广东省科技计划工业攻关项目(2012A031100010) 作品数:11 被引量:52 H指数:5 相关作者: 梁海鹰 杜晓东 邓岳文 郭志颖 王庆恒 更多>> 相关机构: 广东海洋大学 更多>> 发文基金: 广东省科技计划工业攻关项目 国家自然科学基金 国家级大学生创新创业训练计划 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
蛋白质组学在贝类研究中的应用 被引量:2 2014年 随着人类基因组计划的完成,功能基因组学的研究日益蓬勃发展。作为功能基因组学的重要支柱,蛋白质组学的研究旨在阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能。伴随着研究的不断深入,蛋白质组学技术已涉及水产经济动物如鱼、虾、贝的研究。尽管在水产动物的研究中运用蛋白质组学技术较晚,但进展迅速。目前对于贝类相关蛋白质组学的研究尚未有一系统总结。因此,基于贝类蛋白质组学中双向电泳体系的构建和优化、生物矿化、发育与免疫和环境毒理学的相关研究做一综述。 王志新 梁海鹰 杜晓东 朱家萍关键词:蛋白质组学 马氏珠母贝TRA F7基因cDNA的克隆及表达分析 被引量:3 2016年 肿瘤坏死因子受体相关因子7(TRA F7)属于TRAFs家族,参与多种免疫炎症反应。为了研究马氏珠母贝TRAF7(PmTRA F7)的生物学功能,本研究利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得PmTRA F7基因cDNA的全长序列并对其序列特征进行分析;同时利用荧光定量PCR(RT-PCR)技术检测了马氏珠母贝不同组织中PmTRA F7基因mRNA的表达。结果显示,PmTRA F7基因cDNA全长2246bp,开放阅读框(ORF)1809bp,编码602个氨基酸,5'非翻译区(5'UTR)长211bp,3'非翻译区(3'UTR)长226bp,预测分子量约为67.50kD,理论等电点为6.56。多序列比对结果发现软体动物间TRA F7具有高保守性。软件分析结果显示PmTRA F7的氨基酸序列具有典型的RING结构、锌指结构和7个重复的WD40序列。荧光定量数据分析表明,PmTRA F7基因在全组织中均有表达,在肝胰腺中表达量最高,外套膜和鳃中表达量也较高。 雷倩楠 崔少峰 梁海鹰 邓岳文 杜晓东关键词:马氏珠母贝 TRA 基因克隆 荧光定量PCR 马氏珠母贝TLR6基因的克隆、序列分析与表达 被引量:7 2017年 为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编码703个氨基酸;多序列比对结果表明物种间TLR6具有较高的保守性;PmTLR6具有跨膜域、富含亮氨酸的重复序列(LRRs)和TIR域,符合TLRs家族特征。q RTPCR数据分析表明,Pm-TLR6在马氏珠母贝肝胰脏、血细胞、鳃、性腺、闭壳肌、外套膜中均有表达,其中肝胰脏中表达量最高;哈维氏弧菌刺激后,Pm-TLR6在2 h表达上调,约为对照组(0 h)的9倍,随后的6 h恢复至正常水平,直至16 h表达水平开始回升并于24 h达到最大表达量,是对照组的29.4倍,具有显著性差异;植核移植实验结果显示PmTLR6在植核后5和10 d表达水平没有显著性变化,15和20 d表达量出现上升趋势,但差异不显著,最后于30 d达到最大值,约为空白对照组(0 d)的5倍,具有显著性差异。研究表明,Pm-TLR6可能在马氏珠母贝免疫防御反应中担任着重要的角色。 吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 林丽旋 郝瑞娟 郝瑞娟关键词:马氏珠母贝 基因克隆 马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)新型清道夫受体基因克隆与表达分析 被引量:1 2018年 清道夫受体(scavenger receptors,SRs)作为一类先天性免疫受体,在宿主固有免疫防御中起着重要的作用。本研究采用RACE技术首次从马氏珠母贝c DNA文库中克隆出一个新型的马氏珠母贝SR基因全长序列(pmSR),并且运用qRT-PCR技术检测了pmSR基因在马氏珠母贝不同组织中的表达情况和哈维氏弧菌刺激后在血淋巴中的时序表达模式。结果显示,PmSR基因序列全长为954 bp,5'UTR长为107 bp,3'UTR长为169 bp,开放阅读框为678 bp,其编码225个氨基酸;PmSR氨基酸序列含有α卷曲螺旋结构和具有6个保守的半胱氨酸的SRCR域(scavenger receptor cystein rich domain),具有A型SRCR结构域的典型特征。