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国家自然科学基金(81201702)
国家自然科学基金(81201702)
- 作品数：3 被引量：7H指数：2
- 相关作者：何浪魏娜王丹郭政更多>>
- 相关机构：成都医学院四川省肿瘤医院电子科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 乳腺癌差异表达miRNA在预后中的意义被引量：5
- 2018年
- 目的运用生物信息学方法研究复发转移乳腺癌组织中的差异表达MicroRNAs,预测其在乳腺癌预后中的分子调控网络。方法从GEO数据库中获取乳腺癌组织Mi RNA表达谱,包括131例10年内无远处转移复发者,79例10年内有复发者。GEO2R在线分析工具筛选差异表达MiRNA,靶基因预测验证数据库预测miRNA靶基因,使用DAVID工具的基因功能注释和通路富集方法对靶基因进行分析。TF-miRNA调控数据库寻找其上游转录因子,Cytoscape软件构建互作网络。结果复发转移组乳腺癌组织共筛选到差异表达的mi RNA 5个,其中表达上调3个,表达下调2个。得到4个相关上游转录因子HIF1A、EGR1、FOXM1、ESR2,与差异miRNA共调控154个的靶基因。靶基因功能集中在BMP信号通路,TGF-β信号通路,细胞骨架组装功能和Rho GTPases信号通路。结论差异性表达的mRNA包括hsa-miR-210、hsa-miR-33a、hsa-miR-32、hsa-miR-135a、hsa-miR-30a-3p,利用生物信息学方法,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的新策略研究开辟新思路。
- 马跃高英静何浪
- 关键词：乳腺癌预后MICRORNAS调控网络生物信息学
- 良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究被引量：2
- 2016年
- 目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。
- 何浪魏娜郭政王丹
- 关键词：乳腺肿瘤外周血单个核细胞差异表达基因
- 整合组学数据分析乳腺癌细胞与外周免疫系统的交互作用
- 2017年
- 目的探讨乳腺癌上皮细胞与外周血之间的交互作用。方法从GEO数据库中获取乳腺癌上皮细胞及外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线分析工具筛选差异表达基因,利用Uni Prot和STRING数据库对差异表达基因蛋白产物进行亚细胞定位,筛选乳腺癌细胞分泌蛋白及与其相互作用的PBMCs膜蛋白。Cytoscape软件构建互作网络。使用DAVID在线工具基因功能注释和KEGG通路富集方法对互作分子进行分析。结果共筛选到101对相互作用分子,基因功能主要涉及细胞黏附、细胞迁移、白细胞激活、免疫反应等生物学过程,参与的信号通路主要有细胞外基质—受体相互作用,细胞因子—细胞因子受体相互作用,趋化因子信号通路等。其中FN1、ITGBI、FLT1、COMP、CXCL12为关键蛋白。结论利用生物信息学方法,整合组学数据,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的研究开辟新思路。
- 魏娜王丹何浪
- 关键词：乳腺癌外周血生物信息学
