广东省自然科学基金(031577) 作品数:15 被引量:139 H指数:7 相关作者: 邹小勇 蔡沛祥 陈贤光 莫金垣 陈超 更多>> 相关机构: 中山大学 湖南大学 广西民族学院 更多>> 发文基金: 广东省自然科学基金 国家自然科学基金 广东省科技计划工业攻关项目 更多>> 相关领域: 理学 生物学 自动化与计算机技术 医药卫生 更多>>
A cooperative fast annealing coevolutionary algorithm for protein motif extraction 被引量:2 2007年 By integrating the cooperative approach with the fast annealing coevolutionary algorithm (FAEA), a so-called cooperative fast annealing coevolutionary algorithm (CFACA) is presented in this paper for the purpose of solving high-dimensional problems. After the partition of the search space in CFACA, each smaller one is then searched by a separate FAEA. The fitness function is evaluated by combining sub-solutions found by each of the FAEAs. It demonstrates that the CFACA outperforms the FAEA in the domain of function optimization, especially in terms of convergence rate. The current algorithm is also applied to a real optimization problem of protein motif extraction. And a satisfactory result has been obtained with the accuracy of prediction achieving 67.0%, which is in agreement with the result in the PROSITE database. CHEN Chao TIAN YuanXin ZOU XiaoYong CAI PeiXiang MO JinYuan关键词:合作法 快速退火 超二级结构 功能域 协同快速退火演化算法识别蛋白质家族模体 2006年 将快速退火演化算法(fastannealingevolutionaryalgorithm,FAEA)与协同方法相结合,提出了一种用于求解高维的全局优化问题的新方法——协同快速退火演化算法(cooperativefastannealingcoevolutionaryalgorithm,CFACA).首先将高维的解空间分解成多个一维的子空间,再在每个子空间里利用单个独立的FAEA搜索该子空间里的最优子解,最后将各子解结合在一起,即构成了原来问题的一个解.基准函数测试的结果表明,CFACA算法具有更快的收敛速度.进一步用CFACA算法提取EGF蛋白质家族的模体,正确识别率达到67.0%,所提取的模体与蛋白质功能位点数据库PROSITE中的结果相吻合. 陈超 田元新 邹小勇 蔡沛祥 莫金垣关键词:全局优化 快速退火 演化算法 基于小波包能量的血红蛋白序列特征提取 被引量:2 2007年 本文基于小波包变换研究了不同物种血红蛋白α链和β链的能量分布情况,结果表明小波包能量作为同源蛋白质的特征向量,不仅能够体现出蛋白质的同源性,而且也能反映出蛋白质在进化过程中的遗传变异情况,并从分子水平揭示了医学上用猪血代替人血解决血液短缺问题的缘由,为蛋白质功能的研究提出了一种新的研究思路。 田元新 陈超 邹小勇 蔡沛祥关键词:特征向量 同源蛋白 膜蛋白跨膜区段的预测分析 被引量:22 2004年 将连续小波变换技术的时频局部化特点和氨基酸的疏水特性相结合 ,提出了一种用于预测膜蛋白跨膜区段数目和位置的新方法 ,以代码为 1 YST的膜蛋白为例 ,对小波尺度和疏水值的种类进行了选择 ,同时描述了该法对跨膜螺旋区数目和位置的预测分析过程 .