SRCR结构域氨基酸序列多序列比对显示Pm SR的SRCR结构域与老鼠和斑马鱼MARCO(macrop Hage receptor with collagenous structure,MARCO)SRCR相似度最高,分别为44%和43%;且蛋白质聚类分析表明PmSR与SR-AI(class A scavenger receptor I,SR-AI)同源性最高。qRT-PCR结果显示,PmSR基因在马氏珠母贝闭壳肌、肝胰腺、血细胞、外套膜、性腺、鳃中均有表达,在肝胰腺表达量最高;哈维式弧菌(Vibrio harveyi)刺激后,血淋巴中PmSR基因表达量在0-8 h逐渐上升,并于8 h达到最大表达量,约为对照组(0 h)的4.2倍,表达量随后下降,直至16 h后,其表达量再次出现显著性上升,结果具有显著性差异(p〈0.05)。本研究为贝类免疫防御系统的研究提供了重要资料。 吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 肖梓阳 雷倩楠 杜晓东关键词:马氏珠母贝 清道夫受体 基因克隆 马氏珠母贝NR1基因的克隆、序列分析与表达研究 被引量:1 2018年 N-甲基-D-天冬氨酸(N-methyl-D-aspartate, NMDA)受体属于是一类离子型谷氨酸受体,并且与脊椎动物和无脊椎动物的突触可塑性,记忆采集和学习等密切相关。本研究采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝(Pinctada martensii) NR1型受体基因(PmNR1) cDNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术检测了PmNR1在马氏珠母贝各组织中的表达谱和脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)刺激后肝胰脏中的表达模式。结果显示,PmNR1 cDNA全长2 969 bp,其中5'非编码区(UTR)长95 bp,3'UTR长42 bp,开放阅读框(ORF)长2 382 bp,编码943个氨基酸;Pm NR1含有信号肽,两个配体结构域,一个预测的甘氨酸和谷氨酸结合位点,三个跨膜域,以及一个发夹式结构域,一个NR1亚基的钙调蛋白结合结构域;多序列比对结果表明物种间NR1具有较高的保守性,且与长牡蛎的相似度达61.19%。qRT-PCR结果表明,PmNR1在马氏珠母贝实验组织中都有表达,在肝胰脏、鳃、性腺和外套膜中表达量较高(p〈0.05);LPS刺激后肝胰脏中PmNR1基因表达量在4 h逐渐下降,并于8 h达到最低表达量,约为对照组(0 h)的2.6倍,随后的12~24 h表达量开始回升,并于24 h恢复到原有水平,结果具有显著性差异(p〈0.05)。 吴羽媛 梁海鹰 吴家树 雷倩楠 黄荣莲 黄荣莲关键词:NMDA受体 马氏珠母贝 基因克隆 脂多糖 马氏珠母贝PmLec-8基因的克隆与表达分析 被引量:7 2017年 Lec-8(C-type lectin 8)属于C-型凝集素超家族,在机体抵抗微生物的感染过程起重要的作用。本研究采用RACE技术克隆出了PmLec-8基因cDNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测了PmLec-8基因在马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)不同组织中的表达模式。结果显示:PmLec-8基因序列全长737 bp,其中5′UTR长为36 bp,3′UTR长为113 bp,开放阅读框(ORF)为588 bp,编码195个氨基酸,预测其分子质量约为22.90 ku,等电点为5.17;PmLec-8具在一个糖类识别结构域(Carbonhydrate-recognition domain,CRD),符合典型的C型凝集素(C-type lectin)家族特征;多序列比对结果表明物种间Lec-8的同源性较低,4个半胱氨基酸残基高度保守;qRT-PCR数据分析表明,PmLec-8在马氏珠母贝肝胰腺、性腺、闭壳肌、鳃、血细胞和外套膜中均有表达,其中肝胰腺中表达量最高,其次是鳃,差异具统计学意义(P<0.05)。 吴羽媛 郭志颖 梁海鹰 王庆恒 邓岳文 杜晓东马氏珠母贝血清抗菌肽的初步分析 被引量:6 2015年 马氏珠母贝(Pinctada martensii)是生产海水珍珠的主要经济贝类,近年来马氏珠母贝因病害频繁发生而对我国珍珠产业造成巨大的经济损失。因此,对于马氏珠母贝的免疫机制研究尤为重要。抗菌肽是贝类生物免疫机制中最重要的一个环节,但目前对马氏珠母贝抗菌肽的报道甚少。为深入了解马氏珠母贝的抗菌肽分子组成及特征,本实验采取多步高效液相色谱结合质谱分析,对马氏珠母贝血清中具有抗菌活性的蛋白质分子开展了分离纯化及鉴定研究,得到了5种有明显抗菌活性的蛋白,其中3种相对分子质量在5 000 k D左右;通过透射电镜进一步观察了抗菌活性蛋白对细菌的作用机制。