国家自然科学基金(20633050)
- 作品数：46 被引量：138H指数：7
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- 相关机构：辽宁师范大学大连大学中国科学院更多>>
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- 相关领域：理学自动化与计算机技术生物学建筑科学更多>>
- 应用ABEEM σπ模型研究鸟嘌呤异构体的电荷分布和偶极矩被引量：8
- 2007年
- 以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它从头计算方法和力场方法相比总体趋势相同,进一步说明了ABEEMσπ模型的合理性.
- 杨忠志齐世飞王笑楠
- 关键词：ABEEMΣΠ模型鸟嘌呤电荷分布偶极矩
- ABEEMσπ／MM力场模型下的多肽构象被引量：3
- 2008年
- 在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢键键长等性质与从头计算结果符合很好.该经典极化模型力场能够重复量子场下丙氨酸二肽、丙氨酸四肽、甘氨酸三肽的各稳定构象,其稳定性顺序与精密从头计算结果相一致,其结构和能量性质较以往模型有一定提高,并优于其他力场模型.
- 张强张霞
- 应用原子-键电负性均衡方法预测超氧化物歧化酶催化反应的活性部位被引量：13
- 2007年
- 应用原子-键电负性均衡方法计算了超氧化物歧化酶的电荷分布和Fukui函数.结果表明,超氧化物歧化酶活性中心与超氧阴离子自由基作用时,金属离子电荷转移在0.1e～0.3e之间,而配体原子等的电荷转移却很小;同时金属离子的Fukui函数大于配位原子的Fukui函数.超氧化物歧化酶活性中心与抑制剂作用失活后,金属离子的Fukui函数小于抑制剂中配位原子的Fukui函数.电荷转移和Fukui函数表明,Mn,Fe和Cu离子分别是含锰、铁和铜锌超氧化物歧化酶的活性中心部位,该预测不仅与量子化学理论计算一致,而且与实验现象相吻合.
- 崔宝秋赵东霞杨忠志
- 关键词：原子-键电负性均衡方法超氧化物歧化酶电荷分布反应活性
- 匀强电场中基态惰性原子的边界轮廓被引量：2
- 2007年
- 应用原子特征边界轮廓模型,计算了在5.292×10-5-5.292×10-3a.u.匀强电场下,基态惰性原子的边界轮廓.计算结果表明,在电场中原子的边界轮廓呈现近椭球形,轮廓的变化随电场强度的增强而增大;在电场强度不变的情况下,原子边界轮廓的变化随原子序数的增加而增大.并且计算中得到的单位强度原子平均径向变化率与原子极化率实验结果呈现很好的线性相关性.
- 石华赵东霞杨忠志
- 关键词：电场
- 一种应用GA的墨扩散效果仿真新方法被引量：5
- 2009年
- 对中国水墨画进行仿真研究是非照片真实感绘制领域的一个具有挑战性的课题。通过分析中国水墨画作画工具特性及水墨笔迹扩散的机制,提出一种基于遗传算法的水墨画墨扩散仿真方法,用以实现墨扩散艺术效果。该方法借鉴种群个体,二进制编码,基因变异等遗传算法基本概念,完成输入笔迹仿真模型的构建,并提出多级明考夫斯基距离-变异率映射表,使得种群个体自适应产生基因变异率,从而自动完成笔迹的墨扩散模拟。而且归纳出群体规模,纸元纤维门限等模型控制参数,通过参数的任意设定,用户可以得到丰富多样的扩散效果;为了增强扩散效果的真实感,从宣纸的物理特性进行分析建模,利用Ashikhmin纹理合成算法和高斯分布函数分别模拟了宣纸的宏观结构纹理和微观纤维随机特性,并应用霓红处理和图像分割等方法将两种特性整合统一,得到了更加逼真的仿真结果。实验结果表明,该方法较成功地模拟了中国水墨画的典型效果。
- 唐棣臧超
- 关键词：水墨扩散遗传算法宣纸纹理合成
- 水分子团簇分子力场方法的比较研究被引量：4
- 2007年
- 采用传统水分子力场模型(SPC,TIPnP(n=3-5))和极化模型(POL3,DANG,AMOEBA,SPC-FQ,TIP4P-FQ)对水分子二聚体团簇性质进行了比较和研究.以从头计算和实验数据为依据,分析水分子在外场作用下体系的静电极化、电荷转移和分子结构变化.通过水分子二聚体结合能和各分解能量项评价极化静电势能在双分子结合能中的地位和作用,以及各水分子力场的适用性.通过水分子团簇多体相互作用能的计算,展示不同极化水分子力场定量计算极化能量的实际能力.通过对力场模型结果的对比和分析,为进一步发展极化力场模型,并应用到其他体系提供借鉴和依据.
