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应用锁定核酸水解探针实时荧光定量PCR检测烟曲霉: 2011年; 目的建立检测烟曲霉的锁定核酸（LNA）水解探针实时荧光定量PCR（qPCR）方法。方法实验菌株来自北京同仁医院临床分离曲霉菌株，均通过形态学和DNA测序方法鉴定到种。实验组：烟曲霉48株；对照组：黄曲霉55株、杂色曲霉16株、构巢曲霉10株、聚多曲霉5株、寄生曲霉1株；临床标本组：已经纯培养出烟曲霉的冻存临床标本，鼻窦炎鼻窦组织标本20份、肺泡灌洗液1份。提取标本的DNA，LNA水解探针qPCR检测烟曲霉特异性p-微管蛋白基因，评价此方法的分析特异性、扩增效率、线性动态范围和检测限。结果烟曲霉特异性p-微管蛋白基因LNA水解探针qPCR检测烟曲霉方法的分析特异性为100％，扩增效率为98．2％，线性动态范围6个数量级，检测限2．5Pg。结论烟曲霉特异性β-微管蛋白基因LNA水解探针qPCR法能快速、准确地检测烟曲霉，而且此方法易操作、经济实惠．应用前景广阔。; 王利君朱敏曹晶晶顾海彤鲁辛辛; 关键词：曲霉核酸探针聚合酶链反应

巴西奴卡菌引起鼻窦感染一例被引量：2: 2010年; 现已报道奴卡菌近40个种，有地域分布特征，其中与人类疾病关系密切的有星形奴卡菌复合群、巴西奴卡菌和豚鼠奴卡菌等。巴西奴卡菌引起的鼻窦炎病例在中国内地十分罕见，可见有肺部感染和皮下脓肿的报道。; 鲁辛辛周兵耿佳靖王振刚袁梁刘壮壮; 关键词：星形奴卡菌人类疾病皮下脓肿肺部感染

18SrRNA基因序列分析在临床常见酵母样真菌鉴定中的应用被引量：7: 2009年; 目的应用18SrRNA基因序列分析技术对临床分离的常见酵母样真菌进行种的分类鉴定，且与传统方法比较，分析基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌的可行性。方法收集北京同仁医院微生物室菌库酵母样真菌115株，提取的DNA用18SrRNA通用引物进行PCR扩增，扩增产物直接测序，测序结果提交GenBank通过核酸序列比对对微生物种属进行鉴定，同时进行真菌显色培养基鉴定、Vitek32YBC鉴定，比较3种不同方法鉴定酵母样真菌的种鉴定准确率，阐明应用基因序列分析法鉴定临床酵母样真菌的可行性。结果18SrRNA基因序列分析法与表型鉴定法相比较，有13株酵母样真菌鉴定结果存在差异：显色培养基仅鉴定出102株，与基因序列分析鉴定的符合率为89．2％（91／102），Vitek32YBC鉴定结果与基因序列分析鉴定的符合率为91．3％（105／115）；显色培养基、Vitek32YBC和18SrRNA基因序列分析鉴定到种的比例分别为88．7％（102／115）、100％（115／115）、100％（115／115）。结论18SrRNA基因序列分析法可对常见酵母样真菌进行准确分类。; 耿佳靖袁梁鲁辛辛; 关键词：酵母菌 RNA 核糖体 RNA

ITS和β-微管蛋白基因序列鉴定曲霉菌的临床应用被引量：12: 2011年; 目的研究ITS序列分析和β-微管蛋白基因序列分析在曲霉菌鉴定中的临床应用价值.方法收集2007年7月至2010年1月,首都医科大学附属北京同仁医院真菌性鼻窦炎病原菌株中曲霉菌124株,分别对其进行形态学和分子鉴定.形态学包括传统培养方法、玻片培养和乳酸酚棉蓝染色及KOH消化后显微镜镜检.将菌株的PCR扩增产物进行ITS序列分析和β-微管蛋白基因序列分析,其测序结果与GenBank、European Molecular Biology Laboratory和DNA Data Bank of Japan 3个数据库比对,得到分子鉴定结果.结果形态学鉴定为黄曲霉的56株曲霉中,经ITS序列分析鉴定为黄曲霉55株,寄生曲霉1株,β-微管蛋白基因序列分析结果与ITS序列分析相同;形态学鉴定为烟曲霉的37株曲霉中,ITS序列分析鉴定为37株烟曲霉复合种,β-微管蛋白基因序列分析鉴定为烟曲霉35株和仑图卢斯曲霉2株;形态学鉴定为杂色曲霉的21株曲霉中,ITS序列分析鉴定为杂色曲霉16株和未鉴定到种的曲霉5株,β-微管蛋白基因序列分析鉴定为杂色曲霉16株和聚多曲霉5株;形态学鉴定为构巢曲霉的10株曲霉中,ITS序列分析和β-微管蛋白基因序列分析均鉴定为构巢曲霉.结论 β-微管蛋白基因序列分析曲霉的分辨率较ITS序列分析高,可以将曲霉准确鉴定到种,ITS序列可以分析到曲霉复合种.; 朱敏耿佳靖王玫黄艳飞王利君鲁辛辛; 关键词：曲霉菌属微管蛋白

