赵勇山
- 作品数：4 被引量：20H指数：3
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- 人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究被引量：6
- 2008年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.
- 楚慧郢郑清川赵勇山张红星
- 关键词：分子动力学模拟分子对接同源模建
- 几类重要蛋白的结构及其催化机理的理论研究
- 本文采用分子力学、分子动力学和量子力学的方法,对四种蛋白体系进行了深入的理论模拟研究,主要结果如下: 1.通过同源模建和分子动力学模拟方法,构建了人类酸性哺乳动物壳多糖水解酶(hAMCase)的三维结构,预测其活性区域,...
- 赵勇山
- 关键词：同源模建分子动力学抑制剂分子对接密度泛函
- 文献传递
- GSH对两种谷胱甘肽过氧化物酶模拟物活性影响的研究被引量：7
- 2008年
- 设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活力均比6-AnSeCD的高.为了进一步考察6-CySeCD和6-AnSeCD与GSH之间的相互作用,进行了分子动力学(MD)模拟和分子对接研究.结果表明,与GSH的结合使GPX模拟物的构象发生变化,这种改变可能是影响桥连GPX模拟物催化活性的关键因素.
- 郑清川吕绍武赵勇山牟颖罗贵民孙家锺
- 关键词：谷胱甘肽过氧化物酶模拟物分子动力学模拟分子对接
- 人类丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接被引量：7
- 2009年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式,明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基,为基于人类丝氨酸消旋酶三维结构的药物设计提供重要的参考信息.
- 赵勇山郑清川张红星楚慧郢孙家钟
- 关键词：分子动力学模拟分子对接同源模建
