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(MH)_n(M=Li,Na;n=1～4)小分子团簇的分子形貌的理论研究被引量：1: 2011年; 研究分子的形状和大小对于进一步探究分子的物理化学性质起着重要作用.使用MELD精密从头计算中的CISD方法,采用6-31＋G（d,p）基组,结合自编的程序,计算并研究金属氢化物（MH）n（M=Li,Na;n=1~4）团簇分子中的1个电子所受到的作用势（PAEM）及特征,探讨了化学键的单电子作用势的势垒Dpb与化学键的键长,团簇分子的单电子作用势的势垒tDpb与团簇分子的结合能的关系.结果表明,Dpb可以用来表征化学键的强度,tDpb可以用来表征团簇的稳定性.此外,还描绘出金属氢化物团簇的分子形貌,探讨了它们各自的特征,为进一步探讨和认识较大的锂和钠氢化物团簇（MH）n（n≥5）结构和性质奠定基础.; 赵东霞罗伦黄艳伟; 关键词：结合能分子形貌

应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量被引量：7: 2011年; 把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型分子能量,从而得到不同类型原子价态能量参数.应用这些原子价态能量参数,计算小分子肽的能量.把所得结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果相比,得出小分子肽能量的绝对偏差小于9.000 0 kcal/mol,相对偏差小于19.000 0×10-6,且均方根偏差3.450 0 kcal/mol,相对均方根偏差6.919 0×10-6.以上结果表明,ABEEMσπ/MM方法计算的分子能量结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果具有较好的一致性,此外,用ABEEMσπ/MM方法计算分子能量要远远快于从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法.; 杨忠志赵洪伟; 关键词：ABEEMΣΠ/MM 从头算小分子肽分子能量

利用ABEEMσπ模型研究哺乳类催产素及其衍生物: 2011年; 哺乳类催产素及其衍生物是一系列包含S—S键的多肽分子.应用原子-键电负性均衡σπ(ABEEMσπ)模型,我们研究了该系列多肽分子的分子内氢键和整体软度与生物活性关系.首先利用点电荷模型计算了该系列多肽分子的分子内氢键能,并与实验值对比,得到了基本一致的结果.再根据整体软度与生物活性的关系:即整体软度越大,分子生物活性越大,我们成功解释了催产素及其衍生物的分子生物活性的变化关系.将ABEEMσπ模型初步应用于研究含S—S键多肽的相关性质方面,并取得了和实验以及其它理论计算较为一致的结果.因此,以上研究为该模型进一步探讨其它多肽的相关性质提供了一定的理论基础.; 张秋菊赵东霞杨忠志; 关键词：ABEEMΣΠ模型催产素衍生物氢键生物活性

Be_2二聚体分子形貌的理论研究: 2011年; 应用MP2、HF和B3LYP/6-311++G(3df,3pd),得到了Be2二聚体在单重态和三重态下的能量与核间距、电离能与核间距的关系曲线,并分析了这3种方法对其能量、电离能变化的影响;结合分子形貌理论详细介绍了单重态下,在核间距变化的过程中电子密度的变化趋势,形象地展示了由小的核间距到平衡位置再到较远的距离,即2个Be原子完全分开形成孤立原子的过程中,边界轮廓的大小和形状随着核间距变化的动态过程.这里使用MP2/6-311++G(3df,3pd)计算了第一电离能的变化趋势.使用MELD精密从头计算中的CISD/6-311++G(3df,3pd)方法,并结合我们自编的分子形貌程序,描绘出了Be2的分子内禀特征轮廓即分子形貌并计算了Be2的内禀特征参数,得到了很好的结果.; 杨忠志王世军; 关键词：分子形貌单重态三重态电子密度

