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国家自然科学基金(K1060015)
国家自然科学基金(K1060015)
- 作品数：9 被引量：36H指数：4
- 相关作者：赖小平陈念王培训冼小敏候雁更多>>
- 相关机构：广州中医药大学香港浸会大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 眼镜王蛇线粒体基因组全序列分析被引量：4
- 2010年
- 参照近缘物种线粒体基因序列共设计和合成了8对引物,结合Ex Taq-PCR、TA克隆和步移测序技术,文章首次获得眼镜王蛇线粒体基因组全序列(GenBank登录号:EU_921899)。该基因组全长17 267 bp,共编码13个蛋白、2个rRNA、23个tRNA——其中tRNA-Ile基因发生了复制,属于一种新的蛇类物种线粒体基因排列模式,另外还含有2个非编码的富含AT的控制区。除了8个tRNA基因和1个蛋白基因由L链编码外,其余均由H链编码,其中H链编码基因的A和T含量接近,而L链上A的含量则明显高于T。基于21种蛇合并的"12S+16S"rRNA基因序列的系统发育分析表明,眼镜王蛇属与眼镜蛇属亲缘关系较近,两者与环蛇属共同构成一个单系群。作为国内外眼镜王蛇线粒体基因组全序列的首次报道,上述结果对于蛇类物种分子系统发育和进化研究具有重要意义。
- 陈念赖小平
- 关键词：眼镜王蛇线粒体基因组系统发育
- 短尾蝮蛇线粒体基因组全序列分析
- 2010年
- 参照近缘物种的线粒体基因序列设计并筛选得到8对引物,结合TA克隆和步移测序获得了全长17227bp的短尾蝮蛇线粒体基因组全序列.与多数蛇类线粒体基因组类似,其共编码包括13个蛋白、2个rRNA和22个tRNA在内的37个基因,另外还包含2个非编码的富含AT的控制区.基因间排列紧凑,多数基因间间隔极短甚至发生重叠.除nad1、cox1和nad3外,多数蛋白编码基因均以ATG作为起始密码子,终止密码子的使用则存在TAA、AGA、AGG和不完全的T4种情况.基于合并的19个tRNA基因序列组合数据采用NJ、MP和ME3种算法对21种蛇进行了初步的系统发育分析,结果表明,各主要分类单元之间的亲缘关系与前人基于形态学、线粒体12SrRNA和cytb基因序列研究的结论完全一致,这证实了基于合并的线粒体tRNA基因序列进行蛇类物种DNA分子系统学研究的可行性.
- 陈念赖小平
- 关键词：线粒体基因组系统发育
- 线粒体基因组:结构特点和基因含量进化被引量：5
- 2011年
- 线粒体具有其自身的遗传系统——一个来自内共生的α-变形细菌祖先的基因组。线粒体基因组的生物学功能非常保守,仅涉及与线粒体有关的5个方面的过程:呼吸和氧化磷酸化、翻译、转录、RNA成熟和蛋白运输。真核生物线粒体基因含量的变化异常显著,在包括被子植物在内的各种真核生物相对频繁地发生线粒体基因丢失的同时,动物和某些植物类群的线粒体基因含量相对来说则比较稳定。tRNA基因含量的变化反映了线粒体对来自核的tRNA在使用上的差异,而蛋白基因含量的变化主要是由于功能性的基因转移到核所造成的。对线粒体基因组学领域中有关基因组起源、结构和基因含量进化方面的研究进行综述。
- 陈念赖小平
- 关键词：线粒体线粒体DNA进化
- 药用植物DNA条形码物种鉴定技术被引量：9
- 2010年
- DNA序列的变异程度是决定其能否作为DNA条形码进行物种鉴定的主要因素。本文对系统发育研究中常用的DNA序列标记在药用植物DNA条形码鉴定研究中的使用效果进行了评价,如当前已知序列最多的2种标记———质体编码的核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基(rbcL)和核核糖体大亚基内转录间隔区(ITS),以及变异程度相对较高的质体psbA-trnH区域等,均有很大的用于中药材DNA条形码鉴定的潜力。单亲遗传的质体或线粒体基因组仅能提供物种分类所需的部分信息,因此其在物种分类研究中的应用尚不够完善,但其在短期内已足以解决物种鉴定研究中所遇到的实际问题,且随着新的条形码物种鉴定工具的开发——如变异显著且容易扩增的核基因标记等,包括对杂交后代进行检测在内的其它难题也将得到很好地解决。
