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真核生物多基因预测结果整合算法: 2013年; 针对独立基因预测算法可靠性较差的缺点,提出了真核生物多基因预测结果整合算法(Algorithm for integration of multiple eukaryotic gene prediction results,AIMEGPR)。该算法在综合分析各种预测算法结果的基础上,首先用极大似然法估计各种预测算法的性能参数,然后利用这些性能参数计算基因证据区间上各个基因片段归属于各种基因元件类型的后验概率,最后采用动态规划法在基因证据区间上确定最优的一致基因结构。AIMEGPR既不需要人工定制整合规则,也不需要复杂的训练学习,因此AIMEGPR尤其在基因组新测序物种上进行编码基因注释时具有十分显著的优越性。实验结果表明,利用AIMEGPR算法对多基因预测结果整合可以明显提高一致基因的可靠性。; 刘金定朱毅华黄水清; 关键词：基因预测动态规划

河北邢台和江苏南京地区棉蚜对丁硫克百威和吡虫啉的抗性被引量：10: 2013年; 【目的】对河北邢台和江苏南京地区棉蚜(Aphis gossypii Glover)进行抗性监测,了解棉蚜对丁硫克百威和吡虫啉的抗性发展情况,为抗性治理提供理论依据。【方法】以用药水平最低的新疆南疆种群作为相对敏感种群,通过室内毒力测定、离体酶活力测定、相对表达量分析,研究新疆南疆、河北邢台及江苏南京3个地区棉蚜对丁硫克百威和吡虫啉潜在的代谢抗性机制。【结果】河北邢台和江苏南京地区的棉蚜对丁硫克百威仍处于敏感阶段;但对吡虫啉的抗性已有所发展,抗性水平分别为4.87和8.72倍,为低水平抗性阶段。解毒代谢酶活力对比研究发现,3个地区田间种群之间多功能氧化酶、酯酶及谷胱甘肽转移酶的活力均存在显著差异,江苏南京种群的酯酶活力显著高于新疆南疆种群。定量PCR分析表明,河北邢台地区棉蚜的羧酸酯酶表达量较高,是新疆种群棉蚜的3.28倍。【结论】田间棉蚜已对吡虫啉产生了低水平的抗性,酯酶活力升高在棉蚜对吡虫啉低水平抗性形成中发挥作用。; 王娜郎志飞贺康李飞; 关键词：棉蚜丁硫克百威吡虫啉抗性

五种鳞翅目害虫中抗药性相关基因的转录组学分析被引量：6: 2012年; 随着测序技术的发展,昆虫转录组数据不断积累,在昆虫学研究中的应用也越来越广泛。在害虫抗药性的研究中,转录组数据分析也是重要的最新研究手段。本文通过对5种鳞翅目害虫转录组的生物信息学分析,鉴定出13种与抗药性相关的基因,发现细胞色素P450基因序列数量最多,共887条。另外,谷胱甘肽S-转移酶、鱼尼丁受体、氨肽酶N、糖基转移酶相关的基因序列多于100条。同时,对这5种鳞翅目昆虫中部分Bt受体相关的基因做了多序列比对和进化分析。分析认为,从多物种、多基因的角度提出对农药抗性的系统性研究,是害虫抗性研究的发展趋势。; 刘莹王娜张赞李飞; 关键词：转录组

昆虫RNA-Seq数据的分析流程被引量：1: 2013年; 随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。; 刘金定张赞黄水清李飞; 关键词：基因差异表达

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国家自然科学基金(31171843)