丁俊杰
- 作品数：51 被引量：74H指数：5
- 供职机构：北京药物化学研究所更多>>
- 相关领域：理学医药卫生化学工程生物学更多>>
- 计算化学与化学武器公约（CWC）
- 1997年正式生效的《关于禁止发展、生产、储存和使用化学武器及销毁此种武器的公约》（简称化学武器公约（CWC））,至今已有22年。CWC制定了严格的宣布与核查措施（包括常规例行视察和质疑性视察）,并要求在其生效后全面执行...
- 丁晓琴丁俊杰潘里李大禹王亮亮
- 文献传递
- 3-甲基-7-二乙氨基-1,4-氧氮杂萘-2-酮的波谱性质量子化学从头计算被引量：2
- 2006年
- 以合成的重要荧光材料3-甲基-7-二乙氨基-1,4-氧氮杂萘-2-酮为例子,进行了一些有机含氮杂环化合物的红外、核磁性质Hartree-Fock(HF)和密度泛函(DFT)量子化学从头计算研究。通过系统构象搜寻,对低能量稳定构象进行了红外振动频率和1H、13C-NMR及偶合常数等光谱学性质的计算,并对计算结果进行详细的归属和解析。在化学位移计算方面,HF／631g(d)和DFT／BG3LYP／6311+g(2d,p)方法计算结果相当。但对于自旋偶合常数的计算,用HF／631g(d)方法不能得到准确的结果,只能用密度泛函大基组的方法才能得到比较准确的结果。计算结果表明有机分子光谱性质的理论计算尤其是核磁性质的计算是一种非常有效的辅助结构确定方法。
- 丁晓琴丁俊杰陈冀胜
- ω-芋螺毒素的定量构效关系与虚拟筛选被引量：2
- 2014年
- ω-芋螺毒素属于海洋生物活性多肽,由24-31个氨基酸残基组成.特异性作用于电压敏感的钙离子通道(VGCCs),能够直接开发成药物或作为先导化合物进行新药开发.本文应用新型氨基酸残基结构描述符cscales和遗传偏最小二乘算法,对ω-芋螺毒素进行定量构效关系(QSAR)研究,并设计、构建了容量为2244个化合物的N-型和P/Q-型VGCC拮抗剂虚拟组合多肽库,然后分别采用QSAR模型预测和相似性搜索方法对组合多肽库进行了虚拟筛选.研究结果表明,建立的N-型和P/Q-型VGCC拮抗剂QSAR模型均具有较好的预测能力,交叉验证相关系数(CV-r2)均大于0.89.主成分分析和聚类分析结果表明,虚拟组合多肽库中化合物具有较好的结构多样性和差异性.通过虚拟筛选,得到了具有高预测活性的6个N-型和19个P/Q-型钙离子通道拮抗剂,为进一步的合成和活性评价奠定了理论基础.同时,本文建立的多肽QSAR预测模型和虚拟筛选策略,为其它多肽类化合物的定量构效关系研究和虚拟筛选提供了参考.
- 丁俊杰丁晓琴李大禹潘里陈冀胜
- 关键词：钙离子通道拮抗剂QSAR
- α2A-肾上腺素受体的同源模建及与Yohimbine的对接研究被引量：2
- 2005年
- 通过对比多个与α2A-肾上腺素受体同属G-蛋白偶联受体的视紫红质蛋白序列,选择以相似性最大的牛视紫红质蛋白为模板,同源模建了α2A-肾上腺素受体的跨膜结构,并在结构中找到了体积为0.090nm3,已被报导的活性残基包围的活性位点.运用分子力学与动力学方法研究了此结构突变前后与抑制剂Yohimbine的对接情况,得到了与文献报道相吻合的结果.同时对接研究结果发现,在α2A-肾上腺素受体的结合位点周围的一个由色氨酸和两个苯丙氨酸组成的局部疏水区对抑制剂有稳定作用,并且天冬氨酸113作为氢键受体也对稳定抑制剂有重要作用.
- 赵立峰丁晓琴丁俊杰陈冀胜
- 关键词：跨膜蛋白同源模建对接YOHIMBINE
- 量子化学反应性指数及其应用
- 结构与性质(功能)关系研究是计算(量子)化学和计算(量子)生物学研究的中心内容,且体系的结构与性质进一步决定了其化学反应性能。概念密度泛函理论(Conceptual Density Functiontheory,CDFT...
- 丁晓琴潘里李大禹丁俊杰陈冀胜
- 基于量化描述符的QSAR用于化合物的毒性预测
- 自1962年Corwin Hansch首次构建定量结构-活性关系(QSARs)模型以来,QSAR发展已有近60年历史。作为药物化学研究中最常用和主流的计算工具之一,QSAR在化合物的毒性预测领域也日益崭露头角,这已被近几...
- 王亮亮潘里丁俊杰蒋辉丁晓琴
- 关键词：DFT毒性预测
- 文献传递
- S-(+)-Wieland-Miescher Ketone振动光学活性(VOA)谱理论计算
- S-(+)-Wieland-Miescher Ketone(文中简称S-WMK)是许多高活性天然产物全合成的关键中间体,分子结构见图1(上),为萘二酮型(naphthalenedione)化合物,相对刚性分子,含一个手性...
- 丁晓琴潘里丁俊杰李大禹
- 文献传递
- 有机磷类化合物31P-NMR量子化学计算研究
- 分子核磁性质计算正成为帮助我们对新化合物NMR光谱学性质进行归属和解析的有力工具,并能帮助我们对溶液中可能存在的构象进行分析。本文采用基于密度泛函理论(DFT)的GIAO方法,在6-31g、6-31+g(3d,2p)、6...
- 孙杨丁晓琴丁俊杰陈虹
- 关键词：量子化学计算密度泛函
- 文献传递
- 一种天然有机磷酸酯Anatoxin-a(s)反应性能的理论计算研究
- Anatoxin-a(s)是从淡水蓝藻水华鱼腥藻(Anabaenaflos-aquae)株NRC525-17中分离得到的一种天然有机磷酸酯。该化合物的极性较强,属于外周乙酰胆碱酯酶(ACh E)的不可逆抑制剂,毒性与VX...
- 王亮亮潘里丁俊杰蒋辉丁晓琴
- 关键词：有机磷酸酯乙酰胆碱酯酶相互作用
- 文献传递
- 梭曼与乙酰胆碱酯酶(AChE)受体的对接研究被引量：1
- 2005年
- 根据梭曼与AChE体系的对接要求,对CVFF力场中P-F键的参数进行了修改和补充。之后运用新建的力场参数,对梭曼与AChE进行了对接研究,并实现了应用量子化学/分子力学方法ONIOM(B3LYP/6-31G(d)//UFF)对大分子体系的计算研究。分子力学对接研究表明,新参数与原CVFF力场有较好的一致性,可以完全适应于所研究的体系。同时,通过计算得到10个低能量构象,其中两个最低构象的结构与ONIOM计算结果一致,这也表明对于研究大分子与小分子对接等过程特别是构象搜寻方面,CVFF力场仍然可以得到比较合理的结果。但ONIOM计算也显示出分子力场方法在处理受体与底物之间易发生化学反应或有化学反应产生趋势的体系时会产生误差,对强氢键的估计不足将限制其应用范围。
- 赵立峰丁晓琴丁俊杰陈冀胜
- 关键词：ONIOM梭曼ACHE对接
