国家高技术研究发展计划(2006AA01A124)
- 作品数：10 被引量：63H指数：3
- 相关作者：郭权王希诚曹健王法胜于坤千更多>>
- 相关机构：大连东软信息学院大连理工大学上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金辽宁省教育厅科学技术基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术自然科学总论更多>>
- 基于预测模型优化的药物分子对接网格
- 2011年
- 将网格技术应用于药物分子对接中,能有效解决药物分子对接中所涉及的搜索空间巨大、时间耗费长、对计算环境要求高等问题.通过应用改进的遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GAsDock,以信息熵控制设计空间的收缩,增强了进化的目的性,显著地提高了对接效率.然后,利用线性、指数平滑和离散马尔可夫3种预测模型,并结合加权系数法,提高了分子对接任务的效率及各节点计算能力的自适应性.同时,采用了网格数据传输优化技术,降低了药物分子的传输时间,且能更有效地利用网格资源.实例测试表明了药物分子对接与网格技术相结合的合理性及有效性.
- 郭权卢桂艳王希诚
- 关键词：分子对接配体信息熵
- 面向存储资源管理的多协议存储系统
- 2009年
- 针对网格工作流中存在的跨域数据共享问题,提出了一种基于存储资源管理的多协议支持的存储系统———MPSS.利用管理URL来帮助传输服务区分数据类型;通过将不同的用户映射到不同的私有空间,实现访问空间的隔离;把握控制读写令牌的授权来协调多个传输服务之间的合作关系.这样,透明地实现了跨域的数据共享,极大地简化了网格工作流的执行过程,提高了网格数据共享的效率.MPSS支持常见的传输协议,在实际的航空、药物网格以及气象等项目中表现出了良好的稳定性和效率.压力测试表明,MPSS至少可以处理每秒300次的访问,平均响应时间在1.7 s左右.
- 颜秉珩钱德沛
- 关键词：存储资源管理多协议数据共享
- 基于扩展卡尔曼粒子滤波算法的神经网络训练被引量：11
- 2010年
- 神经网络的训练是一种非线性系统的辨识问题,基本粒子滤波算法已被成功用于训练神经网络,但基本粒子滤波算法在建议分布的选择上并没有考虑当前时刻观测值的影响,本文针对该问题提出使用扩展卡尔曼滤波器来生成建议分布。由于扩展卡尔曼滤波器在传递近似建议分布的均值和协方差的过程中充分利用了观测值信息,从而可以更好地描述神经网络权值的后验概率分布。实验结果证明,使用扩展卡尔曼滤波器作为建议分布的粒子滤波算法性能明显优于基本粒子滤波算法。
- 王法胜郭权
- 关键词：多层感知器神经网络训练
- 新药研发网格中药物分子的对接方法
- 2011年
- 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率.
- 李正夫康玲于坤千王希诚
- 关键词：网格计算药物分子设计受体配体
- 一种精细药物分子对接模型和优化方法被引量：1
- 2008年
- 首先阐述了分子对接设计的基本原理,然后在蛋白质受体中引入关键残基的概念,建立了一个新的柔性分子对接模型.以配体的中心坐标以及它和受体关键残基的旋转键角为设计变量,以设计变量的尺寸为约束,通过最小化分子间相互作用能得到分子的最优取向和构象.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,较好地平衡了效率与精度之间的关系,从而能够快速而稳定地逼近最优解.在此基础上,发展了新的精细分子对接程序,该程序可以进行受体与配体的柔性对接.药物分子对接实例证明,本文发展的精细药物分子对接算法和程序能够有效地用于药物分子设计.
- 康玲李洪林赵晓宇王希诚
- 关键词：分子对接
- DDGrid:一种大规模药物虚拟筛选网格被引量：6
- 2009年
- 化合物活性筛选是创新药物研究的起点和具有决定意义的步骤,利用网格计算技术进行药物虚拟筛选能够极大提高药物筛选的有效性,同时可以大量减少新药研制的成本和时间。新药研发网格DDGrid是中国国家网格CNGrid的重要支持项目,通过实施主从模式架构并在网格资源监控中使用适配器模式,DDGrid可以对超过10万规模的化合物分子数据库进行虚拟筛选。
- 李祖华张军王永剑于坤千
- 关键词：药物发现网格监控
- 基于请求负载的网格任务模糊控制调度策略被引量：3
- 2008年
- 在面向大规模复杂应用的网格环境中,网格任务的优化调度变得越来越重要。文中首先提出了一种新的网格任务-服务映射算法,即基于任务负载和优先级的网格任务模糊控制调度策略。在考虑到外部网格任务请求负载和优先级的基础上,能够减少众多网格任务的平均完成时间,使得资源利用更加合理,同时还考虑到了网格服务的价格,即在满足任务负载影响和优先级的情况下,选择价格最小的服务。最后,开发了网格任务调度中间件,并在平台上给出了算法与其他几种常见的经典调度算法进行比较的试验结果。实验表明,算法明显优于已有的经典算法,具有较好应用情景。
- 丁新安曹健黄橙蓝
- 关键词：模糊控制任务调度网格中间件
- 面向云计算的工作流技术被引量：39
- 2012年
- 云计算的发展,对提高服务质量与压缩运行成本提出了新的要求.在此背景下,工作流技术被认为是一种较为优越的解决方案:从云计算用户的角度看,工作流提供了对复杂应用的抽象定义、灵活配置和自动化运行;从云计算服务提供者的角度看,工作流实现了任务的自动调度、资源的优化和管理.文章介绍工作流技术与云计算;阐述了云工作流产生的背景;深入剖析了云工作流的技术特征以及与其他工作流(业务工作流、网格工作流)的异同;列举了云工作流的4个实现案例,并对其进行比较.最后,在总结全文的同时,展望了云工作流技术的发展前景.
- 柴学智曹健
- 关键词：云计算服务质量工作流
- 基于容错机制的精细药物分子对接网格
- 2010年
- 针对药物分子对接的搜索空间大、耗费时间长、对计算环境要求高等问题,给出一种将网格技术应用于药物分子对接的方案。基于遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GasDock,以信息熵控制空间的收缩,增强进化的目的性,提高对接效率。提出局部类树型结构及结点失效的容错机制,提高了精细药物分子对接任务的效率及容错性。测试结果证明了精细药物分子对接与网格技术相结合的合理性和有效性。
- 卢桂艳郭权
- 关键词：分子对接配体容错机制信息熵
