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北京大学生物信息中心: 作品数：16 被引量：208H指数：2; 相关作者：潘卫唐汶腾小玲官山更多>>; 相关机构：中国科学院北京基因组研究所云南大学数学与统计学院统计系云南大学数学与统计学院更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金更多>>; 相关领域：生物学农业科学自然科学总论医药卫生更多>>

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水稻基因组中的tRNA和rRNA基因: 在最近完成测序的水稻籼稻和粳稻两个亚种基因组中,各找到564和519个较为可靠的tRNA基因,进一步证实了于2002年发表的基于基因组序列草图的分析结果.修正的摆动假设,即至少需要46种tRNA基因才能译出61种可能的反...; 王希胤史晓黎郝柏林; 关键词：水稻基因组籼稻粳稻; 文献传递

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统: 2011年; 随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。; 刘小川赵树起孔雷刘小桥王珺李哲顾孝诚高歌; 关键词：生物信息学网格计算

GSDS:基因结构显示系统被引量：201: 2007年; 构建了一个用于绘制基因结构示意图的网站系统(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)。用户可提交核酸序列、NCBI核酸序列号或基因外显子位置信息,得到基因结构示意图;并可指定在基因结构图上标注某些特定区域。系统允许用户同时输入多个基因,并指定输出次序和标注区域。结果可用位图和矢量图两种图形格式显示。点击位图格式结果,可以查看相应序列。系统提供中英文两种用户界面。; 郭安源朱其慧陈新罗静初; 关键词：计算机图形

水稻基因组中的tRNA和rRNA基因(英文): 2004年; 在最近完成测序的水稻籼稻和粳稻两个亚种基因组中 ,各找到 5 6 4和 5 19个较为可靠的tRNA基因 ,进一步证实了于 2 0 0 2年发表的基于基因组序列草图的分析结果。修正的摆动假设 ,即至少需要 4 6种tRNA基因才能译出 6 1种可能的反密码子 ,在这两个亚种中均准确成立。在这 4 6种tRNA中 ,有些在籼稻和粳稻中的序列均全同。有 18种水稻tRNA与拟南芥中的相应序列全同。在籼稻基因组序列中还发现了 384个 5SrRNA基因 ,一批 17S和5 .8SrRNA基因以及一个 2 5SrRNA基因。这些rRNA基因的不完备是由于它们通常以串接阵列形式存在于异染色质区域 ,而后者在全基因组霰弹法测序中不易完整测出。在tRNA和rRNA基因序列之间发现了多处互补片段 ,这将有助于研究它们的进化和相互作用。; 王希胤史晓黎郝柏林; 关键词：TRNA RRNA 水稻基因组籼稻粳稻

北京大学生物信息资源系统提供数据和软件服务: 2012年; 生物产业发展现状与挑战 21世纪是生命科学的卅纪，人类丛因组计划的实施使我们对于人类自身的研究进入了一个新阶段。在探索遥远的月球、火星、太阳系乃至整个宇宙奥秘的同时，; 罗静初; 关键词：信息资源系统生命科学太阳系

Accurately annotate genetic variants: things we have to do to achieve precision medicine: <正>近年来以深度测序为代表的新一代生物测量技术使得以较低成本快速测量个体遗传变异成为可能。测序的海量结果需要通过高效的生物信息学分析来去除噪音、筛选信息,并以此为基础构建基因型变化与生物功能乃至表型变化的关系。为实现对...; 高歌; 文献传递

DNA芯片技术简介被引量：3: 2006年; 1990年，著名的人类基因组测序计划（Human Genome Project，HGP）正式启动，从此揭开了基因组时代的序幕。截至2006年8月，美国国立生物技术信息中心（NCBI，National Centerfor Biotechnology Information）收录的已完成基因组测序的物种数目为389个，正在进行序列拼接且测序完成的有341个，另外还有463个物种正在进行测序。; 何坤高歌; 关键词：DNA芯片技术人类基因组测序生物技术

EMBOSS软件包序列分析程序应用实例被引量：2: 2021年; 本文介绍欧洲分子生物学开放软件包EMBOSS序列分析程序应用实例。第1节简单介绍EMBOSS软件包的概况和基本用法。第2节介绍格式转换、序列提取、序列变换和序列显示等常用序列处理程序。第3节介绍序列比对程序,包括双序列比对、多序列比对和点阵图程序。第4节介绍常用核酸序列分析程序,可用于核苷酸组分统计、开放读码框分析、CpG岛识别、密码子使用统计和重复序列寻找等。第5节介绍常用蛋白质序列分析程序,包括氨基酸组分统计、序列特征位点识别、二级结构分析等。文中结合教学实例,选择部分常用程序,给出具体运行方式,并扼要说明分析结果的生物学意义。文末对程序运行过程中需要注意的地方加以讨论,并用表格列出部分常用程序的名称和用途,以便读者查阅。; 罗静初; 关键词：双序列比对多序列比对点阵图核酸序列分析蛋白质序列分析

两百岁的达尔文在中国111年:进化与天演被引量：1: 2009年; 今年是人类科学发展史上的一个最受到关注的年头——达尔文诞生两百周年和他的名著《物种起源》发表一百五十周年，也是达尔文演化论被严复介绍到中国111年。全球范围内许多国家和地区的科学家、普通公众、科学组织、政府部门举行各种活动隆重纪念这一全人类科学的盛事。达尔文为人类正确认识自然界、认识人类自己奠定了深厚的基础，提供了认识生命现象的核心理论体系。在这一背景下，《生命世界》推出了本期纪念达尔文的专题，讨论《生命世界》广大读者最戋心的与达尔文和演化论有关的一系列重要问题。; 龙漫远; 关键词：进化《物种起源》生命世界

凋亡相关基因的整合分析及基因表达芯片的制备: 2008年; 利用IPI和GenBank,收集了与凋亡相关的5333条基因序列,用一定的标准,整合筛选得到1384个凋亡相关的基因.通过亚细胞定位、组织表达差异显著性分析、自然正义/反义RNA对预测、基因簇在pathway上的定位、蛋白质/蛋白质相互作用等方面的分析发现,一些基因只在一个组织里显著差异表达,一些基因存在自然正义/反义RNA对现象,一些基因簇同时位于多条pathway等重要信息.同时,制作了一张凋亡相关基因的寡核苷酸芯片,并且对于一对NAIF1表达质粒转染前后的HeLa样品,通过该芯片的筛选,得到24个差异表达的基因.发现NAIF1过表达诱导的细胞凋亡,伴随了PAX2、PDCD8、PDCD10、DFFA、CASP7等基因表达的显著变化,同时还发现,U58668,该mRNA没有任何基因或蛋白质的注释信息,当camptothecin诱导U937细胞系凋亡时上调,在这里的NAIF1过表达诱导的HeLa细胞系中也上调(上述数据结果见http://gpcrome.cbi.pku.edu.cn:2005/chip).; 黄茉莉孙道春娄雅欣尹燕斌李川昀张勇高歌王升启伯晓晨魏丽萍李松岗; 关键词：凋亡生物信息生物芯片

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