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陕西省科技统筹创新工程计划项目(2011KT-CL02-03)
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相关作者:
王玲慧
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相关机构:
西北农林科技大学
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发文基金:
陕西省科技统筹创新工程计划项目
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陕西杨凌地区TYLCV病毒生物信息学分析研究
2014年
采集杨凌五泉、揉谷和李台3个番茄主产区表现矮化、黄化及曲叶症状的植株嫩叶,克隆番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)基因全长并测序,依次得到病毒分离物TYLCV—SXYL2、TYLCV—SXYL3和TYLCV—SXYL4。通过多序列比对、系统发育树构建及蛋白质结构和理化性质预测等生物信息学方法进行基因组和蛋白质的特征分析,结果表明,杨凌区3个TYLCV分离物之间全长核苷酸相似度为99.3%-99.4%,是不伴随卫星分子的单组分病毒,属TYLCV—IS株系的不同分离物,全长为2781 nt;与山东寿光病毒分离物TYLCV—SDSG亲缘关系最近,相似度为99.6%,与陕西泾阳的分离物TYLCV—SX8相似度为99.1%,与以色列株系TYLCV—IS相似度达97.7%~97.8%;编码6个蛋白质,其中CP、Rep、REn为跨膜蛋白,V2、TrAP、C4为胞内蛋白,Rep和REn为稳定蛋白,CP、V2、TrAP、C4为不稳定蛋白。
王玲慧
李翠
潘铜华
刘婧仪
崔霞
李云洲
王巧丽
梁燕
关键词:
番茄黄化曲叶病毒
番茄
生物信息学分析
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