA组装方法,均是由DNA分子拼接理念(包括两分子衔接思想与多片段组装模式)衍生而来。文中将在介绍DNA组装基本理念的基础上,对体内、体外主要的DNA组装方法进行简要梳理,希望为不同类型的合成生物学功能器件及生物合成途径的构造提供参考与借鉴。
- 李雷芦银华姜卫红
- 关键词：合成生物学生物合成途径
- 生防绿针假单胞菌HT66中脂肽的鉴定与功能被引量：3
- 2017年
- 【目的】脂肽(Lipopeptide,LP)是微生物合成的一类重要的生物表面活性剂,不仅影响细菌的生物学功能,还对多种植物和人类病原菌具有广谱的拮抗作用。然而至今未见绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)中脂肽产物的报道。【方法】通过生物信息学手段预测绿针假单胞菌HT66中脂肽的氨基酸组成及顺序,构建脂肽合成基因缺失突变株HT66Δclp,根据突变株缺失代谢产物的UPLC/QTOF-MS信息验证预测结果,并研究了脂肽对该菌株的生长、吩嗪-1-甲酰胺(PCN)合成、生物膜形成和群集运动性的影响。【结果】预测菌株HT66的脂肽氨基酸顺序为L-Leu–D-Glu–D-allo-Thr–D-Val–L-Leu–D-Ser–L-Leu–D-Ser–L-Ile,通过比对野生型和突变株代谢产物的质谱信息确定该产物为黏液菌素(Viscosin);脂肽合成基因缺失后,菌株HT66的生长无明显变化,但其PCN合成、生物膜形成和群集运动性均有不同程度地下降。【结论】菌株HT66的脂肽产物为黏液菌素,对菌株的代谢、生物膜形成和运动性等生物学功能具有重要的调控作用。研究报道了绿针假单胞菌中一种脂肽分子的结构与功能,为研究其合成和调控机制及开发和应用奠定了基础。
- 熊欣侯博文金雪洁彭华松张雪洪
- 关键词：假单胞菌脂肽
- aveD基因失活提高阿维菌素工业菌株B组分产量被引量：2
- 2014年
- 目的破坏除虫链霉菌ave D基因,提高阿维菌素B1a的发酵单位。方法将ave D基因内部364bp的Sma I-Sma I片段以相反的方向插入到原位置,构建重组质粒p UAm T-D7,并转化到阿维菌素工业生产菌Streptinomyces avermitilis G-8,筛选得到ave D基因失活的基因工程菌G8-17。结果发酵结果表明,G8-17不产维菌素A组分,而B组分的发酵单位则有相应的提高,其中有效组分B1a的发酵单位提高了33.6%。结论 ave D基因内部片段倒位没有影响下游与之共转录的基因ave F的表达,同时能有效阻断阿维菌素A组分的产生,提高B组分的发酵单位。
- 李美红李娜王海彬黄隽
- 关键词：阿维菌素发酵单位基因破坏
- 多烯类抗生素合成基因簇中ABC转运蛋白研究进展被引量：2
- 2014年
- ABC转运蛋白家族是一个广泛存在于不同生物细胞中且功能保守的膜蛋白亚家族;它们是一类单向底物转运泵,通常以主动转运方式完成多种分子的跨膜转运。随着抗生素合成基因簇相关研究的开展,越来越多的簇内ABC转运蛋白被鉴定出来,对其生物学功能的研究正逐渐成为热点。多烯类抗生素作为一类重要的抗真菌药物,能够有效避免真菌产生耐药性,具有非常重要的临床价值。本文以多烯类抗生素合成基因簇为对象,综述了在其中所发现的ABC转运蛋白的研究进展,综合分析了其结构特性与功能间的关系,并对研究应用进行了展望。
- 李涵刘剑波汪谭俊江辉张仁炳管文军
- 关键词：ABC转运蛋白基因簇链霉菌