乙酰胆碱酯酶与抑制剂分子对接的ABEEMσπ/MM研究被引量：3: 2012年; 应用ABEEMσπ/MM方法,对乙酰胆碱酯酶抑制剂Tacrine(塔克宁)与组胺转甲基酶进行了分子对接.然后对乙酰胆碱酯酶与4种乙酰胆碱酯酶抑制剂的分子对接进行了研究.在研究中将受体分子固定,配体分子可自由移动,采用半柔性对接方式.通过对4种乙酰胆碱酯酶抑制剂与乙酰胆碱酯酶结合能大小的计算,得到结合能力大小顺序依次为:Donpezil(多奈哌齐)>Huperzine(石杉碱甲)>Rivastigmine(利发斯的明)>Tacrine(塔克宁).这个顺序与实验中得到的乙酰胆碱酯酶(AChE)抑制活性IC50值大小顺序相一致.为使用该方法进行抑制剂设计提供参考.; 王永杰赵东霞杨忠志; 关键词：乙酰胆碱酯酶分子动力学模拟氢键

碱基与氮甲基乙酰胺相互作用的从头算和ABEEM_(σπ)研究被引量：8: 2011年; 选取氮甲基乙酰胺(N-Methylacetamide,NMA)和DNA碱基为研究对象,应用ABEEMσπ/MM方法研究了NMA与碱基之间形成的二聚体的几何构型、电荷分布及结合能等性质,并进行了相应的从头算(abinitio)MP2水平研究,在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下对结构进行了优化.将2种方法的研究结果进行比较发现,所获得的构型、电荷及结合能之间具有很好的一致性,NMA与DNA碱基相互作用的强度大小依次为:鸟嘌呤>胸腺嘧啶>胞嘧啶>腺嘌呤,且证明了ABEEMσπ/MM模型的参数具有很好的可转移性.; 霍红洁赵东霞杨忠志; 关键词：碱基 ABEEMΣΠ/MM

HF分子与惰性气体二聚体的分子形貌的理论研究: 2012年; 采用Gaussian-03程序中的MP2/6-311++G(2d,2p)方法,优化了FH-Rg(Rg=He,Ne,Ar)二聚体的结构.使用MELD精密从头计算中的CISD方法,结合我们自编的程序,计算了这些二聚体的单电子作用势(PAEM),并绘出了它们的分子形貌图象.分子形貌所提供的形貌特征、前沿电子密度的特征等,可以直观地揭示He,Ne和Ar等原子与HF分子相互作用时2种相互作用的差别,即共价相互作用与非共价相互作用区分的直观形象的表征.从二聚体的内禀特征信息可以看出,F,H和Rg原子都发生了不同程度的变形,HF分子对惰性气体原子有一定影响,而惰性气体原子对HF分子的影响较小.; 孙秀萍夏刚山赵东霞杨忠志; 关键词：分子形貌

用DFT和ABEEMσπ对不同形状单层石墨烯结构研究被引量：3: 2011年; 选取完整的单层矩形(41个碳环)石墨烯构型和完整单层正六边形(37个碳环)石墨烯构型,采用B3LYP/6-31G(d,p)方法进行几何优化,计算完整石墨烯构型的HOMO和LUMO分布、能隙及电荷分布.研究结果显示,完整的矩形石墨烯的HOMO和LUMO只分布在锯齿形边缘,能隙约0.15 eV;正六边形石墨烯的HOMO和LUMO广泛地分布在整个片层上,能隙约2.0 eV.石墨烯的几何构型包含扶手椅形边缘和锯齿形边缘,然后定义了2种描述C原子的ABEEM参数,即石墨烯边缘碳原子、内部碳原子,以及与这2种碳原子相关的键.使用ABEEM参数计算出的电荷分布与HF/STO-3G方法所计算的电荷分布相比较,得到的线性相关系数都达到了0.99以上.认为所获得的碳原子和π键ABEEM参数是合理的,可以应用于大石墨烯分子体系.; 杨忠志伍昭春; 关键词：DFT 石墨烯能隙导电性

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辽宁省高校创新团队支持计划(2009T057)