中国科学院知识创新工程重要方向项目(KGGX1-YW-13)
- 作品数：6 被引量：7H指数：2
- 相关作者：迟学斌郎显宇陆忠华涂强陈文亮更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金国家重大技术装备创新研制项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术电子电信生物学自然科学总论更多>>
- InsPecT的千核并行及优化
- 2010年
- 蛋白质翻译后修饰(PTMs)在复杂的生命过程中起到极其重要的调控作用,对蛋白质翻译后修饰的研究是对蛋白质结构及其功能分析的深入,也是当前蛋白质组学的重要方向。InsPecT软件由于具备盲搜索功能,在蛋白质翻译后修饰鉴定领域备受关注,但极高的计算复杂度是阻碍其广泛应用的主要障碍。本文对InsPecT软件进行并行化,并在千核环境下进行测试;此外,还在负载平衡方面和GPU加速方面进行优化。结果显示,并行效率突出,加速效果显著。
- 涂强郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：INSPECT负载平衡
- 一种冷冻电子断层三维重构的并行迭代算法被引量：2
- 2009年
- 迭代重构算法是当前解决冷冻电子断层三维重构问题的有效算法,但其海量计算需求限制了其广泛应用.提出了一种冷冻电子断层三维重构的并行迭代算法,在曙光4000H高性能计算机上的实验结果表明并行迭代算法不仅能够获得较好的加速性能,而且能够有效提高重构结果的精度.
- 万晓华张法刘志勇
- 关键词：迭代算法并行计算
- 无线传感器网络管理综述被引量：4
- 2010年
- 作为一种新兴的网络范型,无线传感器网络为我们提供了一种新的监测和控制模型。由于传感器网络自身特性,给网络管理带来许多挑战,传统的网络管理不再适用于无线传感器网络。目前对于传感器网络管理的研究,尚无一个统一的管理标准。文中总结了当前所提出的一些管理系统和框架,并阐述了对IPv6的支持及基于ZigBee的无线传感器网络管理。
- 毕斌王金一陈文亮阎保平
- 关键词：无线传感器网络WSN网络管理管理框架ZIGBEE
- 基于CUDA的蛋白质翻译后修饰鉴定MS-Alignment算法加速研究被引量：1
- 2010年
- 对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器（GPU）对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单GPU上的实现方法。测试结果表明,此方法平均加速比为30倍以上,效果良好,可以满足蛋白质翻译后修饰鉴定中大规模数据快速计算的需求。
- 翟艳堂涂强郎显宇陆忠华迟学斌
- 关键词：图形处理器统一计算设备架构
- 基于CUDA的体数据可视化工具
- 2011年
- GPU的可编程性和并行计算能力的飞速发展为可视化提供了新的解决途径。基于支持CUDA的GPU,利用光线投射,实现了一个可以对体数据进行交互式可视化的工具,包括阻光度融合、等值面绘制、MIP绘制以及X光线投影等多种绘制效果,并加入了Phong光照模型以提高阻光度融合和等值面绘制的图像质量。实验表明,该工具较好的利用了GPU的并行计算能力,能够绘制出较高质量的图像,并具有良好的可交互性和可扩展性。
- 叶良单桂华刘俊迟学斌
- 关键词：CUDA可视化光线投射PHONG光照模型
- 一种冷冻电子断层三维重构的并行迭代算法
- 迭代重构算法是当前解决冷冻电子断层三维重构问题的有效算法,但其海量计算需求限制了其广泛应用.提出了一种冷冻电子断层三维重构的并行迭代算法,在曙光4000H高性能计算机上的实验结果表明并行迭代算法不仅能够获得较好的加速性能...
- 万晓华张法刘志勇
- 关键词：迭代算法并行计算
- 文献传递
- 冷冻电镜三维重构在CPU-GPU系统中的并行性
- 2011年
- 为了有效地发掘和利用异构系统在应用和体系结构上的并行性,以冷冻电镜三维重构为例展示如何利用应用程序潜在的并行性.通过分析重构计算所有的并行性,实现了将动态自适应的划分算法用于任务在异构系统上高效的分发.在曙光星云系统的部分节点系统(32节点)上评估并行化的程序性能.实验证明:多层次的并行化是CPU与GPU异构系统上开发并行性的有效模式;CPU-GPU混合程序在给定问题规模上相对单纯CPU程序获得2.4倍加速比.
- 李兴建李临川谭光明张佩珩
- 关键词：冷冻电镜
- 基于CUDA加速的光线投射法研究
- 传统的基于CPU的光线投射算法绘制速度较慢,限制了它的应用。在保证绘制质量的同时,为了提高光线投射体绘制的速度以达到实时可交互,本文利用离屏渲染技术,提出了一种基于CUDA的层次包围盒空间跳跃加速的光线投射体绘制算法,利...
- 叶良单桂华迟学斌
- 关键词：光线投射法CUDA
- 文献传递
