李水明
- 作品数：25 被引量：35H指数：4
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- 相关领域：理学医药卫生生物学轻工技术与工程更多>>
- 溶菌酶基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱分析中的不常见修饰及脱水反应被引量：6
- 2013年
- 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)分析了溶菌酶标准蛋白,在常规搜库条件下鉴定到6个独立肽段,Mascot得分420,鉴定覆盖率为54%。此外,经人工解析发现,肽段IVSDG-DGMNAWVAWR(98→112)在样品处理过程中发生了天冬酰胺脱氨化、天冬酰胺脱氨化+甲硫氨酸氧化、天冬酰胺脱氨化+甲硫氨酸氧化+色氨酸氧化等修饰,在激光解吸电离过程中发生脱水反应,脱水位点是脱氨后形成的第103位天冬氨酸。此外,还发现了部分肽段的丙酰胺化修饰。本研究表明,选择一级质谱中的极低丰度离子进行串联质谱分析和利用人工解析方法分析数据库未匹配数据,有可能发现一些特殊的蛋白质修饰,可增加数据利用度和分析结果的确定性。
- 王勇李水明何曼文
- 关键词：溶菌酶
- 串联飞行时间质谱的碎片离子相对强度在区分亮氨酸和异亮氨酸残基中的应用
- 2015年
- 研究肽段从头测序需要解决的问题之一是区分亮氨酸和异亮氨酸残基,利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF）所产生的w型离子区分这两种氨基酸残基是目前最常用的方法。本研究以6对合成的同分异构肽段（由7～15个氨基酸构成）为例,来说明w离子信号强度较低且有时不能产生,在区分多肽中的亮氨酸和异亮氨酸时受肽段长度和序列的限制。而亮氨酸与异亮氨酸的变化会导致亚胺相关离子、内部断裂离子、b-型和y-型离子等相对强度的微小变化。通过比较这些骨架断裂变化所产生的微小差异,可为区分肽段中的亮氨酸和异亮氨酸残基提供新的线索和判据。
- 王勇高升李水明
- 关键词：从头测序亮氨酸异亮氨酸
- 串联飞行时间质谱中亚胺离子的断裂特征及其在肽段鉴定中的作用被引量：2
- 2014年
- 基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)产生的亚胺离子可以提供丰富的肽段组成信息,该方法通常用于基于数据库搜索的蛋白质鉴定,或者结合化学衍生法用于从头测序,因而在一定程度上限制了对亚胺离子的认识及应用。本研究利用239个串联质谱探索MALDI-TOF/TOF中亚胺离子的断裂特征以及它们在肽段鉴定中的应用,发现在高能碰撞诱导解离条件下组氨酸等14种氨基酸可产生较强的亚胺离子信号(>50%阳性率),氨基酸的化学结构、位置效应和氨基酸残基个数是影响碎片离子强度的主要因素。此外,探讨了亚胺离子应用过程中的假阳性问题,提出亚胺离子相对强度的比较可以降低假阳性和提高肽段鉴定确定度,有助于完善目前的数据库搜索算法和辅助从头测序分析。
- 王勇李水明何曼文
- 关键词：蛋白质鉴定
- 人工解析提高串联质谱鉴定肽段的数据利用度
- 2013年
- 为降低蛋白质鉴定的假阴性,利用标准蛋白和实际样品,探讨影响基质辅助激光解吸电离–串联飞行时间质谱数据利用度的原因.发现误差设置偏小、翻译后修饰、异常酶解和氨基酸突变等是导致蛋白质数据库检索不匹配目标肽段的主要原因.实验表明,典型情况下一级和二级质谱误差可设定在0.3Da.对未与数据库匹配的串联质谱进行亚胺离子辅助的人工解析发现,色氨酸双氧化、丝氨酸乙酰胺化和半胱氨酸丙酰胺化等不常见修饰,酪氨酸与苯丙氨酸、天冬氨酸与谷氨酸两两之间的突变和非特异性酶解等现象,该研究可提高质谱鉴定的数据利用度.
