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中国科学院大学华大教育中心

作品数：15 被引量：23H指数：3
相关作者：张欣鑫更多>>
相关机构：华北水利水电大学公共管理学院华北水利水电大学管理与经济学院华南理工大学生物科学与工程学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目吴阶平医学基金会临床科研专项资助基金更多>>
相关领域：医药卫生生物学农业科学水利工程更多>>

合作机构

文献类型

  • 14篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 10篇医药卫生
  • 3篇生物学
  • 2篇农业科学
  • 1篇经济管理
  • 1篇水利工程

主题

  • 4篇细胞
  • 3篇免疫
  • 2篇单细胞
  • 2篇新抗原
  • 2篇乳腺
  • 2篇乳腺癌
  • 2篇胎儿
  • 2篇胎儿游离DN...
  • 2篇染色
  • 2篇染色体
  • 2篇腺癌
  • 2篇抗原
  • 2篇扩增
  • 2篇基因
  • 2篇产前
  • 1篇代谢
  • 1篇底盘
  • 1篇新生儿
  • 1篇新生儿遗传代...
  • 1篇修饰

机构

  • 15篇中国科学院大...
  • 6篇深圳华大生命...
  • 1篇华南理工大学
  • 1篇山西省农业科...
  • 1篇太原师范学院
  • 1篇中山大学
  • 1篇第四军医大学...
  • 1篇莆田学院附属...
  • 1篇北京协和医学...
  • 1篇华北水利水电...
  • 1篇大理大学
  • 1篇深圳华大基因...
  • 1篇深圳市华大海...
  • 1篇哈尔滨飞机工...
  • 1篇深圳华大基因...
  • 1篇云南省肿瘤医...
  • 1篇武汉华大吉诺...
  • 1篇武汉华大医学...
  • 1篇深圳华大方舟...
  • 1篇山西省农业科...

作者

  • 1篇何勇
  • 1篇于辉
  • 1篇李小平
  • 1篇李晋陵
  • 1篇王青
  • 1篇石琼
  • 1篇邹波
  • 1篇赵学勇
  • 1篇王岭
  • 1篇陈洁
  • 1篇郝科星
  • 1篇陈大洋
  • 1篇张欣鑫
  • 1篇杜海燕
  • 1篇曾丽娜

传媒

  • 3篇遗传
  • 1篇世界华人消化...
  • 1篇中国农村水利...
  • 1篇生物技术通报
  • 1篇科学通报
  • 1篇山西农业科学
  • 1篇中华医学遗传...
  • 1篇武汉大学学报...
  • 1篇细胞与分子免...
  • 1篇中国比较医学...
  • 1篇检验医学
  • 1篇合成生物学