医院感染MRSA的重复序列PCR分型研究被引量：2: 2010年; 目的对引起医院感染的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)进行分子流行病学调查。方法根据医院感染诊断标准,选择2008年我院MRSA医院感染患者30例和疑似医院感染患者5例,分离得到MRSA菌株36株。采用Diversilab自动化重复序列(REP)-PCR(repetitive-element sequence-based PCR)分型系统,研究MRSA菌株遗传特征和流行特点。结果 MRSA在我院的3个病房中存在6型REP-PCR指纹图。REP-Ⅰ型为优势分离株,占研究MRSA的64.86%,集中在西区急诊病房、西区呼吸病房和西区外科重症监护病房(SICU)。REP-Ⅲ型菌株全部分离自喉科术后感染患者。结论 REP-Ⅰ型菌株是我院西区MRSA感染的主要型别;MRSA在西区急诊病房的流行是此类医院感染在我院播散的重要环节;Diversilab自动化REP-PCR分型技术系统可成为医院感染病原研究的有效手段。; 曹晶晶袁梁王利君张明新黄艳飞王玫鲁辛辛; 关键词：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌医院感染

Application of gene sequencing directly to identify the pathogens in specimens: 2010年; 背景精确鉴定细菌孤立是在临床的微生物学的一项必要任务。这研究把 culturing 比作作为方法分析 16S rRNA 基因序列在临床的样品识别细菌。我们开发了一种关键技术直接经由 nucleic 酸序列在临床的样品识别细菌，因此改进能力证实我们获得了的 pathogens.Methods 来自北京 Tongran 医院的 225 件样品并且由定序识别病原体的常规文化和 16S rDNA 检查了他们。这研究使用了来自我们的实验室提取 DNA 的一种修改样品预告的处理技术。16S rDNA 被 PCR 放大。放大产品在一个 CEQ8000 毛状的音序器上被定序。序列在断然栽培的细菌的紧张之中为 comparison.Results 被上载到 GenBank 强风数据库，七紧张被 Vitek32 并且由定序的 16S rDNA 不同地识别。由标准 culturing 是否定的 12 件样品决心由 16S rRNA 基因定序的使用能改进的顺序 analysis.Conclusion 有病原体由提供未辩别出的细菌的更好的鉴定或提供不平常的紧张的参考鉴定的临床的微生物学。; LU Xin-xin YUAN Liang WAN Xiao-hua GENG Jia-jing; 关键词：RRNA基因序列直接测序 RDNA序列分析临床微生物学 GENBANK

18S rRNA基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌: 目的应用18S rRNA基因序列分析技术对临床分离的常见酵母样真菌共115株进行种的分类鉴定且与传统方法比较,分析基因序列分析法鉴定临床常见酵母样真菌的可行性。方法收集北京同仁医院微生物室菌库酵母样真菌115株,提取的D...; 耿佳靖鲁辛辛袁梁; 关键词：直接测序酵母样真菌; 文献传递

16S rDNA鉴定标本中病原菌的关键技术研究被引量：3: 2009年; 16S rDNA鉴定在纯培养后微生物分类中广泛应用。但纯培养后再基因测序鉴定的方法，无法克服传统培养时间长与受培养条件限制的缺陷。从标本直接鉴定病原菌基因仅需12h，不受培养条件影响。但此项技术在实际临床应用却很少，存在的最大技术难点在于临床标本中含有人类蛋白质、白细胞、组织细胞、多糖等干扰因素。已有文献证明这些组织成分抑制核酸扩增反应，这种抑制作用在脓性的标本中尤为突出。如何找到有效的标本前处理方法，去除干扰因素，同时提取到足够病原菌核酸是直接基因鉴定技术瓶颈之一。; 袁梁鲁辛辛耿佳靖; 关键词：DNA鉴定临床标本病原菌基因测序核酸扩增

ITS序列鉴定真菌性鼻窦炎病原的方法评价被引量：8: 2010年; 目的建立ITS（包括ITS1-5．8 rRNA—ITS2）测序鉴定真菌性鼻窦炎病原的方法。方法收集北京同仁医院2006-2008年，经临床与CT诊断为真菌性鼻窦炎，并行鼻内镜手术切除的组织标本270份。所有标本分别进行组织病理检查、压片直接镜检、真菌培养鉴定和核糖体RNA转录间隔区测序分析，通过方法比较，评价序列分析直接鉴定病原真菌的可行性，同时分析真菌性鼻窦炎病原学特征。结果在270份标本中，组织病理阳性率为80．0％（216／270），压片阳性率为80．0％（216／270），真菌培养阳性率为53．0％（143／270），ITS测序阳性率为63．0％（170／270）。经培养得到22个种，6个属。ITS测序鉴定32个种。培养与ITS序列种水平符合率为76．1％（102／143）。结论ITS测序可成为真菌鉴定的辅助工具。; 鲁辛辛耿佳靖李云川周兵袁梁王向东张孜韩德民; 关键词：鼻窦炎真菌病真菌

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国家自然科学基金(30772066)

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