国家现代农业产业技术体系建设项目(CARS-46-04)
- 作品数：12 被引量：87H指数：5
- 相关作者：李家乐沈玉帮傅建军张猛徐晓雁更多>>
- 相关机构：上海海洋大学中国水产科学研究院淡水渔业研究中心苏州市申航生态科技发展股份有限公司更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目国家科技支撑计划上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 草鱼C1qC基因的克隆及表达分析被引量：1
- 2013年
- 为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)诱导后,草鱼C1qC基因在鳃、皮肤、肌肉、肝、中肾、心脏、头肾等组织中的mRNA表达水平均显著上调。在草鱼胚胎发育的各个阶段都能检测到C1qC mRNA的表达,说明该基因可能在草鱼胚胎和鱼苗的免疫反应和早期发育中起重要作用。本研究将为今后在草鱼免疫功能方面深入研究C1qC基因提供基础资料。
- 陈玥李家乐沈玉帮
- 关键词：草鱼克隆草鱼呼肠孤病毒
- 草鱼GH基因3′部分序列多态性与生长性状及肌肉成分的相关性分析被引量：4
- 2017年
- 为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1~SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25
- 王沈同张猛沈玉帮李家乐
- 关键词：草鱼GH基因多态性生长性状肌肉成分
- 草鱼D-loop多态性与幼苗生长性状的关联分析被引量：1
- 2017年
- 为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)多态性对生长性状的影响,鉴于mt DNA的母性遗传特征,本研究基于2011年繁殖用的20尾母本的D-loop序列信息,与通过亲子鉴定获得的853尾40日龄子代的体长、体质量进行关联分析。结果显示,草鱼6种D-loop单倍型对生长性状表型差异具有极显著影响(P<0.01);其中,单倍型为Hap16的子代的体长最大,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体长(P<0.05);单倍型为Hap18和Hap16的子代的体质量较大,依次大于其他单倍型子代的体质量,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体质量(P<0.05)。此外,草鱼D-loop序列各变异位点基因型对生长性状的影响水平不同;其中,Site01、Site06和Site07等3个位点对体长的差异存在显著影响(P<0.05),Site06和Site07等2个位点对体质量的差异存在显著影响(P<0.05)。研究表明,草鱼D-loop序列变异对子代生长性状具有显著影响,推测在草鱼生长性状改良的选育进程中,可以利用mt DNA多态性信息进行辅助选择。
- 傅建军张猛沈玉帮陈勇李家乐
- 关键词：多态性生长性状
- 草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析
- 利用12个微卫星标记,对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点...
- 傅建军李家乐沈玉帮王荣泉宣云峰徐晓雁陈勇
- 草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析被引量：30
- 2013年
- 利用12个微卫星标记,对来自长江水系（邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州）、珠江水系（肇庆）和黑龙江水系（嫩江）的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点（PIC=0.755~0.930）,8个草鱼野生群体显示出较高的遗传多样性水平（Ho=0.839~0.893）,其中长江水系的6个群体和肇庆群体的多样性水平高于嫩江群体。瓶颈效应分析显示,嫩江、肇庆群体及2个长江上游群体（木洞、万州）近期出现了瓶颈效应,群体数量发生下降。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析显示,群体间出现极显著遗传分化（P〈0.01）,整体分化水平较低（FST〈0.05）。