乔海晅
- 作品数：10 被引量：8H指数：2
- 供职机构：天津医科大学生物医学工程与技术学院更多>>
- 发文基金：天津市自然科学基金国家自然科学基金天津市高等学校科技发展基金计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 基于MATLAB的隐马尔可夫模型预测蛋白质结构类
- 2012年
- 目的准确预测蛋白质结构类，为研究其空间结构及生物功能打下基础。方法应用隐马尔可夫模型（HMM）预测蛋白质结构类，分别构建3-状态HMM和8-状态HMM。数据来源于Chou和Zhou构建的蛋白质数据集，分别包含有204条蛋白质序列和498条蛋白质序列，通过留-法预测其准确率。结果所构建的3-状态HMM和8-状态HMM对全d类的预测准确率最高，尤其是3-状态HMM的预测准确率达到95％以上。与Chou数据集相比，Zhou数据集对于全B类和α／β类的预测准确率也有所提高，同时，总体预测率也提高了2％左右；但仅＋B类的预测准确率有所下降。结论将整条蛋白质序列作为预测模型的输入信息所构建的HMM模型能有效地预测蛋白质的结构类。
- 杨惠云石鸥燕乔海晅田心
- 关键词：隐马尔可夫模型
- 老年性痴呆大鼠血清的蛋白质组学研究被引量：1
- 2010年
- 目的以老年性痴呆（AD）大鼠为研究对象，应用蛋白质组学方法在血清中筛选与AD密切相关的蛋白质，为研究AD的发病机制提供理论支持。方法通过Morris水迷宫记忆行为学筛选符合痴呆标准的AD大鼠模型，收集AD组大鼠及假手术组大鼠的血清后，去除血清中的高丰度蛋白质并进行蛋白质浓度的测定，之后进行双向凝胶电泳，挑选差异最为明显的蛋白质点进行肽质量指纹图谱分析，经数据库查询，鉴定差异蛋白质。结果经观察二维凝胶电泳图谱后，发现AD组大鼠与假手术组大鼠的血清中共有10个差异明显的蛋白质点，选取了2个最为明显的蛋白质点进行鉴定，分别为：血浆视黄醇结合蛋白前体，补体成分4，基因2（C4b）。结论C4b是新发现的与AD相关的蛋白质，有可能是潜在的AD标志物，有助于更深刻地理解AD的发病机制。
- 杨惠云乔海晅田心
- 关键词：血清老年性痴呆蛋白质组
- TNF-α诱导B16细胞自体吞噬的作用研究
- 2012年
- 目的 研究肿瘤坏死因子a（TNF-a）诱导小鼠黑色素瘤B16细胞自体吞噬和自噬性死亡的作用.方法体外培养小鼠黑色素瘤B16细胞,TN F-a（20ng/ml）处理后不同时间点（12、24h）分别收取细胞,相差显微镜观察TNF-α处理前后B16细胞的生存状态,透射电子显微镜（TEM）观察TNF-a处理前后B16细胞内双层膜结构自体吞噬泡的情况,反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、蛋白免疫印迹分析自噬标记物微管相关蛋白1轻链3（LC3]和Beclin1以及自噬相关基因（Atg）Atg5、Atg7、Atg12表达的变化,以LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值作为自噬活性的指标,以Beclin1作为自噬性死亡的指标.结果TNF-a处理B16细胞24 h后自体吞噬泡数量增多.与对照组相比,TNF-α持续作用可以诱导自噬标记物LC3-Ⅱ和自噬性死亡标记物Beclin1蛋白表达增高,并且呈时间依赖性；同时自噬相关基因Atg5、Atg7 、Atg12 mRNA的表达在TNF-a处理12、24h后显著增高.结论TNF-α除了可以诱导B16细胞凋亡,还可诱导B16细胞发生自体吞噬并导致自噬性死亡.