年份

  • 6篇2020
  • 2篇2019
  • 2篇2018
  • 3篇2017
  • 2篇2016
共 15 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
石斑鱼分子育种的研究进展
自2011年以来,中山大学联合深圳华大海洋科技有限公司、广东省渔业试验中心等单位开展了石斑鱼分子育种研发工作(Austin JMCB,2016,3(1)：1008),先后完成了斜带石斑鱼高密度遗传连锁图谱(BMC Gen...
游欣欣于辉黄玉蒋寿佳张新辉张海发林浩然张勇石琼
低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用探索
2016年
旨在探讨低深度测序在检测单细胞染色体微小变异中的应用。以经过比较基因组杂交(array CGH,a CGH)检测的5例阳性细胞系为研究对象,从中分离的单细胞分别用两种单细胞扩增试剂盒进行扩增,采用Hiseq2000测序平台进行全基因组测序,然后进行生物信息学分析,将检测结果与已被a CGH证实的结果进行比较。结果显示,5个单细胞的全基因组扩增成功,通过低深度测序均获得明确的检测结果。在用Genome Plex?Single Cell WGA Kit试剂盒的处理中检出区域与a CGH检测区域均有80%以上的重叠,1个样本检出了8 Mb(Megabase)左右的假阳性;在用Pico PLEX?WGA Kit试剂盒处理时检出信号与a CGH区域也有80%以上的重叠且无假阳性信号产生。证实在数据量为0.1 X左右时可以检出单细胞染色体上7 Mb以上的拷贝数变异。
陈大洋甄贺富刘萍邱咏谢林刘弘泰陈芳
关键词：单细胞染色体变异扩增
从单个B细胞扩增全人源抗体重链和轻链基因方法的建立
2018年
目的建立从单个B细胞扩增天然配对的B细胞受体(BCR)重链和轻链基因的方法。方法以用于亚洲人全基因组测序的"炎黄(YH)"细胞的永生化细胞系为材料,运用流式细胞术得到CD19+的单个B细胞,在单管里对单细胞进行裂解,获得总RNA,逆转录生成c DNA,两步巢式PCR扩增来源于同一个B细胞的天然配对的抗体重链和轻链,获得单个B细胞的全人源抗体的可变区序列信息。结果建立了稳定的单细胞BCR扩增方法,抗体基因扩增成功率高达80%以上。运用此方法,流式细胞术分选的单个B细胞在-80℃冻存2周以内仍能成功扩增;同一管里扩增产物经TA克隆和Sanger测序验证,既包含同一个B细胞的抗体重链基因,也包含其轻链基因,即含有天然抗体配对信息。自主设计和整理了一套行之有效的单细胞BCR引物。结论成功建立从单个B细胞扩增全人源抗体重链和轻链基因的方法。
李新洋杨霈瑶杨乃波
关键词：单细胞B淋巴细胞抗体
孕妇血浆中胎儿游离DNA浓度检测新方法被引量：1
2017年
目的:准确检测胎儿游离DNA占孕妇血浆中总游离DNA的比例,即胎儿游离DNA浓度。方法:收集孕有正常男胎的孕妇血浆30例,孕有正常女胎的孕妇血浆2例,其中10例与对照组孕周相同的正常男胎样本作为实验组。对照组为5例孕有21三体(T21)男胎的孕妇血浆。分别提取孕妇血浆中的游离DNA,应用多重PCR结合高通量测序技术检测胎儿特异性的单核苷酸多态性位点(SNP),以此作为胎儿DNA标记物,以计算孕妇血浆中胎儿游离DNA的浓度。此外,采用基于Y染色体(ChrY)特异基因及目标区域捕获测序的方法计算相同样本的胎儿游离DNA浓度。结果:(1)新方法检测的胎儿游离DNA浓度结果与ChrY及目标区域捕获测序计算的结果一致,无显著差异(P>0.05),且具有较高的一致性(R2=0.982)。(2)孕有21三体男胎组中胎儿游离DNA浓度(17.3%±4.7%)明显高于相同孕周的孕有正常男胎组(11.8%±3.4%),两组胎儿游离DNA浓度存在差异(P<0.05)。结论:多重PCR结合高通量测序技术能够准确计算孕妇血浆中的胎儿游离DNA浓度,具备较强的临床应用价值。
刘弘泰陈大洋康雄斌殷旭阳高雅王威
关键词：孕妇血浆
基于体细胞突变数据库筛选免疫原性结直肠癌高频新抗原的方法被引量：1
2020年
结直肠癌是世界高发和高致死率的恶性肿瘤。靶向新抗原的免疫治疗已被证实可以诱导癌症患者肿瘤持续消退,但这些特异性新抗原,仅适用于个体精准治疗。随着大量的高频肿瘤基因突变被发现,这些与突变相关的高频新抗原可覆盖更多人群,具有较强的临床意义。然而目前结直肠癌中是否也存在高频新抗原仍不清楚。本研究利用来源于321个结直肠癌患者的体细胞突变数据库,联合1种标准过滤和7种预测算法,筛选并获得了25个基于中国人高频分型HLA-A^*1101限制性的高频新抗原,它们均具有高亲和力(IC50<50 nmol/L)和高呈递分值(>0.90);其中,除了阳性对照多肽KRAS_G12V8-16外,11个高频新抗原能够在体外诱导细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)分泌γ干扰素(interferon gamma,IFN-γ),证实具有免疫原性。选取免疫原性最强的新抗原C1orf170_S418G413-421及阳性对照多肽KRAS_G12V8-16体外刺激T细胞,利用流式细胞分选及单细胞转录组测序技术,获得其特异性CTL的免疫组库信息,所构建的TCR-T(T-cell receptor engineered T cell)能够识别新抗原并分泌细胞因子。以上结果表明,本研究开发了一种利用体细胞数据库预测并体外筛选验证具有免疫原性高频新抗原的方法,为结直肠癌及其他癌种的多肽、DC(dendritic cells)疫苗、TCR-like抗体、TCR-T等免疫治疗提供了重要的多肽靶点和TCR信息,具有实际的临床应用价值。
秦丽丽李毅坚梁兆端陈蕾李文慧陈超黄亚灵张乐刘松明邱思葛玉萍彭文婷林欣欣张秀清董旋李波
关键词：结直肠癌高频新抗原
基于迁移学习的MHC-I型抗原表位呈递预测被引量：2
