国家自然科学基金(20873055)
- 作品数：9 被引量：26H指数：3
- 相关作者：赵东霞杨忠志张强张霞李楠更多>>
- 相关机构：辽宁师范大学渤海大学锦州师范高等专科学校更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金辽宁省高校创新团队支持计划更多>>
- 相关领域：理学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 应用分子形貌理论研究类SN2反应被引量：3
- 2008年
- 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程.
- 杨忠志闵芳赵东霞宫利东丁艳丽
- 关键词：分子形貌
- 蚯蚓血红蛋白载氧功能的Fukui函数被引量：2
- 2012年
- 采用原子-键电负性均衡方法,计算蚯蚓血红蛋白活性中心原子的电荷分布及Fukui函数.在脱氧蚯蚓血红蛋白活性中心的两个铁离子中,即将结合氧分子的铁离子Fukui函数最大,表明该铁离子具有很高的活性,易与氧结合.在氧合蚯蚓血红蛋白中,结合氧分子后的铁离子Fukui函数小于结合氧分子中质子化的氧原子Fukui函数,同时该质子化的氧原子具有最大的Fukui函数,表明氧合蚯蚓血红蛋白的活性中心由铁离子转移到质子化的氧原子.应用该方法计算了脱氧蚯蚓血红蛋白活性中心与抑制剂中叠氮、氯等配体结合的Fukui函数.计算结果表明,活性中心铁离子的Fukui函数分别小于与其配位的氮和氯原子的Fukui函数,从而验证了蚯蚓血红蛋白的载氧功能被抑制或减弱.
- 崔宝秋赵东霞杨忠志
- 关键词：原子-键电负性均衡方法电荷分布
- 应用ABEEMσπ/MM研究核苷的构象
- ＜正＞使用ABEEMσπ/MM浮动电荷力场,研究了水溶液,离子-水溶液以及氨基酸和蛋白质体系,得到了很好的结果[1]。我们将一步发展和构建可以研究核酸体系的ABEEMσπ/MM浮动电荷力场。核酸的生物功能与它的构象密切相...
- 王芳芳赵东霞杨忠志
- 关键词：ABEEMΣΠ/MM核苷势能曲线分子动力学模拟
- 文献传递
- Apriori关联规则算法的C语言实现被引量：3
- 2011年
- 在分析Apriori算法的基础上,介绍了该算法的C语言实现,包括频繁集的发现和关联规则的生成,为进一步研究关联规则提供了基础。
- 李楠宁燕子杨存志
- 关键词：数据挖掘关联规则APRIORI算法C语言
- Theoretical Study of the Intramolecular Proton Transfer in the Tautomers of Cytosine Assisted by Water
- 2011年
- cytosine 的 tautomers 和相关含水的 tautomers 上的 Ab initio MP2 和 DFT 研究被执行了。cytosine 和相关转变状态的四 tautomers 的地面状态结构充分被优化。震动的频率分析在所有优化结构上被执行。详细内在的反应坐标(IRC ) 计算被执行保证被连接到相关 tautomers 的优化转变状态结构。我们为 cytosine 的 tautomers 和相关含水的 tautomers 获得了相对稳定性顺序。在里面孤立并且含水的条件， C (2 ) O (7 ) 的契约类型和 C (4 ) N (8 ) 极大地影响 cytosine tautomers 的稳定性。而且，我们在在 keto 和 cytosine tautomers 的 enol 形式之间的 intramolecular 质子转移上探索了水分子的影响。第一个水分子显然减少为 monohydrated cytosine tautomers 的异构化激活精力。第二和第三个水分子什么时候在反应环被增加，被显示出异构化精力障碍仅仅有点变化。溶剂效果在孤立的 cytosine 的质子转移障碍上有明显的影响。然而，溶剂效果似乎为 monohydrated， dihydrated 和 trihydrated cytosine 的异构化精力障碍不足道。在这些建筑群的水分子能被看作明确的水。因此，明确的水模型可能是更可信的探索 intramolecular 质子转移，与是含蓄的水模型的 PCM 比较。
- 郑海涛赵东霞杨忠志
- 关键词：分子内质子转移胞嘧啶内禀反应坐标
- 决策树ID3分类算法在文本分类中的应用研究被引量：3
- 2009年
- 文本分类在自然语言分类中起着重要作用,将决策树ID3算法应用与文本分类,对数字图书馆的部分文本信息分类,提出一个基于ID3决策树的文本分类算法,取得了良好的实验结果。
- 李楠杨彬彬
- 关键词：文本分类决策树ID3算法信息检索
- 3,4-二-O-乙酰基-L-阿拉伯烯糖与HR—CH_2—CH=CH_2(R=O,CH_2,NH,S)的Ferrier重排反应机理
- 2012年
- 采用密度泛函理论方法对3,4-二-O-乙酰基-L-阿拉伯烯糖与HR—CH2—CH=CH2(R=O,CH2,NH,S)反应的Ferrier重排反应机理进行了研究,并通过自洽场极化连续模型(PCM)模拟了苯和二氯化碳溶剂对反应历程的影响,计算了相应结构的单点能,考虑了2条可能的反应途径,获得了较优反应途径和反应速率控制步骤.研究表明:苯和二氯化碳溶剂的溶剂效应未对反应历程产生明显影响.R基电负性越大、体积越大以及H+的存在,均有利于该重排反应进行.
