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郑浩然: 作品数：72 被引量：288H指数：7; 供职机构：中国科学技术大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金安徽省自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术理学生物学更多>>

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融合基因表达数据的组织间代谢差异研究: 2015年; 目的不同组织细胞代谢系统中包含的代谢反应是全基因组尺度代谢网络中所有代谢反应的子集。对不同组织细胞代谢系统差异的研究,可以帮助理解不同组织的代谢特异性。方法基于已有的全基因组尺度代谢网络,融合两种组织细胞基因表达的变化信息,提出一种基于约束建模的方法,以预测多细胞生物不同组织细胞之间的代谢系统差异。根据"不同条件下基因表达量的变化信息,为预测相关反应在代谢流量上变化提供了‘线索’"这一假设,本方法试图最大化拟合在表达层面和代谢层面上显著性变化的一致性,并进一步确定出代谢活性必定为上调或下调的反应集合,从而对生物体的不同组织细胞之间代谢系统差异有一个定性的描述。结果融合了肝脏组织和心脏组织的基因表达数据进行实验,将代谢差异研究方法与之前的研究方法比较,发现该方法能更加有效检测肝脏和心脏组织间的代谢差异。结论为进一步研究多细胞生物和高等生物的不同组织细胞之间的代谢系统差异提供了一种有效的方法。; 马浩郑浩然陈孝旭; 关键词：差异基因表达一致性

基于生态特征的进化与协同研究: 生命科学与工程科学的相互交叉、相互渗透和相互促进是近代技术发展的显著特点之一,进化行为作为从生命现象中抽取的重要的自适应机制已被人们普遍认识并得到了广泛的应用,然而现有的进化模型存在一个共同的不足之--未能很好地反映...; 郑浩然; 关键词：进化模型人工生命群体智能复杂自适应系统; 文献传递

基于统计组合与特征分类的基因预测算法被引量：2: 2006年; 在研究了三种基因局部特征的基础上,针对现有的基因预测方法在预测5’端外显子方面的不足,构建了一种基于统计组合与特征分类的基因预测算法,即将基因区域数据根据局部特征分成两个相对独立的集合,采用统计组合的方法将多种基因预测方法综合在一起进行基因预测研究.实验结果表明,该算法提高了基因预测的精度,为基因预测提供了一种可能的研究方案.; 童庆郑浩然王煦法; 关键词：基因预测

合肥市某三级医院医务人员肺结节检出情况及影响因素分析: 2024年; 目的了解合肥市某三级医院医务人员肺结节检出率及流行病学特征,并对其相关因素进行分析。方法采用横断面研究方法,选取2021年在中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院)健康管理中心参加肺部低剂量螺旋CT检查并完成问卷调查的医务人员进行研究。结果3475名体检者共检查肺结节者1280例,检出率36.83%。其中,男性检出率高于女性,分别为45.16%(443/981)和33.56%(837/2494)。在肺结节检出人群中,双侧肺结节人数占比最多,为58.36%(747/1280),左侧肺结节人数占比最低,为13.98%(179/1280)。通过多因素logistic回归分析,发现年龄31~40岁(OR=2.372,95%CI:1.768~3.183)、41~50岁(OR=36.394,95%CI:25.803~51.333)、51~60岁(OR=51.876,95%CI:34.380~78.275)、肺癌家族史(OR=1.521,95%CI:1.056~2.192)、经常头晕或头昏(OR=1.625,95%CI:1.072~2.462)是影响医务人员肺结节检出的独立危险因素(P<0.05)。结论年龄越大、有肺癌家族史的医务人员肺结节检出率越高。经常头晕或头昏作为肺结节的常伴症状需要引起重视。; 赵德胜郑浩然苏丹; 关键词：医务人员肺结节检出率影响因素

一种面向小样本数据的错标记样本识别方法: 2012年; 目的针对小样本数据的错标记问题,本文在CL-stability算法的基础上提出一种加权的错标记样本识别算法(UCL-stability)。方法在UCL-stability算法中,根据样本标记翻转后数据所能选出的差异特征数目,定义了一个投票权值用于衡量翻转不同样本标记对分类的影响。结果两组癌症基因表达数据的实验结果表明,UCL-stability与CL-stability算法均能有效识别数据中的可疑样本。通过人为错标记样本的进一步实验,显示UCL-stability算法相比于无投票权的CL-stability算法可取得较高的precision和recall值。结论本文提出的UCL-stability算法不仅考虑了小样本数据中单个样本的标记错误对分类器设计造成的影响,更进一步考虑了不同样本的标记错误对分类结果影响的差异。通过引入特征信息衡量该差异,UCL-stability取得了较好的结果。; 秦瑞斌郑浩然周宏; 关键词：微阵列