2019年
基于新抗原的肿瘤免疫治疗,抗原呈递的准确预测是筛选T细胞特异性表位的关键步骤。质谱鉴定的表位数据对建立抗原呈递预测模型具有重要价值。尽管近年来质谱数据的积累持续增加,但是大部分人类白细胞抗原(humanleukocyte antigen,HLA)分型所对应的多肽数量相对较少,无法建立可靠的预测模型。为此,本研究尝试利用迁移学习的方法,先利用混合分型的表位数据建立模型以识别抗原表位的共同特征,在此预训练模型的基础上再利用分型特异性数据建立抗原呈递预测模型Pluto。在相同的验证集上,Pluto的平均0.1%阳性预测值(positive predictive value,PPV)比从头训练的模型高0.078。在外部的质谱数据独立评估上,Pluto的平均0.1%PPV为0.4255,高于从头训练模型(0.3824)和其他主流工具,包括MixMHCpred(0.3369)、NetMHCpan4.0-EL(0.4000)、NetMHCpan4.0-BA(0.3188)和MHCflurry(0.3002)。此外,在免疫原性预测评估上,Pluto相对于其他工具也能找到更多的新抗原。Pluto开源网址:https://github.com/weipenegHU/Pluto。
胡伟澎李佑平张秀清
关键词：免疫治疗新抗原抗原呈递
遗传变异与人类健康
2016年
人类遗传变异常常是与生物学功能相关的,遗传变异可影响人类健康.不同种类的遗传变异往往对人类健康产生不同的影响,深入了解不同变异对人类健康影响的机制,将大大促进人类健康的研究.而随着技术的进步,尤其是高通量测序技术的广泛应用及相关技术的出现和发展,必将极大完善基因诊疗方案.本文侧重于遗传学变异对人类健康的影响,探讨遗传变异和人体健康的直接联系,以了解在人类健康中基因与环境和基因与基因之间的相互作用,促进人们对人类健康的认识,而这也是目前亟待探索的领域和话题.
黄辉邓建莲张欣鑫李扬彭智宇
10840例无创产前筛查数据的回顾性分析及挖掘被引量：7
2020年
目的对来自两家机构的无创产前筛查(non-invasive prenatal screening,NIPS)数据进行回顾性分析。方法对10840份样本的NIPS结果进行分析,包括21/18/13-三体(T21/T18/T13)、性染色体及其他常染色体非整倍体以及拷贝数变异(copy number variations,CNVs),并对孕妇年龄、孕周、体质指数、胎儿游离DNA(cell-free fatal DNA,cff DNA)浓度进行关联分析。结果10840例孕妇的平均受孕年龄为(32.34±5.04)岁;NIPS检测的平均孕周为(17.60±3.55)周。T21/T18/T13筛查的总体假阳性率为0.11%,灵敏度为100%,特异性为99.89%,阳性预测值为81.5%。性染色体及其他常染色体非整倍体以及CNVs的阳性预测值分别为56.67%、11.76%和83.33%。高龄孕妇(≥35岁)胎儿T21/T18的发病率分别为低龄产妇的2.12倍(P<0.01)、1.81倍(P>0.05)。cff DNA与孕周成正比(r=0.207),与体质指数成反比(r=-0.177),在孕15周之前增长较缓,孕16周后以0.5%每周的速度增加。结论本研究中NIPS性能与文献报道基本一致,其结果可对后续研究提供参考。
陈芳谭美华许艳文朱斌李佳林堃陈明桥曾丽娜
关键词：胎儿游离DNA染色体非整倍体
CRISPR/Cas9介导的小鼠BRCA1/BRCA2/CDH1基因乳腺特异性修饰研究
2018年
目的应用CRISPR/Cas9系统构建BRCA1、BRCA2和CDH1三基因乳腺特异性修饰小鼠模型。方法针对小鼠BRCA1、BRCA2和CDH1基因分别设计并合成sgRNA,构建p X330-sp Cas9-U6-gRNA共表达载体,将共表达载体中CBh启动子替换为乳腺组织特异性启动子WAP。利用小鼠受精卵原核注射的方法制备转基因小鼠。结果共注射受精卵190枚,得到活性受精卵130枚,移植4只受体鼠。产下F0代仔鼠42只,鉴定出11只转基因阳性小鼠,阳性率为26.19%。F0代阳性鼠繁育后得到39只F1代仔鼠,其中9只为F1代转基因阳性鼠。结论通过构建乳腺组织特异表达Cas9载体成功制备了转基因阳性鼠。
陈茜向熙杨漫漫张婷婷陈文彬李林魏强李勇
关键词：乳腺癌基因敲除小鼠
乳腺癌癌旁组织特异性表达基因分析
2019年
癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour,NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因表达谱差异的研究相对较少。本研究对14例乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和对侧正常乳腺组织样本进行高深度RNA测序和分析,发现癌旁组织相比对侧正常乳腺组织有102个差异表达基因。基因富集和蛋白-蛋白互作分析揭示这些差异表达基因显著富集在肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)等癌症相关的基因集中。通过比较癌旁组织与癌组织、癌旁组织与对侧正常乳腺组织的转录图谱,发现23个癌旁组织特异性高表达的基因,即癌旁特异性激活(tumour-adjacent speci c activation,TASA)基因。这些基因显著富集在TNF基因集中,其中15个是新发现的基因。结果表明,TASA基因在乳腺癌癌旁组织中普遍存在,并且与免疫系统的TNF信号有关。癌旁中存在类肿瘤型表达模式的基因,这些基因可能与肿瘤形成有关,但是往往在肿瘤癌旁成对研究中被遗漏。
禹奇超宋彬邹轩轩王岭刘德权李波马昆
关键词：乳腺癌基因表达谱
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