- 鄢文慧赵立平乔海晅
- 关键词：肿瘤坏死因子-ΑB16细胞自体吞噬
- 基于差异蛋白质组学技术解析xCT缺陷诱导的细胞死亡机制
- 2014年
- 目的对Sut黑色素细胞和野生型黑色素细胞进行高分辨率差异蛋白质组学分析,探讨xCT缺陷引起细胞生长抑制的机制。方法分离Sut黑色素细胞和野生型黑色素细胞总蛋白,进行双向电泳和串联质谱分析,获得数值经Mascot软件处理后通过NCBI及Swiss-Prot蛋白质数据库检索,结合双向凝胶电泳相应点的表观等电点、相对分子质量、匹配肽段的多少和序列覆盖率等综合分析筛选差异蛋白质;逆转录-PCR分析Sut细胞差异蛋白mRNA表达水平,用蛋白免疫印迹法对xCT缺陷的Sut黑色素细胞进行自体吞噬分析。结果与结论得到20个明显上调或下调的蛋白,经MALDI-TOF质谱分析鉴定差异蛋白质,发现与自体吞噬和囊泡运输相关的调控因子(Anxa3、Hist1h2bk、NDRG1、CaM)以及与细胞转移相关的调控因子(S100A-4、S100A-6、波形蛋白)表达发生了改变;对自噬标志蛋白分析发现,在xCT缺陷的Sut细胞中发生了自体吞噬。结果表明,xCT缺陷可能通过与细胞外基质的黏附异常以及激活Sut黑色素细胞中自噬相关的信号通路,从而导致细胞的生长抑制和自噬性死亡。
- 齐建利李杨赵立平乔海晅
- 关键词：蛋白质组学自体吞噬
- xCT影响肝癌细胞转移的作用机制研究被引量：3
- 2014年
- 目的:探讨人类肝细胞癌中xCT(氨基酸转运系统system xc的功能性亚基)的表达对于自噬、EMT(上皮细胞间质化)和肿瘤细胞转移的影响。方法:用Western Blot和RT-PCR方法检测肿瘤细胞在xCT抑制剂SASP(柳氮磺胺毗啶)的作用下,其自噬和EMT过程相关基因的表达水平的改变。伤口愈合实验和Transwell分析xCT在受到抑制后,肿瘤细胞迁移能力的改变。结果:SASP处理过的97H人类高转移肝癌细胞与对照组相比,自噬相关蛋白LC3和Beclin1表达升高,EMT的标志物E-cadherin表达升高,Vimentin的表达降低,参与EMT过程的重要转录因子Snail表达降低。结论:抑制xCT的表达可以使人类高转移肝癌细胞发生自噬,降低转录因子Snail的表达,从而减弱EMT过程的发生并降低人类高转移肝癌细胞的转移能力。
- 李杨齐建利赵立平郑雪婷乔海晅
- 关键词：肝癌细胞自噬
- xCT缺陷的Sut黑色素细胞蛋白质组学研究
- 2011年
- 目的为研究xCT缺陷引起细胞生长抑制的机理提供理论依据。方法提取xCT缺陷的Sut黑色素细胞和野生型Mela黑色素细胞2组细胞总蛋白，分别进行二维凝胶电泳，分离2组细胞总蛋白。以Mela细胞做对照，以PDQuest软件分析Sut细胞蛋白质表达谱的变化。选择部分表达量明显变化的蛋白质进行质谱分析，将质谱分析结果输入MASCOT软件，在SWISS-PROT数据库中搜索，鉴定出差异蛋白质。结果和野生型Mela细胞相比，Sut细胞中有20个蛋白质发生了明显变化，其中10个蛋白质表达上调，10个蛋白质表达下调，分别选取上调蛋白质点和下调蛋白质点各4个进行鉴定。鉴定结果显示表达量上调的蛋白质为：Tubulin alpha—lb，S100-A6，Nucleoside，S-formylglutathione；表达量下调的蛋白质为：Calumenin，NDRG1，DPYSL2，14ku未知蛋白。结论获得了一些与xCT缺陷相关的蛋白质，为研究xCT缺陷引起的Sut细胞生长抑制机理提供理论依据。
- 时黎明赵立平何璐鄢文慧乔海晅
- 关键词：蛋白质组学
- xCT调节乳腺癌细胞转移的作用机制研究被引量：2
- 2015年
- 目的探讨x CT调节人类乳腺癌细胞株MDA-MB-231转移的作用及其机制。方法采用细胞划痕实验和Transwell实验分析x CT受到抑制和敲低后,人类高转移乳腺癌细胞株MDA-MB-231迁移及侵袭能力的改变。用Western印迹法和RT-PCR检测其自噬相关标志物LC3,上皮细胞间充质化(EMT)过程相关标志物钙黏蛋白E(E-cadherin)、波形蛋白(vimentin)以及Snail表达水平的改变。结果抑制和敲低MDA-MB-231细胞株中x CT的表达后,钙黏蛋白E表达升高,波形蛋白表达降低,转录因子Snail的蛋白水平降低,但其mRNA水平无明显变化,自噬相关蛋白LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值升高。结论抑制和敲低x CT的表达可使MDA-MB-231细胞株发生自噬,降解转录因子Snail,从而抑制EMT,降低MDA-MB-231细胞株的转移能力。
- 郑雪婷赵飞赵瑞赵立平乔海晅
- 关键词：乳腺癌细胞株MDA-MB-231自体吞噬RNA干扰
- TNF-α诱导B16细胞凋亡的核蛋白质组研究
- 细胞凋亡过程存在着一个复杂的调控网络，许多蛋白质参与细胞凋亡的启动和执行过程。在细胞凋亡的过程中，许多蛋白质在不同的亚细胞器间存在转位现象，包括质膜、内质网、线粒体和细胞核。其中细胞核是一个非常重要的细胞器，细胞凋亡的许...