上述研究为了解马氏珠母贝抗菌肽的分子多样性及抗菌机制奠定了基础。 朱家萍 雷倩楠 梁海鹰关键词:马氏珠母贝 抗菌肽 免疫机制 质谱 抑菌实验 马氏珠母贝DcpS基因的分子特征与表达分析 2017年 清道夫脱帽酶(DcpS)是一种mRNA脱帽酶,与基因表达调控、呼吸、运动神经元活动,癌症和各种应激反应紧密相关。本研究采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得了马氏珠母贝DcpS(Pm Dcp )基因cDNA全长序列;运用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术检测Pm DcpS基因在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。结果显示,Pm DcpS基因序列全长1 034 bp,其中开放阅读框(ORF)为975 bp,编码324个氨基酸,5'非编码区(5'UTR)长为25 bp,3'非编码区(3'UTR)长为34 bp,包含29 bp的poly A。预测分子量约为37.94 k D,理论等电点为6.12。序列分析发现Pm DcpS具有典型DcpS结构域。多序列比对结果表明物种间DcpS具有较高的保守性,与太平洋牡蛎的相似性为65.6%。实时荧光定量PCR数据分析表明,该Pm DcpS基因在马氏珠母贝性腺、鳃、肝胰腺、血细胞、闭壳肌、外套膜边缘区、外套膜中央区这7种组织中均有表达,其中在外套膜中央区和肝胰腺表达量较高。本研究可为进一步探究Pm DcpS在贝类中的生物学功能提供重要的理论基础和参考价值。 吴羽媛 梁海鹰 肖梓阳 雷倩楠 杜晓东关键词:马氏珠母贝 DCP 基因克隆 实时荧光定量PCR 马氏珠母贝TLR13基因的克隆与组织表达分析 被引量:7 2018年 TLR13(Toll like receptor 13)是一种TLR模式识别受体,属于TLR11家族,在机体抵抗细菌、真菌、病毒和寄生虫的感染过程起重要的作用。为研究马氏珠母贝TLR13(PmTLR13)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,本研究采用RACE扩增技术获得了PmTLR13基因cDNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术检测PmTLR13基因在马氏珠母贝7个组织中的表达模式。结果显示,Pm TLR13基因序列全长2 750 bp,其中5'UTR长为25 bp,3'UTR长为34 bp,开放阅读框(ORF)为2 106 bp,编码701个氨基酸,预测其分子量约为81.22 kD,等电点为8.77。SMART分析结果显示PmTLR13具有富含亮氨酸的重复序列(LRRs)、TIR域、跨膜域和信号肽,符合典型的TLR家族特征;多序列比对结果表明物种间TLR13具有较高的保守性;RT-PCR数据分析表明,PmTLR13基因在马氏珠母贝肝胰腺、性腺、闭壳肌、鳃、血细胞、中央膜区、边缘膜区中均有表达,其中鳃中表达量最高,其次是外套膜边缘区和肝胰腺。研究结果表明,PmTLR13可能在马氏珠母贝免疫防御反应中担任着重要的角色。 吴羽媛 梁海鹰 阮尧 陈华谱 陈华谱关键词:马氏珠母贝 模式识别受体 实时荧光定量PCR 马氏珠母贝galectin-4基因cDNA的克隆及表达分析 2019年 半乳糖凝集素(Galectins)属于一种多功能凝集素家族,在机体抵抗微生物的感染中起重要作用。本研究利用cDNA末端快速扩增(rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术克隆获得马氏珠母贝galectin-4(PmGal-4)基因cDNA的全长,并对其序列进行分析。PmGal-4基因cDNA全长1071 bp,5′非翻译区(5′UTR)长75 bp,3′非翻译区(3′UTR)长72 bp;其开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为924 bp,编码307个氨基酸组成的前体肽,理论分子量约为34.6 kD,理论等电点为8.80。多序列比对结果显示各物种间galectin-4具有高保守性。序列分析结果显示PmGal-4的氨基酸序列具有典型富含半胱氨酸(cysteine-rich domain,CRD)的结构域。实时荧光定量PCR分析表明,PmGal-4基因在马氏珠母贝所检测的组织中呈组成型表达特征,但在闭壳肌和外套膜中表达量最高。上述结果表明PmGal-4基因可能参与了马氏珠母贝多种生理功能,特别是在免疫防御反应中具有重要的作用。 何军军 吴羽媛 梁海鹰 阮尧 杜晓东关键词:马氏珠母贝 GALECTINS 实时荧光定量PCR