- 李恩博赵东霞
- 关键词：电负性溶剂效应
- 水溶液中氢键寿命的定义和弛豫机理(英文)被引量：7
- 2011年
- 氢键弛豫过程决定水溶液中分子的动力学行为,氢键寿命作为理论和实验结果中一个重要的参数通常用以描述溶液中的氢键动力学性质.本文采用SPC/E-P2和SPC/E-OPLS两种力场方法对二甲基亚砜(DMSO)水溶液体系进行分子动力学模拟,计算了四种不同定义下的氢键寿命,并进行了对比阐述.连续性氢键寿命T_C和基于动力学平衡方法下的氢键寿命T_R较短,它们忽略了不成功的氢键交换过程,稳定态模型下的氢键寿命T_(PR)能够真实体现氢键转换过程,可作为标度衡量其它量值.间歇性氢键寿命T_I相对最长,重复统计了氢键成功交换后的恢复概率.随着二甲基亚砜浓度增大,T_C、T_I、T_R和T_(PR)不断增大,分子平动扩散系数在中等浓度达到极小,说明氢键寿命与分子活动性无决定性关联,同类型氢键在不同浓度下的寿命差异表明氢键寿命具有分子环境依赖性;水分子和二甲基亚砜分子氢键个数降低,氢键受激角度扭曲和拉伸概率下降,T_C和T_R不断接近,氢键交换受体密度降低使氢键交换速率下降,T_(PR)断增大,氢键寿命与其周围氢键密度密切相关.T_1与T_(PR)的比值体现了氢键交换的局域性,其变化趋势与分子平动活动性趋势相同.两种力场下氢键寿命的差异也说明氢键的寿命具有明显的理论模型依赖性.
- 张霞张强赵东霞
- 关键词：分子动力学模拟相关函数分子力场
- 纯水溶液中的氢键交换反应路径被引量：1
- 2012年
- 利用分子动力学模拟方法对纯水溶液的氢键转化动力学性质进行了深入的微观探讨,溶液中非氢键构型为寿命较短(0.1～0.2 ps)的过渡态构型,我们发现氢键交换通过两种过渡构型完成,氢键角度扭曲激发后与氢键第一壳层水分子沿路径1交换,氢键径向拉伸激发后与氢键第二壳层水分子沿路径2交换,过渡态路径的选择具有温度依赖性.氢键转化需在旧氢键受体氢键过量和新氢键受体氢键不足,同时满足交换反应空间结构要求下才能完成.氢键交换反应对水分子平动和转动行为起着决定作用.
- 张霞张强赵东霞
- 关键词：分子动力学模拟过渡态
- 结合自由能的GB-ABEEMσπ计算方法
- 能够准确地预测分子之间的结合自由能，是具有挑战性的课题。发展一种准确和定量预测结合自由能的方法是非常重要的。目前，采用分子力场进行分子动力学模拟，是一种比较流行的计算结合自由能的方法。该方法将结合自由能分解成真空力场作用...
- 赵东霞杨忠志
- 关键词：SOLVATIONENERGYENERGYACCEPTOR
