张留所
- 作品数：13 被引量：80H指数：4
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划教育部重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学历史地理更多>>
- 基于SAMPL的一种微卫星筛选方法在中国明对虾中的尝试
- 2006年
- 微卫星的发展主要受限于微卫星及其旁侧特异引物区的分离,在中国明对虾(Fenner-openaeus chinensis)中建立了选择性扩增多态微卫星位点(SAMPL,selective amplified mic-rosatellite polymorphic loci)技术体系,并初步尝试了基于SAMPL的一种微卫星筛选方法。通过5′端锚定引物引入微卫星序列,对传统SAMPL技术加以改进并以期富集简单重复序列。从测序胶上随机选择5条SAMPL条带(分别命名为S11,S13,S14,S22,S24)克隆测序,大小分别为161,157,147,152,298。其中S11,S13,S14,S22四个片段两端引物分别为AFLP选择性引物和SAMPL引物,S13和S22含微卫星序列重复,S24两端引物均为传统的AFLP引物,在此片断中有一(AG)39重复。
- 张留所孔晓瑜喻子牛孔杰相建海
- 关键词：微卫星
- 凡纳滨对虾微卫星位点在两个选育家系中遗传的初步研究被引量：24
- 2005年
- 利用两个选育凡纳滨对虾全同胞家系研究了10个微卫星位点的遗传特征。通过ABI310或3100测序仪检测,在所观察到的20个基因型比例(genotypic ratios)(10个微卫星位点×2个家系)中,有17个基因型比例符合孟德尔遗传。微卫星位点TUMXLv8.220在两个家系中均存在无效等位基因,从而3个不符合孟德尔遗传基因型中2个可由无效等位基因来解释。TUMXLv3.1在06家系偏离了1∶1∶1∶1的孟德尔预期比。3个微卫星位点(TUMXLv5.66,TUMXLv7.74,TUMXLv8.224)在两个家系中均表现单态。3个微卫星位点(TUMXLv5.45,TUMX-Lv7.56,TUMXLv8.256)在两个家系均既表现多态又遵循孟德尔共显性遗传,是亲子鉴定和种群遗传分析的较好选择。结果显示在应用微卫星标记进行遗传分析之前利用全同胞家系进行遗传模式研究是非常必要的。
- 张留所相建海
- 关键词：凡纳滨对虾微卫星
- 微卫星筛选及其在对虾遗传学研究中的应用
- 2007年
- 张留所相建海
- 关键词：微卫星遗传学简单重复序列对虾非编码区自动化操作
- AFLP技术在水生动物遗传学研究中的应用及前景展望被引量：16
- 2003年
- 综述了AFLP技术在水生动物遗传多样性、亲子代遗传关系、遗传图谱构建及功能基因相关分子标记、主效基因筛选等方面的应用,并简要介绍了AFLP技术发展及其在水生动物遗传学研究中的应用前景。
- 张留所孔晓瑜喻子牛孔杰
- 关键词：水生动物遗传学AFLP
- CRISPR/Cas9基因编辑技术在线虫中的应用进展和展望被引量：3
- 2018年
- 线虫属于线虫动物门,从陆地到海洋,从浅海到深海,线虫可以生存于几乎所有可栖息环境,是地球上数量最多的多细胞动物.线虫中不仅有生物医学研究领域的明星模式生物秀丽线虫(Caenorhabditis elegans),还包括对海洋生态环境具有重要意义的自由生活海洋线虫,以及引起人类、牲畜和农作物寄生虫病的寄生线虫等.近几年来,CRISPR/Cas9基因编辑技术的快速发展和广泛应用,带动了生命科学研究技术的革命.CRISPR/Cas9技术具有易构建、成本低、靶点广、效率高的优点,很快就成为了研究者不可缺少的实验工具.利用CRISPR/Cas9基因编辑技术研究线虫领域的重要科学问题,将加速人们对基因功能和重要生命过程规律的深入解析,并大大促进与线虫紧密关联的人类健康、产业经济和生态环境等领域的发展.本文总结了近期CRISPR/Cas9基因编辑技术在秀丽线虫以及其他线虫中应用的一些重要进展,并对其应用前景和未来的热点研究领域进行展望.