- 张强杨忠志
- 关键词：水分子团簇
- 分子动力学模拟纳米尺寸限制体系下氩溶液中I2的振动能量弛豫被引量：3
- 2008年
- 利用平衡态分子动力学方法(EMD)模拟了纳米尺寸限制球壳内I2在Ar溶液中的振动能量转移.计算并讨论了I2振动能量弛豫时间T1随球壳半径、溶剂密度的变化规律.通过分子间相互作用分析,在原子、分子水平上,揭示了随着球壳半径的减小,T1呈逐渐增大趋势的原因.结果表明,球壳的几何限制效应和表面作用对受限溶液密度分布的影响较大,从而导致溶质振动弛豫的显著变化.此外,非限制体系模拟显示,非平衡态分子动力学(NEMD)方法可以得到与平衡态分子动力学方法较一致的振动能量弛豫时间T1.
- 毛荣荣吕洋周立川李钦宁李慎敏
- 脂肪族氨基酸二肽与水团簇的理论研究被引量：10
- 2009年
- 用ABEEMσπ/MM模型和MP2/6-31+G(d)//B3LYP/6-31G(d)方法研究水合效应对脂肪族氨基酸二肽的影响.从结构和能量两方面说明Leu残基在蛋白质中起成旋作用,Val和Ile残基在蛋白质中起解旋作用.同时得出:水分子严重影响了二肽分子的骨架二面角;对于结合相同数目水分子的团簇倾向于形成含有环状氢键的结构,并且含有环状氢键团簇的结合能大于含有链状氢键团簇的结合能.
- 刘翠杨忠志
- 关键词：ABEEMΣΠ/MM结合能
- Theoretical Study on Co^3＋ in Aqueous Solution in Terms of ABEEM/MM Model被引量：2
- 2007年
- 在水的答案的 Co3+ 水和上的详细理论调查借助于模拟基于原子契约 electronegativity 均等方法熔化了进分子的力学(ABEEM/MM ) 的分子的动力学(MD ) 被执行了。有效 Co3+ 离子水潜力被为离子的簇适合到 ab initio 结构和有约束力的精力构造了。然后离子水相互作用潜力与 ABEEM-7P 水模型一起在联合被用于单个 Co3+(aq ) 答案的分子的动力学模拟，设法复制答案的许多试验性的结构、动态的性质。这里，不是仅仅共有的财产(光线的分发功能，尖分发功能和 solvation 精力)获得了因为在 ABEEM-7P 水答案的Co3+在对从试验性的方法和另外的分子的动力学模拟而且费用分布的很有趣的性质的那些的好同意，水分子的几何学，氢债券，散开系数，震动的系列被 ABEEM/MM 调查模型。
- 管清梅杨忠志
- 关键词：钴离子分子动力学模拟
- 应用分子形貌理论研究类SN2反应被引量：3
- 2008年
- 应用分子形貌理论,研究了类SN2反应过程中的沿着IRC路径上固定点的分子形貌的特征,计算给出了形状和电子密度特征参数以及各键的Dpb值.应用Matlab程序绘制了分子特征边界轮廓上的电子密度分布的三维图像,即分子形貌像,给出了这类反应的动态变化过程.
- 杨忠志闵芳赵东霞宫利东丁艳丽
- 关键词：分子形貌
