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Grb7蛋白SH2结构域的表达及其纯化的方法: 2012年; 目的:探讨Grb7蛋白SH2结构域的表达及其纯化的方法。方法:将Grb7蛋白SH2结构域编码基因与谷胱甘肽巯基转移酶(GST)标签编码基因构建为融合基因,插入原核表达载体pGEX-4T-1的多克隆酶切位点EcoRⅠ与XhoⅠ之间,挑选测序正确的质粒将其转染至BL 21感受态细胞内,感受态细胞于37℃摇培至其OD值达到0.6～0.8后,经0.2 mmol/L IPTG 25℃过夜诱导表达融合蛋白,MALDI-TOF质谱检测蛋白纯化产物,SPR生物传感器(Biacore 3000)检测纯化蛋白与天然配体磷酸化肽段的相互作用。结果:GST-Grb7 SH2结构域融合蛋白在裂解菌液的上清液中存在,500 ml LB/Amp菌液可纯化得到415μg GST-Grb7 SH2结构域融合蛋白,MALDI-TOF质谱图上可见明显目的蛋白峰,Biacore 3000检测到纯化蛋白可结合不同浓度的磷酸化肽段配体。结论:运用改进的GST融合蛋白纯化方法可得到具有一定纯度及生物学活性的GST-Grb7 SH2结构域融合蛋白,为该蛋白结构域后续功能研究奠定了基础。; 张丹赵敏迪高友鹤; 关键词：SH2结构域基因表达纯化

尿蛋白质组学在疾病标志物研究中的应用被引量：3: 2010年; 尿液是重要的疾病标志物来源.本文介绍了当前尿蛋白质组学的研究进展和尿液中疾病标志物研究的主要问题,并对未来的发展进行了展望.由于实际的临床问题通常是对症状相似的多种疾病进行鉴别诊断,仅仅比较某一种疾病组和健康人对照组的尿蛋白质组差异不足以找到具有诊断能力的标志物.另外,尿蛋白质组在个体间和同一个体的不同生理条件下的变化也为疾病标志物的寻找带来了困难.本文提出,进行正常人群个体间和不同生理条件下尿蛋白质变化范围的研究可以为鉴定疾病标志物提供参考标准,从而帮助研究者发现由疾病、而不是生理学差异引起的蛋白的变化.比较蛋白在血浆和尿液中丰度的变化可以揭示肾脏的生理学功能和发现疾病标志物.最后提出,建立一个数据共享平台,收集和整合已有的疾病标志物研发成果,将大大推动尿蛋白质组研究的发展.; 邵晨王燕高友鹤; 关键词：尿液蛋白质组学疾病标志物

PDZK1和PDZK2结合特性的比较: 2010年; 目的比较同一种属同一家族两种相近的简单接头蛋白PDZ结构域结合配体的特性。方法采用酵母双杂交筛选新型随机多肽文库联合高效验证筛选特定PDZ配体库,分别鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结合线性多肽序列,分析发现两种PDZ结构域结合共有序列特性。通过生物信息学方法比对PDZ结构域,确定结构域中与配体相互接触面位点,进而详细比较这两个相似结构域结合特性的区别及其产生原因。结果分别获得PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1的结合特性,发现两者的共有序列分别可以归纳为-[S/T]-x-Φ和-[S/T]-[K/R/H]-[F/L],两个PDZ结构域间相互作用接触面位点大部分相似,主要差异表现在接触面位点比对中的37～45氨基酸序列,特别是42位氨基酸(F和H)差异较大。结论成功鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结构域的结合特性,发现了这两个PDZ结构域及其结合配体特性的差异。; 李嫄胡斯奇马素参邵晨牟一高友鹤; 关键词：蛋白质相互作用 PDZ结构域酵母双杂交生物信息学

色谱保留时间在蛋白质组研究中的应用被引量：6: 2010年; 液相色谱与串联质谱联用(LC-MS/MS)技术是蛋白质组学研究中的常见方法。保留时间作为独立于质谱信息的参数已经被用于蛋白质的鉴定和定量工作中。在多肽鉴定领域,多肽的色谱保留时间预测与常规的二级串联质谱数据库搜索算法结合可以提高鉴定的可信度。鉴定的灵敏度也可以通过匹配多次LC-MS实验中具有相同精确质量数和保留时间的峰而提高。另一方面,由于色谱条件的微小改变即会引起保留时间的变化,因此对多次实验结果进行保留时间比对是进行非标记定量的不可或缺的步骤。另外,联合保留时间偏移和质量数信息还可以进行蛋白质翻译后修饰(post-translational modification,PTM)的鉴定。; 邵晨高友鹤; 关键词：液相色谱-串联质谱翻译后修饰蛋白质组学

微小病变性肾病早期差异尿蛋白质组分析被引量：1: 2010年; 目的筛选微小病变性肾病早期尿蛋白标志物。方法以阿霉素肾病大鼠作为该病动物模型,采用LC-MS/MS蛋白质组学技术,非标记法蛋白质相对定量方法,分别分析尿全蛋白质组及ConA偶联琼脂糖珠富集的尿糖蛋白组的变化。结果尿全蛋白质组分析得到25个差异蛋白,分别来源于血浆蛋白、免疫炎性细胞分泌蛋白及泌尿道特异分泌蛋白等,参与不同的致病过程,如血流动力学改变、足细胞损伤及免疫功能紊乱等;尿糖蛋白质组分析得到21个差异蛋白,其中12个蛋白(57%)与未进行富集实验得到的差异蛋白不同,说明两种方法具有互补性,可以从不同角度对肾脏病变进行刻画。结论这些差异蛋白可作为微小病变性肾病早期诊断的候选标志物,对其功能的进一步验证将有助于其发病机制的解析。; 王燕高友鹤; 关键词：微小病变阿霉素肾病尿蛋白蛋白质组质谱技术

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国家自然科学基金(30870502)