华北理工大学生命科学学院基因组学与计算生物学研究中心
- 作品数：18 被引量：34H指数：3
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- 染色体数目减少及B染色体产生的进化基因组学模型被引量：4
- 2020年
- 在长期进化过程中,染色体数目展示出动态性变化.关于真核生物染色体进化仍有许多谜团,一个是如何维持染色体数目,另外一个是B染色体是如何产生的.全基因组测序工作的开展为认识染色体数目变化提供了新的机会,特别是反复的多倍化事件后染色体的改变有助于人们理解相关生物学规律和机制.通过比较基因组学分析,本文提出了染色体数目变化与B染色体产生的模型,认为染色体数目的减少主要是由于染色体融合,并且端粒的丢失及B染色体的产生在基因组重新整合和染色体数目减少中起着重要作用.
- 王振怡王希胤
- 关键词：进化基因组学B染色体多倍化核型进化
- 钙离子对花粉管生长的影响研究
- 2018年
- 钙作为重要的第二信使,是植物体中的必需营养元素之一,在花粉萌发和花粉管生长中起着重要作用。钙离子感受外界的多种信号,进而调控细胞内基因表达及细胞生理反应。钙信号表达方式是胞内自由钙浓度的特异性变化,同时也是植物体内转导多种生理过程的胞内胞外信号物质之一。基于此,本文对花粉管生长的特性、钙信号的产生、钙信号作用方式等进行综述。
- 周利明房玮
- 关键词：钙花粉管钙信号
- 葡萄、桃和可可基因组的进化分析
- 2018年
- 本研究以葡萄、桃和可可为研究对象，基于比较基因组学，利用基因同源共线性方法对基因组内的结构和基因组间同源信息进行比对分析，确定了物种基因组内和基因组间的同源片段。通过统计3个物种基因组间的同源共线基因的保留情况发现，葡萄基因组的保留情况最好，桃次之（为73．4％），可可最差（为68．9％），其丢失均可能是由于双子叶植物共有的三倍化导致基因组稳定性遭到破坏。另外，共线基因间的同义核苷酸替换率的频数分布证实，葡萄、桃和可可仅经历过一次古老的全基因组三倍化，并未经历最近的全基因组加倍，且可可基因组进化最快，葡萄基因组进化最保守；3个物种的分歧时间分别为：葡萄（～110Mya）、可可（～90Mya）、桃（～80Mya）。本研究将为3个物种及双子叶植物基因组的结构、功能和进化等研究提供重要的理论依据。
- 崔晓波孙梦琦赵康路闫立仁张岚
- 关键词：葡萄基因组稳定性
- 葡萄与咖啡基因组的多倍化过程及共线性分析被引量：1
- 2016年
- 以葡萄和咖啡的基因组为研究对象,基于比较基因组学和生物信息学的研究方法,通过比较基因组结构上的同源关系,确定物种进化中基因组加倍的性质,获取由全基因组加倍产生的重复基因。研究表明:葡萄和咖啡都发生过一次古老的全基因三倍化事件,产生了大量的同源重复基因;研究获得了种内、种间的同源基因,对物种间的同源基因进行了区分,并构建了葡萄和咖啡基因组的联合比对图谱,对这一结果进行形象地展示;在葡萄、咖啡基因组内分别获取了1 427(5.4%)个、1 543(6.0%)个由多倍化产生的重复基因对,在2个物种基因组间获取了7 462个重复基因对,为深入研究葡萄和咖啡基因组的进化提供了参考。
- 李育先夏瑞燕王金朋王希胤
- 关键词：葡萄咖啡重复基因
- 拟南芥蛋白激酶CDPK11融合蛋白的纯化及鉴定被引量：2
- 2017年
- CDPK11是钙依赖蛋白激酶家族的重要成员,为了获得纯化的His-CDPK11融合蛋白,首先克隆了1 488bp的CDPK11全长基因,酶切连接构建到pGEX-4T-3载体上,获得His-CDPK11原核表达载体并转化大肠杆菌表达菌株BL21;经IPTG诱导和His镍柱体系纯化获得分子量为50ku的His-CDPK11融合蛋白;Western blot免疫印迹技术检测证实该蛋白能被Anti-His抗体识别,表明获得了正确融合的His-CDPK11蛋白,为进一步解析CDPK11参与植物开花调控的分子机制提供了有力的工具.
