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基于XML的生物代谢Petri网模型的标准化被引量：1: 2005年; 针对分析生物代谢网络的需要 ,构建了生物代谢Petri网模型建模环境 ,并采用基于XML的Petri网标记语言PNML为标准 ,利用DOM实现XML解析 ,完成Petri网模型的标准化 ,通过对代谢网络Petri网模型实例的仿真 ,验证了标准化模型的正确性。; 许滔廖莎曾绍群刘笔锋; 关键词：PETRI网 PNML XML DOM

FluxExplorer:一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台被引量：2: 2006年; 近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为.基于这种需求,我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer.它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法,如流平衡分析(fluxbalanceanalysis,FBA)等.这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画.在该平台上,用户只需通过简单的图形化建模过程,就能直观构建并分析自己的目标网络.同时,该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点,以便用户修改.此外,该平台支持系统生物学建模语言(systemsbiologymarkuplanguage,SBML).利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络,并得到了一些有生物学意义的模拟结果.可以说,该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具.; 罗若愚廖莎曾绍群李亦学骆清铭; 关键词：代谢网络计算机模拟系统生物学

基于工作流与Web Portal的分布式软件框架研究被引量：1: 2005年; 基于表示、业务逻辑和数据的三层软件体系结构已成为大规模分布式软件系统的基本模式。针对其结构灵活、可维护、易扩展的进一步需求,探讨了采用Web Portal实现表示层,采用工作流实现逻辑层的技术思路;在此基础上,为三层软件体系结构设计了一种通用、灵活的软件框架;最后,给出了作者实现的框架原型和用例。; 吕鲲鲁强李亦学骆清铭; 关键词：PORTAL 软件体系结构工作流软件框架

在医学图像处理中使用MMX及SSE指令被引量：9: 2005年; 介绍了使用MMX及SSE指令来提高医学图像处理软件运行效率的原理和方法,并在深层次上对处理器工作原理进行了探讨,分析了在实际软件开发中使用的例程,并提供了部分源代码。; 罗若愚鲁强曾绍群; 关键词：MMX SSE 医学图像处理

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国家高技术研究发展计划(2002AA234051)