- 王勇李水明何曼文冯里茹
- 关键词：蛋白质组学数据库搜索
- 里氏木霉磷酸化蛋白质组的非标记定量分析被引量：1
- 2016年
- 目的:利用液相色谱串联质谱和非标定量技术,研究里氏木霉中磷酸化蛋白在不同培养条件下的表达差异,以期获得与纤维素酶表达调控相关的磷酸化蛋白。方法:分别在阻遏条件、诱导条件和中性条件下培养里氏木霉,提取胞内总蛋白,进行酶切和非标记定量分析。结果:对比诱导条件与阻遏条件、诱导条件与中性条件、阻遏条件与中性条件下培养的里氏木霉的胞内蛋白表达量差异,分别发现差异蛋白90、61和90个。根据其功能,可将这些差异蛋白归为四类,即锌指蛋白、ATP结合蛋白、具有N-乙酰化转移酶活性的蛋白以及具有氧化还原酶活性的蛋白。它们主要参与糖酵解、蛋白质合成、DNA修复以及转录调节过程。结论:发现的这些差异蛋白为研究调控纤维素酶的表达调控提供了新的线索。
- 阮土娣马成成刘思远王娟李水明刘刚
- 关键词：里氏木霉纤维素酶
- 一种唾液多肽组AD生物标记物
- 本发明公开一种唾液多肽组AD生物标记物，其中，所述唾液多肽组AD生物标记物包括组蛋白、炎症蛋白、能量代谢蛋白和细胞骨架与神经系统发育相关蛋白。本发明的组蛋白、炎症蛋白、能量代谢蛋白以及细胞骨架与神经系统发育相关蛋白可用作...
- 王勇程思明李水明倪嘉缵
- 文献传递
- 纳升液相色谱-高分辨串联质谱分析尿液多肽组及其翻译后修饰被引量：7
- 2016年
- 多肽组是指生物体表达的所有多肽,尿液等体液的多肽组是生物标记物的重要来源。本研究采用氧化石墨烯-磷酸镧纳米磁性复合材料分离富集尿液多肽,进行纳升液相色谱-高分辨串联质谱分析,从单一样本中鉴定了归属于123个蛋白质的790条肽段。研究表明,这些肽段在蛋白质水平上不是平均分布的。此外,本研究检测到了肽段的氧化、磷酸化和脱氨化等翻译后修饰现象,观察到了尿液多肽的阶梯序列性,从蛋白水平上对尿液多肽组进行了生物信息学分析,结果表明,这些多肽所归属的大部分蛋白质之间存在相互作用。本方法可为在尿液中寻找疾病的标志物提供方法学支持。
- 洪晓愉李水明王勇
- 关键词：尿液翻译后修饰
- 谷氨酸甲基化修饰的基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱分析被引量：1
- 2013年
- 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了枯草芽孢杆菌中的蛋白酶抑制剂和杆菌肽F两种蛋白及其翻译后修饰,发现在这两种蛋白质中共有5个肽段发生谷氨酸甲基化,其中肽段FELVVYDSEHK存在FE(Methylation)LVVYDSEHK和FELVVYDSE(Methylation)HK两种形式。结果表明,MALDI-TOF/TOF高能CID所提供的丰富断裂信息和全质量范围扫描对提高分析结果的确定性具有重要作用。此外,这5个甲基化肽段都可以检测到相对含量更高的非甲基化肽段,这为降低分析结果的假阳性提供了辅助判据。在低质量区检测到甲基化赖氨酸的亚胺相关离子m/z 98和143,说明发生了赖氨酸的甲基化;检测到m/z 116则提示发生了谷氨酸甲基化。
- 王勇李水明何曼文冯里茹韩庆国
- 关键词：枯草芽孢杆菌
- 一种检测AD的尿液多肽组AD生物标记物
- 本发明公开一种检测AD的方法及尿液多肽组AD生物标记物，其所述尿液多肽组AD生物标记物为组蛋白降解产物、炎症蛋白降解产物、能量代谢蛋白降解产物中的一种或多种。本发明的组蛋白降解产物、炎症蛋白降解产物或能量代谢蛋白降解产物...
- 王勇洪晓愉李水明倪嘉缵
- 文献传递
- 一种AD生物标记物及其检测方法
- 本发明公开一种AD生物标记物及其检测方法，包括Protein‑glutamine gamma‑glutamyltransferase E、Protein S100‑A12、Alpha‑2‑macroglobulin‑li...
- 王勇徐金玲李水明倪嘉缵
- 文献传递