- 袁敏邢继红王莉张岚葛伟娜张家琦
- 关键词：原核表达融合蛋白免疫印迹
- 拟南芥开花抑制因子TFL1与GRFs蛋白的相互作用被引量：4
- 2017年
- 【目的】研究拟南芥开花抑制因子TFL1与2个GRFs家族成员GRF4和GRF7之间的互作关系,为进一步解析TFL1抑制植物开花的分子机制奠定基础。【方法】以拟南芥cDNA作为模板,利用基因特异性引物,克隆TFL1、GRF4和GRF7,分别连接入门载体pCR8,经菌落PCR扩增和测序鉴定分别获得这3个基因的入门载体TFL1-pCR8、GRF4-pCR8和GRF7-pCR8。利用LR重组的方法将上述3个入门载体分别与目标载体pGADT7和pGBKT7重组获得酵母双杂交试验载体TFL1-BD、GRF4-AD和GRF7-AD。将TFL1-BD载体分别与GRF4-AD或GRF7-AD载体共同转化酵母感受态细胞,于双缺(-Leu/-Trp)培养基上30℃培养2—3d直至长出酵母克隆,选取合适大小的酵母菌落转移到双缺(-Leu/-Trp)和四缺(-Leu/-Trp/-His/-Ade)缺陷培养基上,通过观察酵母菌落的生长情况判断TFL1与GRFs之间的互作关系。利用LR重组的方法将上述3个入门载体分别与目标载体px-nYFP和px-cYFP重组获得TFL1-nYFP、TFL1-cYFP、GRFs-nYFP、GRFs-cYFP双分子荧光互补试验载体,并分别转化农杆菌感受态细胞。将转化TFL1-nYFP或TFL1-cYFP载体的农杆菌分别与转化GRFs-nYFP或GRFs-cYFP载体的农杆菌共注射烟草叶片,培养48h后在荧光共聚焦显微镜下观察烟草细胞中YFP荧光的表达情况。通过YFP荧光信号的有无来判断TFL1与GRFs之间的互作关系。【结果】成功克隆到拟南芥中的3个基因,分别是534bp的TFL1、888bp的GRF4和798bp的GRF7,并分别获得其入门载体(TFL1-pCR8、GRF4-pCR8和GRF7-pCR8)、酵母双杂交试验载体(TFL1-BD、GRF4-AD和GRF7-AD)和双分子荧光互补试验载体(TFL1-nYFP、TFL1-cYFP、GRFs-nYFP和GRFs-cYFP)。在酵母双杂交试验中,相较于阴性对照组,共同转化TFL1-BD与GRFs载体的酵母菌落在双缺(-Leu/-Trp)和四缺(-Leu/-Trp/-His/-Ade)培养基上都生长较好,结果表明TFL1与GRF4、GRF7在酵母中直接相互作用。在双分子荧光互补试验中,相较于阴性对照组,将转化TFL1-cYFP载�
- 袁敏邢继红王莉葛伟娜郭棣张岚
- 关键词：拟南芥酵母双杂交
- 拟南芥和禾本科植物ABP1家族分析被引量：1
- 2018年
- 生长素是植物中非常重要的调控激素,ABP1在很多生长素的调控作用中都起到关键作用,研究证明生长素结合蛋白与信号转导有关,但其具体转导路径还不清楚,本研究以已知拟南芥生长素结合蛋白(ABP1)为模板,在禾本科二穗短柄草、大麦、水稻、高粱、谷子和玉米6个物种中鉴定出10个ABP1蛋白。通过序列保守性分析,我们了解到这些蛋白在C端均有一个保守结构域和典型的保守基序Motif2、Motif3,并且对其进行选择压力分析只得到1个氨基酸位点受到显著正选择。有趣的是水稻Os12g34460基因十分特殊,它在进化树中发生显著分歧且丢失了C端的保守结构域,在亚细胞定位中也是有别于其它所有蛋白。最后,我们以玉米为代表进行蛋白互作分析,发现ABP1与ABP4和ABP5存在密切的关系。本研究使以ABP1为代表的生长素结合蛋白相关性质更加具体清晰,为揭示其作为重要信号的具体传导机制提供参考。
- 张聪赵康路胡静静孟文静孙长凯马岚王振怡
- 关键词：ABP1禾本科进化分析
- 蛋白激酶BIN2的纯化及活性分析
- 2017年
- BIN2是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在油菜素内酯(BR)信号转导中发挥重要作用。为了获得具有激酶活性且不带标签的BIN2蛋白,将BIN2基因构建到带eXact标签的pPAL8表达载体上,获得BIN2基因的原核表达载体eXact-BIN2,转化大肠杆菌表达菌株BL21(DE3)。摸索合适的诱导条件后成功诱导出51 kD的eXact-BIN2蛋白。经eXact纯化介质纯化并切除标签,获得质量较高、不带标签的BIN2蛋白。该BIN2蛋白具有较高的激酶活性,能够在体外磷酸化MBP-BZR1蛋白。
- 袁敏齐玉荣王瑞菊
- 关键词：磷酸化蛋白激酶蛋白纯化
- 拟南芥CPK11对开花调控因子FD的磷酸化作用
- 2017年
- CPKs是植物中一类重要丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,参与多种植物生物学反应。利用原核表达技术纯化制得质量较高His6-CPK11融合蛋白;Western blot免疫印迹技术分析表明纯化His6-CPK11蛋白可被anti-His单克隆抗体特异识别;体外激酶试验证实His6-CPK11可磷酸化开花途径转录因子FD蛋白,可为CPKs家族成员参与FD蛋白磷酸化修饰提供支持。
- 袁敏王莉葛伟娜张岚郭棣
- 关键词：FD磷酸化开花
- 拟南芥开花诱导基因FT的蛋白表达及纯化被引量：12
- 2017年
- FT蛋白是植物的成花素,在植物多条不同开花途径的交汇节点发挥重要作用。该蛋白在植物叶片中合成运输到顶端分生组织发挥作用。为了研究FT蛋白的运输机制,本研究利用原核表达技术体外诱导表达了His6-FT蛋白;利用His镍柱纯化获得了高质量的His6-FT融合蛋白;利用Western blotting免疫印迹技术确定该His6-FT蛋白能够被anti-His单克隆抗体特异识别。试验获得的正确融合的His6-FT蛋白为进一步研究FT蛋白的转运机制奠定了良好的基础。
- 袁敏邢朝斌葛伟娜王莉郭棣
- 关键词：成花素FT融合蛋白