从膜蛋白数据库中随机抽取 3 6个蛋白质 (含跨膜螺旋区 2 3 2 )作为测试集 ,采用该方法对其跨膜螺旋区进行预测 ,其中 2 2 2个跨膜螺旋区能被准确预测 ,准确率为 96.1 % .结果表明 。 邱建丁 梁汝萍 谭学才 邹小勇 莫金垣关键词:膜蛋白 连续小波变换 疏水性 细胞 L-半胱氨酸自组装电极循环伏安法测定多巴胺 被引量:7 2007年 建立了痕量多巴胺(DA)电化学分析方法。在pH7.6的0.2mol/LNa2HPO4-NaH2PO4+0.1mol/LKCl底液中,L-半胱氨酸(L-Cys)自组装金电极对多巴胺有明显的电催化氧化作用,考察了该电极作为DA传感器的实验条件。结果表明:DA在L-Cys/Au电极上的氧化峰电流与多巴胺的浓度在一定范围内成线性关系,线性范围为6.7×10-5~4.6×10-3mol/L,检出限为8.4×10-6mol/L,平行测定8次,相对标准偏差为3.2%,用于盐酸多巴胺注射液中DA的测定,回收率为94%~96%。 陈贤光 张素娟 欧阳良琪 邹小勇关键词:L-半胱氨酸 自组装 电催化氧化 多巴胺 聚对苯二酚修饰玻碳电极的制备及其对抗坏血酸的催化氧化作用 被引量:12 2006年 采用循环伏安(CV)法制备了聚对苯二酚薄膜修饰玻碳电极,利用其电催化氧化作用建立了抗坏血酸的定量分析方法,探讨了其催化氧化机理。研究发现:在0.2mol/L Na2HPO4-NaH2PO4(PBS,pH7.0)缓冲溶液中,以0.1mol/L KCl作支持电解质,聚对苯二酚修饰电极(PHQ/CME)对抗坏血酸(AA)存在灵敏的催化氧化作用,氧化峰电位负移177mV。应用微分脉冲伏安法(DPV)对AA进行定量分析,其氧化峰电流与AA浓度在3.3×10^-1~1.7×10^-2mol/L和1.7×10^-2~1.2×10^-1mol/L范围内呈良好的线性关系,检出限为3.3×10^-6mol/L。机理研究结果表明:PHQ/CME上带有的酚羟基与脱氢抗坏血酸自由基之间形成的氢键是电催化氧化的主要原因。 陈贤光 王壬 赵国芳 邹小勇关键词:对苯二酚 化学修饰电极 抗坏血酸 电催化氧化 基于双层类脂膜的去甲肾上腺素传感器 被引量:3 2005年 报道了去甲肾上腺素 (NE)在月桂酸 -双层类脂膜修饰的玻碳电极上的电化学行为 ,在 +0.6~ -0.2V(vs.Ag/AgCl)电位范围内 ,于pH7.0的0.01mol/L的KH2PO4-Na2HPO4 底液中 ,去甲肾上腺素产生很灵敏的氧化峰电流。氧化峰电流与去甲肾上腺素浓度在1.7×10 -5~5.9×10 -4mol/L范围内呈良好线性关系。 李荫 谭学才 梁汝萍 蔡沛祥 邹小勇关键词:去甲肾上腺素 双层类脂膜 修饰电极 A Cooperative Approach for the Extraction of Protein Motifs 2006年 Chao CHEN Yuan Xin TIAN Xiao Yong ZOU Pei Xiang CAI Jin Yuan MO基于纳米金和硫堇固定酶的过氧化氢生物传感器 被引量:21 2007年 在铂电极上自组装一层纳米金(GNs),构建负电荷的界面,然后通过金-硫、金-氮共价键合作用和静电吸附作用自组装一层阳离子电子媒介体硫堇(Thio).再以同样的作用自组装一层GNs和辣根过氧化酶(HRP)的混合物,最后在电极最外层滴加一层疏水性聚合物壳聚糖(Chit),由此制备了一种新型的过氧化氢生物传感器.研究了工作电位、检测底液pH、温度对响应电流的影响,以及GNs和HRP之间的相互作用,探讨了传感器的表面形态、交流阻抗、重现性和稳定性.该传感器的酶催化反应活化能为12.4 kJ/mol,表观米氏常数为6.5×10^(-4)mo/L,在优化的实验条件下,所研制的传感器对H_2O_2的线性范围为5.6×10^(-5)~2.6×10^(-3)mol/L,检出限为1.5×10^(-5)mol/L.应用此方法制备了HRP和葡萄糖氧化酶(GOD)双酶体系葡萄糖生物传感器,并应用于实验样品葡萄糖含量的测定. 陈贤光 钱莹 张素娟 邹小勇关键词:硫堇 过氧化氢 生物传感器 电化学DNA传感器的研制及其医学应用 被引量:26 2005年 对近几年发展起来的电化学DNA传感器的研究工作进行了讨论 ,详细论述了该类传感器的工作原理、探针固定化技术、杂交指示剂的类型以及在基因诊断、药物分析等方面的医学应用 ,并展望了应用前景和发展方向。 邹小勇 陈汇勇 李荫关键词:修饰电极