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共价对接法辅助模拟预测脂肪酶的对映体选择性被引量：2: 2011年; 以SYBYL软件包中的FlexX对接模块为研究工具,模拟预测了4种脂肪酶对66对手性底物的水解及转酯反应的对映体选择性。模拟过程中,将四面体中间态底物类似物共价对接到脂肪酶的活性位点,以3个必需氢键的形成为筛选条件,去除不符合标准的酶-底物对接构象。对接结果表明:当催化反应的E值较小时(E<100),酶与R/S两种底物的结合自由能差不足以准确预测酶的优先反应构型;而当底物的E≥100,并且主链碳原子数目较少时,该方法对脂肪酶对映体选择性的预测率明显提高,达到81.5%。由于模拟中,酶与绝大多数底物形成了含有3个氢键的反应型构象,符合理论催化模型,同时由于该方法计算速度快,因而该方法可用于高通量模拟预测脂肪酶的潜在底物。; 袁鹏杨立荣徐刚吴坚平; 关键词：对映体选择性脂肪酶

R-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究被引量：2: 2011年; 对来自假单胞菌ZJU26中的R-2-卤代酸脱卤酶(DehI-R)进行同源模建,分析其与底物的相互作用,为解析酶的底物对映体选择性提供理论依据。采用Sybyl中的APM模块首次构建并优化了R-2-卤代酸脱卤酶的三维结构,并用Procheck验证结构模型的合理性。使用Surflex-Docking模块将结构模型与底物分别进行对接,分析相互之间的作用。序列比对结果显示,R-2-卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌PP3中DehI的相似性达23.71%。Deh-R模建后的结构与模板很好的吻合。模型比对分析DehI-R中参与催化的残基,除Asn203外大部分都比较保守。分子对接结果表明,R-2-氯丙酸和S-2-氯丙酸都可以结合到活性位点上,决定其选择性的是位点Asn203,在RS-2-卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为Ala,相比之下,Asn具备较大的空间位阻,从而阻止了S-2-氯丙酸的反应。利用Sybyl中的Biopolymer模块对R-2-卤代酸脱卤酶中的Asn203突变成具有不同空间位阻的Ala、Gly和Gln。突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用。; 林春娇杨立荣徐刚吴坚平; 关键词：同源模建分子对接对映体选择性

米黑霉脂肪酶基因的高效表达及活性测定被引量：4: 2012年; 为了实现米黑霉脂肪酶（Rhizomucor miehei Lipase,RML）基因在大肠杆菌中的高效表达,并得到大量的具有生物活性的脂肪酶,首先通过3种方式提高RML在大肠杆菌中可溶性蛋白的表达量：1）低温诱导（16℃）RML表达;2）新型分子伴侣（Skp）与RML N端融合表达;3）载体pET32a上的Trx.tag与RML N端融合表达。其次对各蛋白质进行纯化及活性测定,各种条件得到的RML比活在（226±10~247±10）U/mg。蛋白质表达结果显示：经低温诱导RML的效果最好,纯蛋白质量浓度为0.86 mg/mL,表明诱导温度是影响可溶性蛋白质表达量的关键因素;活性测定结果表明,Skp和Trx.tag与目的基因N端的融合没有影响RML活性中心（C末端）对底物的结合和催化能力。因此,RML不仅在大肠杆菌中得到高效表达,并且保持原有生物学活性,在工业生产中有应用价值。; 王珏王丹张兵于洪巍; 关键词：大肠杆菌活性

(3R)-2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸乙酯水解酶产生菌的筛选与产酶条件优化被引量：1: 2011年; 以2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸乙酯为唯一碳源,采用手性气相法检测,筛选到一株能产对映选择性水解酶的假单胞菌Pseudomonas CGMCC No.4184。该菌产的水解酶能优先水解R型底物产生(3R)-2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸,产物对映体过量值达到90%以上。对菌株Pseudomonas CGMCC No.4184的产酶条件进行了研究,结果表明该菌产酶最适温度为30℃,最适pH为7.4。通过单因素试验、Plackett-Burman试验和响应面法研究并优化了产酶培养基组成,使酶活提高到33.43 U/L,比初始酶活(15.92 U/L)提高了2.1倍。利用静息细胞催化水解底物,当底物浓度和静息细胞干重分别为5 g/L和8 g/L时,在pH 7.4的磷酸缓冲液中反应48 h(温度30℃,摇床转速200 r/min),转化率为56.3%,底物对映体过量值达到98.3%,较好地实现了拆分制备(3S)-2-羧乙基-3-氰基-5-甲基己酸乙酯的目标。; 吴薇杨立荣徐刚吴坚平; 关键词：对映选择性

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国家高技术研究发展计划(2010AA101502)