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复杂网络体系重要时空动力学的理论研究: 近十年来,作为一门新兴的交叉科学,复杂网络在各个学科中有着广泛的应用。从整个人类社会到细胞内部的蛋白质,网络的概念为我们提供了一个认识现实复杂系统的新视角。现实中的复杂系统的复杂性大体上包含两个方面,一方面是个体动力学...; 沈瑜; 关键词：复杂网络耦合映象格子分岔; 文献传递

面向回填优化的作业时长预测被引量：5: 2019年; 高性能计算集群通常使用先来先服务等传统的作业调度方法,它具有良好的公平性,并且实现简单,但容易产生闲置的资源碎片.针对上述问题,一种的策略是使用回填,利用一些短时间小作业来填补系统等待期间的空闲资源碎片.但好的回填方法通常需要知道作业预期的运行时间,而用户或者不愿意提供作业预期运行时间,或者倾向于提供比实际运行时间更长的预期时间以避免作业被系统终止,因此我们有必要自行预测作业的运行时间. VASP是国内应用最普及的高性能计算应用软件之一,本文通过分析VASP作业特性,解析并抽取相应的作业特征集,提出一种基于贝叶斯的二次预测模型IRPA,对VASP作业进行运行时长的预测,最后进一步提出基于径向基网络分支及贝叶斯分类的混合预测模型BRBF,并且利用我校TC4600平台上的VASP作业数据集进行验证.实验结果和其他几个基本方法进行对比,表明IRPA以及BRBF的有效性以及在粗粒度下具有的较高预测准确率.; 吴桂宝沈瑜张文帅廖莎莎王琦琦李京; 关键词：回填径向基

超算中心典型科研应用特征统计与分析被引量：3: 2022年; 超算中心已经成为众多科研机构的重要科研基础设施,对基于MPI的高性能计算应用进行数据建模和分析对优化网络流量、资源调度等许多方面十分重要.已有的研究工作大都集中在超算中心大规模MPI整体使用情况,或小规模的某个特定应用的研究,缺乏对科研行业超算中心的研究.本文通过采集和跟踪中国科学技术大学超算中心最典型的两个应用的流量信息:小规模并行的VASP应用和大规模并行的OpenFOAM应用,对MPI各个函数调用的流量数据和数据包传输进行了统计分析并发现其特点和性质,得出了一些新结论,这些结论可以用于指导超算中心网络设计和优化.; 梁润秋沈瑜Naji Alhusaini何卓骋李京; 关键词：消息传递接口网络流量

RoCE协议下基于在网计算的MPI通信优化: 2022年; 高性能计算中,通信上的巨大开销已成为其算力提升的主要瓶颈之一,通信性能的优化一直是一个重要挑战.针对通信优化任务,提出一种基于在网计算技术降低通信开销的方法.该方法在基于以太网的超算环境下,利用RoCEv2协议、可编程交换机以及OpenMPI,实现将归约计算卸载到可编程交换机,支持Node和Socket两种通信模式.在真实超算环境下开展了集合通信基准测试和OpenFOAM应用测试实验,结果表明,当服务器节点数达到一定规模时,该方法在Node和Socket两种模式下相较于传统的主机通信,均呈现出较好的性能提升,其中集合通信基准测试有10%–30%左右性能提升,在应用级测试中应用整体性能有1%–5%左右提升.; 李嘉群蔡文杰沈瑜齐法制曾珊李京; 关键词：MPI 通信优化

复杂网络体系重要时空动力学行为的理论研究: 近十年来，作为一门新兴的交叉科学，复杂网络在各个学科中有着广泛的应用。从整个人类社会到细胞内部的蛋白质，网络的概念为我们提供了一个认识现实复杂系统的新视角。现实中的复杂系统的复杂性大体上包含两个方面，一方面是...; 沈瑜; 关键词：动力系统; 文献传递

并行广义本征值求解器GenELPA: 2018年; 高效率的大规模并行求解广义本征值方程是在计算电子结构等高性能计算学科中的一个重要课题,在未来E级计算的发展上有重要的意义。根据马普研究所近几年开发的一种面向P级应用的本征值求解库(eigenvalue solver for petaflop-applications,ELPA),针对广义本征值问题,开发了一款开源并行广义本征值求解器Gen ELPA,实现了从广义本征值问题到一般本征值问题的转换方法,避免了潜在的问题;然后调用ELPA进行计算,具有良好的计算速度和并行效率;同时采用了类似Sca LAPACK的接口,更加易于使用。在第一性原理软件ABACUS(atomic-orbital based ab-initio computation at USTC)中的实际应用表明该求解器具有理想的计算速度提升。; 沈瑜孙广中; 关键词：电子结构

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沈瑜