- 曹绪文张留所
- 关键词：线虫基因敲除基因敲入
- 海洋线虫Litoditis marina低氧胁迫响应的转录组分析
- 2023年
- 全球气候变化导致海洋氧含量降低,海水低氧胁迫对海洋无脊椎动物的生长、发育和繁殖造成了严重的威胁。以海洋线虫Litoditis marina为实验对象,观察了其在不同氧浓度(21%、3%、1%和0.5%)条件下的生长发育速率,并对不同氧浓度条件下的L1幼虫样品进行了转录组测序和分析。实验结果表明,当环境氧浓度从21%下降至3%时,L.marina的发育成熟速度明显加快,进一步下降至1%时,产卵时间延长并和21%氧浓度接近,但当氧浓度为0.5%时,L.marina的产卵时间显著延迟。比较转录组分析表明,相比于21%氧浓度环境,3%、1%和0.5%低氧条件下L.marina的糖酵解、糖异生、硫代谢和线粒体碳代谢等通路相关基因的表达显著上调;而寿命调控通路、细胞色素P450代谢通路和ABC转运蛋白相关基因的表达显著下调。研究结果发现的海洋线虫应对氧浓度胁迫的基因表达变化模式,为深入理解海洋无脊椎动物应答低氧胁迫分子机制提供了重要参考。
- 李博谢玉素李博
- 关键词：海洋线虫低氧胁迫糖酵解
- 中国明对虾一种抗菌蛋白(Crustin)基因的克隆与表达特征研究
- 抗菌肽作为甲壳动物非特异性免疫的重要体液因子,在抵御外来病原入侵过程中发挥着重要作用。目前在甲壳动物中已经报道的抗菌肽主要分为3类:对虾肽(Penaeidin)、抗菌蛋白(Crustin)和抗脂多糖因子(Anti-LPS...
- 柳峰松李富花刘逸尘张留所相建海
- 关键词：中国明对虾克隆CRUSTIN基因表达
- AFLP和SAMPL技术在中国对虾遗传分析中的初步应用
- 该文尝试利用AFLP及其相关技术SAMPL在中国对虾中筛选相关分子标记,并通过比较抗病中国对虾(第四代抗病虾)及对照(前几代抗病中国对虾、野生中国对虾)谱带差异,试图找到与中国对虾生长速度、抗病等性状相关的分子标记或主效...
- 张留所
- 关键词：AFLPSAMPL中国对虾人工养殖海产养殖
- 文献传递
- 海洋线虫Litoditis marina早期发育的转录组分析
- 2022年
- 全球气候和环境变化影响海洋动物的生长发育和繁殖等生命过程,探究环境因子调控发育的分子机制,需要深入了解海洋动物早期发育的生理和分子特征。以实验室驯化的潜在模式动物海洋线虫Litoditis marina为研究对象,对其胚胎期和孵化后发育早期2 h、4 h和6 h的L1幼虫样品进行了转录组测序和分析。结果表明,2 h、4 h和6 h的L1幼虫间差异较小,而三个L1幼虫样品与胚胎期相比,基因表达发生了显著变化。通过KEGG富集分析,发现与胚胎期相比,三个L1幼虫样品的多个通路如核糖体、核糖体生物发生、糖酵解/糖原异生、TCA循环和氧化磷酸化通路相关基因发生了显著上调。另外还发现多个神经递质和神经肽受体基因如dop-和npr-等在L1期转录水平显著上调。与胚胎期相比,L1幼虫的多个DNA复制和修复相关、Notch、Hippo和Hedgehog信号和剪切体等通路相关基因发生了显著下调。发现的L.marina早期发育转录组变化模式与已经发表的陆生模式生物秀丽线虫Caenorhabditis elegans从胚胎期到L1幼虫的转录组变化特征非常相似,但同一上调或下调通路中具体发生表达变化的基因有些不同。另外,L1幼虫显著上调的核糖体生物发生通路相关基因在秀丽线虫中发生了显著下调。进一步通过基因编辑等技术和方法深入研究发育调控关键基因的功能将为海陆近缘线虫间的发育进化机制、海洋线虫对潮间带环境适应以及全球气候变化应答的分子机制研究提供新认知。
- 王彤彤王彤彤
- 关键词：海洋线虫早期发育核糖体神经受体
- 凡纳滨对虾分子标记筛选、连锁图谱构建和QTL定位
- 利用AFLP和微卫星标记，以凡纳滨对虾F1全同胞家系为作图群体，构建了凡纳滨对虾的雌性和雄性遗传连锁图谱并对生长相关性状体长和体重进行了QTL分析。利用经过筛选的108对AFLP引物组合，对亲本和94个子代个体进行了分离...
- 张留所
- 文献传递
