浦东新区科技发展基金(PKJ-2005-49)
- 作品数：2 被引量：9H指数：2
- 相关作者：郜恒骏杨仕明徐江涛孙永刚汪兴伟更多>>
- 相关机构：国家工程研究中心第三军医大学西南医院同济大学附属同济医院更多>>
- 发文基金：浦东新区科技发展基金全球变化研究国家重大科学研究计划上海市科学技术发展基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 激光显微切割分离细胞的微量RNA质量鉴定体系的建立被引量：4
- 2008年
- 探索一套激光显微切割(Laser capture microdissection,LCM)分离细胞后获得的微量RNA质量鉴定标准操作流程。选取3个低温保存的胃癌旁组织样本,冰冻切片进行甲酚紫染色和病理学检查,利用激光显微切割技术分离非癌上皮细胞,提取RNA并以Agilent 2100生物分析仪鉴定RNA的纯度和完整性。同时,选择高、中、低3种不同表达丰度的6个基因(EF1A,ACTB,GAPHD,B2M,MED1,CK20),在每个基因的5′和3′端设计引物,RT-PCR扩增。以3个培养细胞制备的高质量RNA和3个有降解的胃癌旁组织样本RNA作对照,RT-PCR扩增结果与Agilent 2100生物分析仪的结果高度一致。结果显示冻存组织进行冰冻切片结合病理学检查后,LCM获取细胞提取微量RNA采用RT-PCR进行质量鉴定是一种操作简单的稳定方法,可以作为肿瘤基因组研究的有效和常规方法。
- 杨燕青张雯张宝峰郜恒骏张庆华
- 关键词：激光显微切割RT-PCR
- Barrett食管基因差异表达谱初步探讨被引量：5
- 2008年
- 背景:病变组织差异表达基因的分析有助于寻找与疾病发生、发展和临床治疗有关的关键分子。目的:应用寡核苷酸芯片对Barrett食管与正常食管黏膜组织的差异表达基因进行高通量分析,以期筛选与Barrett食管发生、发展相关的分子标记物。方法:取6例Barrett食管患者病变食管黏膜和相应正常食管黏膜组织,Trizol一步法抽提总RNA,纯化后合成cRNA探针;探针荧光标记和纯化后,将两种组织探针分别与Agilent全基因组寡核苷酸芯片(含30968个基因组探针)进行杂交;获取芯片扫描图谱,以特征提取软件行定量分析、处理。结果:Barrett食管与正常食管黏膜组织的2倍差异表达(Ratio值≥2或≤0.5)基因中,上调基因142个,下调基因284个,涉及细胞周期相关基因、信号转导相关基因、黏蛋白相关基因、癌基因和抑癌基因、骨形态蛋白基因、凋亡抑制基因、bcl-2家族相关基因等。结论:高通量的基因芯片技术可筛选出大量Barrett食管相关基因,对这些相关基因的功能进行验证将有助于找到Barrett食管发生、发展的关键基因或通路。
- 汪兴伟房殿春郜恒骏徐梅徐江涛杨仕明孙永刚
- 关键词：BARRETT食管微阵列分析基因表达谱