遗传距离分析结果显示,长江水系的6个群体与肇庆群体遗传距离较近,与嫩江群体较远;基于此的UPGMA聚类树显示,长江水系下游、中游和上游的群体依次聚类,然后与肇庆群体聚类,最后与嫩江群体聚类,遗传距离与地理距离呈现出较强的正相关性。遗传结构分析显示,所有样本被划分为5个理论群,肇庆和嫩江群体中个体的遗传结构相对独立,而长江上游、中游和下游群体中个体的遗传结构则存在一定程度的混杂。综上所述,中国草鱼野生资源具有较高的遗传多样性,地理群体间存在遗传分化,具有进一步遗传改良的潜力;但部分群体出现的瓶颈效应也需要引起重视。
- 傅建军李家乐沈玉帮王荣泉宣云峰徐晓雁陈勇
- 关键词：草鱼野生群体
- 草鱼7个插入/缺失型突变多态性及与幼鱼生长性状关联分析被引量：1
- 2019年
- 对草鱼生长性状进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位过程中,在15号连锁群中定位到一个与体质量相关的QTL,本研究根据已有的草鱼遗传连锁图谱和基因组序列,拟用短片段重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对该连锁群的3个scaffolds中插入/缺失型突变位点进行筛选,以降低分型成本,同时将筛选出的7个多态性位点与草鱼幼鱼生长性状进行关联分析。结果显示,(1)草鱼3个scaffolds中44个插入/缺失型突变位点中有17个简单重复序列(又称微卫星,simple sequence repeats,SSRs),2个位点引物设计不成功,设计的25对引物中仅22对扩增和分型成功;(2)22个位点中仅有7对引物在4个亲本中存在多态性,直接测序结果发现,STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;(3)将7个插入/缺失型突变位点与323尾选育F2草鱼的生长性状进行关联分析发现,除了位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与草鱼幼鱼的一个或多个生长性状显著相关,其中ID-6H与幼鱼肥满度性状显著相关,位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分别与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽和体高性状显著相关,可将以上5个与草鱼幼鱼生长性状相关的突变位点用于草鱼生长性状QTL加密和分子标记辅助育种。
- 张猛沈玉帮徐晓雁王荣泉冷向军李家乐
- 关键词：草鱼突变多态性
- 草鱼幼鱼生长性状和肌肉成分的遗传参数估计被引量：6
- 2015年
- 为了研究草鱼幼鱼阶段生长性状和肌肉成分的遗传改良潜力,随机采集288尾人工繁育的4月龄草鱼幼鱼,基于12对微卫星标记,鉴定出来自16个家系（8个母本,9个父本）的273尾个体,各家系、母本和父本对应子代贡献率存在极显著差异（P〈0.01）。对草鱼3个生长性状（体质量、体长和肥满度）和2个肌肉成分（粗蛋白含量和粗脂肪含量）比较发现,3个生长性状和粗蛋白含量在家系和母系半同胞间存在显著差异（P〈0.05）,而3个生长性状和2个肌肉成分在父系半同胞间差异均不显著（P〉0.05）。基于动物模型和限制性最大似然法,草鱼4月龄体质量、体长、肥满度、粗蛋白含量和粗脂肪含量的遗传力估值分别为0.34、0.33、0.17、0.17和0.20,其中3个生长性状遗传力估值达显著水平（P〈0.05）。遗传相关分析显示,体质量与体长之间呈极显著正相关（0.82,P〈0.01）,肥满度与体质量和2个肌肉成分之间存在显著正相关（0.17~0.29,P〈0.05）。研究表明,草鱼4月龄生长性状具有较高的选育潜力,并可通过体长选择实现对体质量的遗传改良;推测在草鱼生长改良过程中,可能会伴随肥满度和粗脂肪含量的变化,这应当引起重视。
- 傅建军张猛沈玉帮徐晓雁孙俊龙李家乐
- 关键词：草鱼生长性状肌肉成分
- 草鱼野生与选育群体线粒体DNA控制区D-loop遗传变异分析被引量：11
- 2017年