- 乔海晅
- 关键词：肿瘤坏死因子细胞凋亡凋亡相关蛋白
- 文献传递
- 抗TNF-α骆驼化人源sdAbs库的构建及筛选
- 2013年
- 目的探索有效的抗体稳定性改构策略,筛选制备抗肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor alpha,TNF-α)稳定、高亲和力人源抗体。方法基于定点突变技术和核糖体展示技术,对人源抗体片段VH进行骆驼化稳定性改构,构建骆驼化人源单域抗体(single-domain antibodyies,sdAbs)库,以TNF-α作为筛选抗原,筛选特异骆驼化人源sdAbs。结果以前期构建的人源VH/K基因库为模板扩增VH基因;采用定点突变方法,将VH基因FR2中的4个疏水性氨基酸突变为亲水性氨基酸构建人源骆驼化sdAbs基因库;基于核糖体抗体库技术,构建用于核糖体展示的sdAbs基因库;经体外转录翻译后,以重组TNF-α作为筛选抗原,采用亲和富集法淘选特异性抗体基因;将筛选富集mRNA的RT-PCR基因产物克隆,并在原核系统pET-22b(+)/BL21(DE3)中实现可溶性表达,表达产物经ELISA鉴定,确认具有极高ELISA值的阳性克隆12、40,其序列分析表明是全新的抗TNF-α人源sdAbs;抗原特异性结合活性实验显示两者均可以特异性识别TNF-α,而不能与狂犬病毒糖蛋白和BSA结合,表明它们是特异针对TNF-α的人源基因工程抗体,而且均有很好的抗原浓度依赖性。结论该研究将抗体稳定性的定向改造法和进化方法相结合,筛选得到了具有较好抗原特异性和良好稳定性的人源抗体,为稳定性人源抗体的制备提供了理论依据及技术基础。
- 王俪蒙陈伟强张素娟王尚王静王涛乔海晅赵小玲
- 关键词：人源抗体单域抗体肿瘤坏死因子Α
- 肿瘤坏死因子诱导B16细胞凋亡的核蛋白质组分析(英文)被引量：3
- 2005年
- 为深入了解细胞凋亡的机制,研究了细胞凋亡过程中细胞核蛋白的变化.通过分离肿瘤坏死因子TNFα诱导的小鼠黑色素瘤B16细胞的细胞核并进行二维电泳分析,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.图像分析比较对照细胞和凋亡细胞的核蛋白发现,在凋亡细胞中有11个蛋白发生了明显的变化,6个蛋白下调,5个蛋白上调,对这11个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析.经数据库查询,初步鉴定出这些蛋白.其中4个含量增加的蛋白(HSP84,calreticulin,vimentin,GAPDH)均直接或间接地参与诱导细胞凋亡,另外1个含量增加的蛋白(plasminogen)尚未见其与细胞凋亡有关的报道.而6个含量降低的蛋白分别属于信号转导相关蛋白(guaninenucleotidebindingprotein,lamininreceptor1)、转录调控蛋白、mRNA转运蛋白(heterochromatinprotein1alpha,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA3,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA2B1)和未知功能蛋白(nucleolarproteinNO38).细胞凋亡过程中这些变化的核蛋白质的发现将有助于深入认识细胞凋亡的分子机制.
- 乔海晅王清明陈吉中范国才陈惠鹏
- 关键词：凋亡促凋亡蛋白蛋白质组学分析