- 陈念赖小平
- 关键词：药用植物DNA条形码物种鉴定
- 后生动物线粒体基因组:起源、大小和基因排列进化被引量：3
- 2010年
- 由于受到强烈的进化约束,后生动物线粒体基因组在大小和基因含量上一直保持稳定,相比之下核基因组则发生了巨大的改变。后生动物线粒体基因组结构的可塑性在一定程度上归功于可能由tRNA基因介导的基因重排事件,虽然亲缘关系密切的物种间也可能出现基因重排,但同门内的线粒体基因组仍趋向于具有类似的结构特征。我们对后生动物线粒体基因组的起源、大小和基因排列进化方面的特点进行了介绍。
- 陈念赖小平
- 关键词：线粒体DNA进化后生动物基因排列
- 燕窝DNA提取方法研究被引量：9
- 2010年
- 燕窝为宜药宜膳的珍贵药材,其质量与产地和出产环境密切相关。现有的燕窝鉴别方法可在一定程度上鉴别燕窝与其伪品,但无法确定燕窝的基原和产地等质量问题。DNA分子标记技术可以有效地解决这个难题,即从燕窝中得到高质量的DNA以用于后序的PCR和测序。由于燕窝中存在较多内源及外源性污染,其DNA提取技术的难点主要在于摆脱燕窝中的唾液酸糖蛋白干扰和外源性DNA的污染。本文针对燕窝DNA提取方法的优化进行了研究,采用高盐的SDS裂解燕窝样品,氯仿和CTAB去蛋白,低温异丙醇沉淀DNA技术。成功建立了一种简便、高效、稳定的燕窝DNA提取方法。采用本法得到的燕窝DNA可以成功用于燕窝遗传树的建立,而相关燕窝的基原也从而得到了确定。
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- 关键词：DNA
- 舟山眼镜蛇线粒体基因组全序列分析
- 2010年
- 【目的】对2条舟山眼镜蛇的线粒体基因组全序列进行了测定和分析,并初步探讨其系统发育地位。【方法】结合PCR产物TA克隆和步移测序技术,基于除nad6外12个蛋白编码基因的合并序列及其翻译的氨基酸序列,以蜥蜴为外群,用Neighbor-Joining(NJ)法构建了7种蛇的系统发育树。【结果】两者在长度上仅相差2bp,基因含量和排序完全一致,共编码37个基因(2个rRNA、22个tRNA和13个蛋白),其中tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro和nad6由轻(L-)链编码,其他均由重(H-)链编码。13个蛋白编码基因的排列次序和相对位置与其他蛇类完全一致,起始密码子除cox1使用GTG外,其余均为ATG;与此同时,除nad1/4L/5、cox1和atp8外,其他均为不完全的终止密码子TA或T。NJ树分析发现,眼镜蛇科与游蛇科亲缘关系最近,随后依次与蝰科和蟒科聚在一起,各分支的支持值均高达90%以上。【结论】本研究证实了基于全线粒体基因组合并序列进行蛇类物种系统发育研究是可行的。
- 陈念赖小平
- 关键词：基因组学控制区系统发育线粒体
- 动物线粒体遗传系统理论与应用研究进展被引量：6
- 2010年
- 随着线粒体与人类疾病之间关系研究的不断深入,线粒体DNA及其编码的13个多肽的功能和进化引起了众多研究者的关注。作为有氧呼吸的后生动物主要的产能系统——线粒体电子传递系统(ETS)由线粒体和核基因组共同编码,自然选择被认为偏爱那些增强ETS功能的突变,此类突变可发生在线粒体或核编码的ETS蛋白中并引起积极的基因组间的相互作用,即"共适应"。线粒体DNA进化通常被认为遵循一种稳定的突变速率平衡中性模型,但有证据表明该假设可能并不可靠。对线粒体遗传系统研究的最新进展进行了综述,这对科学和合理地使用线粒体DNA分析技术具重要意义。
- 陈念赖小平
- 关键词：法医学线粒体DNA多态性进化
- 肽类毒素生物信息学
- 2010年
- 有毒动物可产生大量的药学活性成分。当前,NCBI等数据库中已汇集了大量的毒素序列和结构数据,但关于功能方面的介绍却非常少。新的毒素数据的增长对数据管理提出了更高的要求,毒素生物信息学作为一种辅助手段,可显著降低实验的工作量,其利用系统的生物信息学方法将整理过的毒素数据归类储存在各数据库中,并整合进可对毒素进行结构和功能分析的生物信息学工具。以海螺、蝎子和蛇等来源的蛋白类毒素为例,对生物信息学在毒素数据管理和构效关系研究等方面的应用进行了综述。
- 陈念赖小平
- 关键词：数据库生物信息学毒素
