方刚
- 作品数：19 被引量：35H指数：4
- 供职机构：西安文理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西省教育厅科研计划项目西安市科技计划项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生化学工程更多>>
- 基于统计语言模型及动态规划算法的蛋白质表达载体的优化设计
- 2016年
- 针对合成生物学基因片段组装中选择最优"零件"组装功能性蛋白质表达载体费时且易出错的问题,提出一种基于引入统计语言模型(SLM)与动态规划算法的蛋白质表达载体设计方法.该方法通过统计合成生物学标准"零件"(Bio Brick)的参数,将基础"零件"组装过程转化为SLM,用动态规划算法找到最优路径,以实现蛋白质表达载体的设计.实验结果证明该方法准确率高,可以减少真实装配过程的冗余操作,节省时间和费用,可用来优化其他合成生物学软件设计结果,也可独立使用来模拟装配合成生物学基因片段产生蛋白质表达载体,还可被迭代从而给出不同的优化结果供选择.
- 方刚
- 关键词：统计语言模型动态规划算法
- 网络结构与优化中的智能计算方法研究
- 许进魏小鹏强小利张强潘林强王燕方刚董亚非张社民石小龙刘向荣张征崔光照史晓红黄布毅王延峰范月科徐崇军吴秦周东生周昌军
- 该项目系统地研究生物计算的系统结构、计算复杂性、编码方法、计算模型和算法等基本问题，不仅丰富了智能计算理论和方法，而且促进了新兴交叉学科的形成和发展，在优化问题求解、生物信息学、图像处理等需要大计算量的领域中有重要的应用...
- 关键词：
- 关键词：DNA计算神经计算
- RecA蛋白介导的三链核酸结构形成及其序列提取(英文)被引量：1
- 2009年
- 人工合成的单链DNA分子经PCR扩增形成双链DNA分子。将RecA蛋白与生物素标记的寡聚核酸探针序列在ATPγS存在的情况下共同哺育,使RecA蛋白包裹寡聚核酸探针,然后加入含同源序列的上述双链DNA分子经适当环境哺育形成了稳定的局部三链核酸结构。通过加入链亲和素包裹的磁珠吸附生物素化的探针,这样同源双链DNA分子与寡聚核酸探针形成的局部三链核酸结构也被吸附在磁珠上。使用磁分离装置提取这一结构,逐步降低盐离子浓度以洗脱双链DNA分子。将洗脱液中残留的蛋白质去除,经PCR扩增可获得目的DNA序列。同时使用同源探针和非同源探针在其它序列中提取目的DNA序列,结果显示目的DNA序列只被同源探针提取。实验结果显示了这一三链核酸结构形成的序列特异性,并且其稳定性随盐离子浓度降低而下降。提示在这一结构中同源的寡聚核酸单链与双链DNA分子形成了氢键结合,同时提示使用文中描述的方法可以提取特异的序列,用以克隆相应的基因。
- 方刚张社民
- 野鸢尾总黄酮的提取被引量：3
- 2013年
- 采用正交试验设计对野鸢尾植物中总黄酮的提取工艺进行了优化。结果表明,影响野鸢尾总黄酮的优化提取工艺因素为提取温度>乙醇浓度>料液比>提取时间;优化提取工艺条件为A2B2C3D1,即乙醇体积分数为80%,料液比1∶20(g∶mL),提取时间为5 min,提取温度为90℃,此条件下总黄酮为4.007 mg/g。
- 齐建红赵咏梅方刚李丹王改改
- 关键词：总黄酮正交试验
- 一种用于构建表达载体的合成生物学数据库
- 2016年
- 由于基因测序及DNA合成技术与工具的突破性进展,生物工程正在加速发展,导致合成生物学的出现。本文介绍了一种用于构建表达载体的合成生物学数据库。阐述了如何利用MySQL数据库管理系统(DBMS)对合成生物学数据库gene_bank进行查询,并借助BioEdit软件对其中的多克隆位点(MCS)进行序列分析,通过查询与分析找出这一合成生物学数据库的特点。
- 方刚
- 关键词：合成生物学数据库
- 一种用于中药配方优化的DNA算法被引量：2
- 2005年
- 提出了一种用于中药配方优化的DNA算法,该算法基于质粒DNA技术。首先将中药配方优化问题转化为求无向图的最大权团问题:选取6种具有抑制大肠杆菌生长功效的中药作为图的顶点,分别做抑菌试验,将它们的抑菌圈直径作为顶点的权。然后两两配对进行抑菌试验以确定它们在图中是否有边连接。这样构造了一个顶点赋权的无向图,这个图的最大权团具有最大的抑菌效力,也是这些中药的最佳配伍。求图的最大权团是一个典型的NP-完全问题,而DNA计算具有求解该问题的能力。该方法的提出探讨了DNA计算实用的可能性。
- 方刚张社民殷志祥许进
- 关键词：DNA计算中药质粒DNANP-完全问题
- 中药最优配方筛选的图论方法
- 2005年
- 中药在治疗有些疾病时有独特的疗效,疗效的好坏主要取决于方剂中各药物的适当配伍。但是由于中药各药物之间的排列组合方式数目巨大,再加上药物剂量的变化,它们之间的组合数更是难以计数,对这些组合一一进行药效学实验难以实现,这就制约了中药的进一步研发。针对这一问题,该文将中药最优配方筛选问题转化为求一顶点赋权图的最大权团问题,利用求图的最大权团的算法实现中药最优配方筛选。该方法工作量小、简便易学、容易使用。
- 张社民方刚许进
- 关键词：中药赋权图
- 一种图顶点着色DNA计算机模型被引量：12
- 2006年
- 设计了一种专门用于求解图顶点着色的DNA计算机.该计算机的主体是由一个可变温度的聚丙烯酰胺凝胶电泳构成.可变温度的电泳由3部分组成,分别为“解链区”、“非解区”和“解区”.它们对应的可控温度分别为Tm1,Tm2和Tm3.本文介绍了该计算机的基本结构与基本原理,给出了存储库的构建方法,特别讨论了编码问题,并成功地对5个顶点的图给出了系统的生物操作与生化实验.
- 许进强小利方刚周康
- 关键词：DNA计算机
- 基于三链核酸的DNA计算被引量：5
- 2009年
- 一种研究DNA计算的新模型——三链DNA计算模型在本文中提出。此模型是在近年三链核酸的研究成果的基础上建立的。并应用于求解可满足性问题(SAT),这是一个困难的NP-完全问题。不同于以往的DNA计算方法,基于三链核酸的分子算法通过寡聚脱氧核苷酸(ODN)在RecA蛋白的介导下与同源的双链DNA匹配成三链DNA进行基本的运算,这样可以有效减少计算中的错误。依据分子生物学的实验方法,该算法切实可行并且有效。
- 方刚张社民朱岩许进
- 关键词：三链核酸DNA计算NP-完全问题
- 边连通度问题的三维DNA图结构解法被引量：4
- 2006年
- 针对求边连通度这一难解问题,提出了三维DNA图结构算法。该算法利用k臂DNA这一特殊的分子结构构建了相应的图结构,通过相关的限制性内切酶处理和凝胶电泳分析来确定图的边连通度。通过探讨算法的可行性,基于目前的实验室技术给出了算法的具体分子生物学操作步骤。指出这一DNA结构可直观地反映图结构,易于建立图论模型。结论显示,该算法可以直观有效地求解边连通度,用于解某些难解问题有着特殊的优越性。
- 方刚张社民许进
- 关键词：DNA计算连通度