VFA:一种可视化代谢网络建模工具被引量：2: 2008年; 数学建模是代谢工程研究的关键方法之一。目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和13C代谢通量分析(13C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享。为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和13C-MFA建模。VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享。; 李毅郑浩然钮俊清李恒周宏; 关键词：代谢网络代谢通量可视化建模

健康体检人群中血脂与亚临床动脉硬化检测指标之间的关系被引量：10: 2019年; 目的探讨临床常见的8项血脂检查水平是否是影响亚临床动脉硬化的因素。方法对257例在安徽省立医院健康管理中心的体检者进行横断面的研究,给予问卷调查,采集年龄、性别、身高、体重、BMI、血压等指标,使用全自动生化分析仪测定总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白(LDL)、极低密度脂蛋白(VLDL)、高密度脂蛋白(HDL)、载脂蛋白A(Apo A)、载脂蛋白B(Apo B)、脂蛋白a(Lpa)8项血脂指标,并使用动脉硬化仪检测亚临床动脉硬化指标臂踝脉搏波传导速度(baPWV)和踝臂指数(ABI)。对检测结果进行t检验并建立线性回归方程。结果体检者根据动脉硬化检测仪的结论分为对照组和硬化组。硬化组的收缩压、舒张压均高于对照组(均P<0.05),2组的baPWV及ABI差异有统计学意义(均P<0.05)。2组之间血脂比较,其中TC、TG、LDL、VLDL、Apo B差异有统计学意义(均P<0.05),而HDL、Apo A、Lpa差异无统计学意义(均P>0.05)。建立baPWV线性回归方程:Y1=12.19X1+23.07X2+7.67X3-156.13(Y1代表baPWV值,X1代表年龄,X2代表甘油三酯,X3代表收缩压,R=0.740,R2=0.548,P<0.05)。ABI线性回归方程:Y2=0.732+0.002X1+0.002X2(Y2代表ABI值,X1代表年龄,X2代表身高,R=0.358,R2=0.128,F=18.284,P<0.01)。结论血脂八项中TC、TG、VLDL、Apo B是亚临床动脉硬化的影响因子,其中TG与亚临床动脉硬化之间有线性关系。; 李晓静洪海鸥郑浩然喻添翼周娟娟; 关键词：血脂臂踝脉搏波传导速度踝臂指数

基于颜色的自组织聚类分析图象检索算法被引量：19: 2003年; 本文提出了一种改进的迭代自组织聚类分析方法（ISODATA）来实现基于颜色的图象检索。算法选择符合的人的视觉的HSV模型，充分发挥了色度的描述作用。同时，选择HSV空间上的颜色直方图作为颜色特征，该特征描述了图像颜色的统计分布特征，且具有平移，尺度和旋转不变性，算法改进了ISODATA的初始聚类中心的选取方法，其初始聚类中心的选择是面向数据分布的，具有较好的通用性，因此适合各种分布特性的数据对象，实验结果表明，算法的检索精度明显好于传统的基于RGB直方图的检索结果。; 汪祖媛郑浩然等; 关键词：图像检索 HSV模型颜色直方图计算机

基于免疫算法的TSP问题求解被引量：121: 2000年; 描述了免疫算法的一种框架结构，并给出了用此免疫算法求解ＴＳＰ问题的具体实现方法，求解结果体现了免疫算法的良好性能。; 刘克胜曹先彬郑浩然王煦法; 关键词：免疫算法 TSP问题 NP问题

一种面向癌症个性化的代谢分析方法: 2022年; 目的不同类型的癌症之间,甚至是同一癌症类型的不同患者个体之间,在代谢重编程的精确表现上都具有异质性,因此导致相同的药物在不同的癌症患者体内会产生不同的结果,以致于很难找到一种通用的治疗方案。为了探究癌症的这种异质性,本文提出了一种分析癌症个性化代谢的新方法。方法本文使用来自癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的转录组数据,采用基于差异表达基因的代谢网络重构方法,通过对比每名患者的癌细胞和邻近正常细胞的基因表达数据之间的差异,还原重构出癌细胞相对原发组织细胞特有的那部分代谢网络。通过模拟基因敲除等手段,寻找潜在的癌症个性化治疗靶点基因。结果本文对来自TCGA的17种癌症类型的679对样本进行分析,发现了它们在癌症特异性代谢网络上的巨大差异,并得到大量的个性化治疗靶点。特别是其中63个靶点基因,它们只对特定的某位患者有效。结论不同的患者细胞癌变后发生的代谢变化具有很大的差异,需要进行个性化治疗方案的研究。本文提出的分析方法为癌症的个性化分析提供了新的思路,找到的个性化靶点也可以进行进一步的临床研究。; 冯昌奇郑浩然; 关键词：个性化差异表达基因

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