- 为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,研究对4个野生群体(邗江、九江、石首和吴江)和2个选育世代(F1和F2)进行了线粒体DNA控制区(D-loop)序列的遗传变异分析。实验结果表明,4个野生群体在单倍型数目(H)、单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异数(K)水平上均高于2个选育世代,在2个选育世代内表现为F1代群体的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异数(K)大于F2代群体,但单倍型多样性(Hd)小于F2代群体;单倍型分析结果表明,6个群体间无共享单倍型,4个野生群体间共发现2种共享单倍型(Hap1和Hap3),石首群体和2个选育世代共享1种单倍型(Hap15);遗传分化指数(F_(st))分析结果表明,邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间存在较大的遗传分化(F_(st)范围为0.41475—0.55128),石首群体与F1代群体之间存在较小的遗传分化,与F2代群体之间存在中等水平的遗传分化,同时F1代群体与F2代群体之间存在较小的遗传分化;基于6个群体276个个体构建的邻接(Neighbor-Joining,NJ)进化树和基于27种单倍型构建的单倍型网络图也得到了相似的结论,即邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间的亲缘关系较远,石首群体和2个选育世代两两之间的亲缘关系较近。以上结果表明,经过2个世代的选择育种,选育群体的遗传结构已发生了变化,并且随着选育的进行,选育世代的遗传多样性下降的较为明显,这警示着我们在今后的育种工作中应适当改变现有的选育方案,并实时监测选育群体的遗传多样性,以便为今后进一步的选育工作打下坚实的基础。
- 王沈同张猛党云飞李立森黄文吉方圆王丰沈玉帮李家乐
- 关键词：草鱼选育群体野生群体D-LOOP
- 三角帆蚌HcTyp-1基因珍珠层颜色性状相关SNP筛选及图谱定位被引量：4
- 2019年
- 本实验室根据前期研究发现,HcTyp-1基因可能参与了三角帆蚌贝壳珍珠层颜色的形成。本实验根据HcTyp-1基因cDNA设计引物,比较筛选获得了8个SNP位点并分析了这些位点与内壳色的相关性,然后对HcTyp-1基因进行了图谱定位。通过研究这些多态性位点与贝壳珍珠层颜色性状相关性发现,C+3057T位点基因型仅在a参数上存在显著差异,G+2985T和T+3006C 2个位点基因型分别在L、b及a、dE上存在显著差异,A+2834C、C+2919T和G+2986T这3个SNPs位点基因型在L、a及dE上均存在显著差异。连锁不平衡结果显示,HcTyp-1基因上除C+2912T、C+2983A这2个位点,其他6个位点具有显著差异,位点之间都存在强连锁不平衡。单倍型分析结果显示,单倍型T2和T4在白色群体中出现的频率极显著高于在紫色群体中出现的频率,T6和T8两种单倍型在紫色群体中出现的频率极显著高于白色群体。因此HcTyp-1基因的部分SNPs可作为三角帆蚌不同内壳色贝壳辅助育种的候选分子标记位点。另外,本研究还将HcTyp-1基因定位在三角帆蚌LG16连锁群上,这为进一步解析该基因调控珍珠颜色形成的分子机制奠定了基础。
- 陈夏君韩学凯白志毅李家乐
- 关键词：三角帆蚌SNP
- 我国草鱼野生群体D-Loop序列遗传变异分析被引量：14
- 2015年
- 利用线粒体DNA的D-Loop区序列,对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生群体开展了遗传变异分析。在424尾鱼中检测到34个变异位点,34个单倍型,单倍型多样性介于0.474—0.708。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.0020—0.0049。长江下游3个群体间遗传距离最近,遗传分化不显著(P>0.05);肇庆群体与长江上游3个群体遗传距离较近,与九江群体遗传分化不显著(P>0.05);嫩江群体与长江上游2个群体遗传距离较近,与万州群体遗传分化不显著(P>0.05)。遗传距离与地理距离存在极显著正相关(R=0.61,P<0.01)。分子方差分析显示,不同流域间遗传变异占总变异26.24%,差异极显著(P<0.01)。34个单倍型分为2个分支,分化极显著(FST=0.644,P<0.01),推测分化时间为第四纪更新世纪晚期。
- 傅建军王荣泉沈玉帮宣云峰徐晓雁刘承初李家乐
- 关键词：草鱼野生群体
