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利用小样本表达谱数据构造前列腺癌基因网络: 2010年; 用25张前列腺癌芯片表达谱数据,基于基因间的表达相似性和基因的差异表达程度,筛选出287条基因,用模糊聚类的方法将其聚成65个类,用贝叶斯模型构造了一个大型的基因网络,并对这个网络的有效性进行了验证.结果表明,基于本文提出的策略,利用小样本量的表达谱数据构造大型基因网络是可行的.; 付旭平曹明莫文娟姜梅李瑶; 关键词：基因网络 CDNA芯片模糊聚类贝叶斯模型

一种基于非线性降维和Procrustes分析的基因选取方法被引量：3: 2009年; 提出了一种新的基于非线性降维算法和统计形状比较的基因选取方法.该方法基于保持芯片数据结构的思想,消除了对于样本类信息的要求.在3组实际肿瘤芯片数据上的应用表明,新方法在维持数据结构和数据挖掘分析中都明显优于基于线性降维的选取方法.与其他成熟的基因选取方法在分类分析中的比较也证明了新方法的成功.; 杨广源付旭平黄燕李瑶; 关键词：基因芯片非线性降维 ISOMAP

基因芯片数据分析: 基因芯片技术能够同时分析成千上万基因的表达水平，这一技术已经广泛应用于生物学和医学各个研究领域。在其自身迅速发展的同时数据也在不断的增加，如何有效的处理和分析芯片实验所产生的海量数据越来越引起研究者们的广泛关注。基因芯片...; 付旭平; 关键词：基因芯片非线性降维调控元件

一种新的识别细胞周期相关的转录调控元件的方法: 2010年; 提出了一种新的细胞周期相关的转录调控元件(CCRE)的识别方法,该方法综合分析转录因子—调控元件的结合强度和转录因子靶基因的表达,模拟元件活性变化值,将具有显著周期性活性的元件认为是CCRE.在实际的细胞周期基因表达谱数据中的应用表明,该方法能识别绝大多数已经报道的CCRE,与其他常用识别方法的比较也证明该方法得到的元件与细胞周期关系更紧密.; 李群付旭平顾少华; 关键词：活性

枸杞多糖对D-半乳糖致亚急性衰老模型小鼠的基因表达谱的影响被引量：10: 2008年; 为了探讨枸杞多糖对D-半乳糖致亚急性衰老模型小鼠的药理作用,利用Illumina基因芯片研究使用枸杞多糖灌胃的衰老模型小鼠的基因差异表达情况.实验表明D-半乳糖诱导的亚急性衰老模型是可靠的衰老实验动物模型.通过分析找到了枸杞多糖在延缓衰老、抗氧化、降血糖、调节免疫、抗肿瘤、降血脂等方面有影响的相关基因.; 杨圣董俊杰姜振玲陈沁付旭平李瑶顾少华; 关键词：枸杞多糖

2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测被引量：6: 2000年; 用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因合计有 5 6 5条 ,占总分析基因的 2 0 .0 9% ;由蛋白质结构域分析结果表明 ,含PROSITEpattern的基因有 5 2 0条 ,代表了 10 7种 pattern ;含PROSITEprofile的基因有 333条 ,代表了 2 0 0种profile ;含PFAM结构域的基因有 45 7条 ,代表了 2 41个family ;含PRINTS的家族指纹 1型 (class1)的基因有 12 8条 ,指纹 2型 (class2 )的有 18条 ,总数为 146条 ,代表了 45种家族指纹 ;由特殊结构分析表明 ,跨膜蛋白 470条 ,分泌蛋白 6 77条 ,Coiled coil蛋白 2 2 8条 ,Helix turn helix蛋白 73条 .; 田立峰戴建凉黄达蔷付旭平沈健民范俊张雷马良宵谢毅毛裕民; 关键词：生物信息学编码蛋白质

人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分: 2000年; 在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % .; 付旭平戴建凉田立峰黄达蔷沈健民吕军谢毅毛裕民; 关键词：位置权重矩阵 Z曲线 CDNA序列

一种基于主集分割的基因芯片聚类算法被引量：1: 2005年; 聚类算法广泛应用于生物芯片数据分析中,用于寻找表达相似的基因或样本.大多数已有算法都需要人为地给出一些参数,然而在没有先验知识的情况下,人为地确定这些参数是十分困难的.为了解决这一难题,提出了一种迭代的聚类算法.首先用主集方法对原有基因进行重新排序,使高度相似的基因排列在特定区域.类的分割界线通常难于确定.提出一种标准,根据类内元素间的距离远小于类外元素间的距离的性质,从排序后的数据集中划分出一个类.将找到的类从当前数据集中排除以后,对剩下的数据重复以上处理,直到满足所提出的循环停止条件为止.从多方面分析了该算法的性能,并将该算法应用于酵母细胞周期的芯片表达谱数据聚类.理论分析和应用结果都表明,该算法是实用、有效的,并且有很好的抗噪性能.; 滕莉付旭平李宏宇李瑶陈文斌李荣宇沈一帆; 关键词：基因芯片聚类排序

cDNA芯片应用在急性白血病研究中的初步探索被引量：2: 2004年; 基因芯片技术对肿瘤基因组学的研究提供了一种高效的手段 .采用基因芯片技术观察了 14例初发急性髓系白血病患者 12 80 0条基因的表达谱 ,找到了一些和白血病发生有密切关系的基因 .用表达谱的聚类方法分析难治性白血病的基因表达特征 ,发现一些与耐药相关的基因在难治性白血病人和易治性白血病人中表达有明显不同 ,证明难治性白血病与耐药有一定关系 .; 魏庆刘敏陈莉付旭平沈卫文孙美倩王玉滕莉王健民李瑶; 关键词：CDNA芯片急性髓性白血病

基因调控网络模型构建方法被引量：13: 2006年; 基因调控网络的研究从基因之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象,是功能基因组学研究的重要内容,也是当前生物信息学研究的前沿。基因芯片技术在生物信息学中的应用为基因调控网络的研究提供大量可供研究与分析的基础数据。本文介绍了基因调控网络的起源与近年来的发展情况,详细说明了基因调控网络构建的前提与基本原理,并分析几种经典调控网络模型:布尔网络模型、线性及非线性模型和贝叶斯网络模型,阐述各种模型构建的基本原理和算法,结合基因芯片的数据特点,探讨各种模型的优缺点及其适用情况,对各种网络模型进行分析与总结。; 虞慧婷吴骋柳伟伟付旭平贺佳; 关键词：基因调控网络非线性模型贝叶斯模型

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付旭平