李午佼
- 作品数：21 被引量：57H指数：4
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- 相关领域：生物学农业科学医药卫生化学工程更多>>
- 林麝全基因组测序与分析（英文）
- <正>Background:The forest musk deer,Moschus berezovskii,is one of seven musk deer(Moschus spp.)and is distribut...
- 范振鑫李午佼戚文华晋家正崔凯严超超彭长军张修月沈咏梅岳碧松
- 关键词：全基因组测序
- 文献传递
- 德国小蠊全基因组中微卫星分布规律被引量：14
- 2015年
- 【目的】分析德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【方法】使用微卫星搜索软件查找德国小蠊基因组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,编写Python脚本对微卫星进行定位,并通过Blast2Go和KASS程序对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【结果】共找到1~6碱基重复类型的微卫星序列604 386个,总长度15 301 255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb)的0.75%,分布频率为1/3.37 kb,微卫星序列的长度主要在12~60个碱基长度范围内。不同类型的微卫星中,三碱基(226 876)重复类型微卫星数量最多,占微卫星总数的37.54%;四碱基(150 355)重复类型次之,占微卫星总数的24.88%;其余依次是单碱基(141 167)、二碱基(60 877)、五碱基(21 570)和六碱基(3 541)重复类型,分别占微卫星总数的23.36%,10.07%,3.57%和0.59%。出现最多的重复拷贝类别有:ATT,AAT,A,T,AAAT,ATTT和AT,共411 789个微卫星,占微卫星总数的68.13%,这7种类别的微卫星数量均大于30 000个。共有2 372个微卫星在外显子上,它们分别位于1 481个基因上。GO功能注释结果表明,其中434条归类于细胞组分(cellular component),402条归类于分子功能(molecular function),660条归类于生物学过程(biological process)。KEGG通路分析结果表明,与新陈代谢相关的基因最多(380个),其次是与机体系统相关的(276个),与遗传信息进程相关的基因最少(92个)。【结论】本研究为进一步系统深入分析德国小蠊微卫星功能及微卫星分子标记筛选打下了基础。
- 王晨杜联明李鹏杨茗羽李午佼沈咏梅张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊微卫星生物信息学功能注释基因组外显子
- 大熊猫血液转录组分析
- 大熊猫Ailuropoda melanoleuca是我国特有珍稀濒危动物,目前野生大熊猫仅有2500-3000只。大熊猫全基因组已测序完毕,预测了2万多个基因。然而大熊猫至今没有转录组数据,NCBI db EST数据库中...
- 杜联明李午佼沈福军杨茗羽范振鑫汪自立简佐义侯蓉岳碧松张修月
- 关键词：大熊猫转录组免疫基因注释选择性剪接
- 文献传递
- 二斑叶螨和肩突硬蜱基因组微卫星分布规律研究被引量：14
- 2013年
- 本研究利用已公布的二斑叶螨Tetranychus urticae和肩突硬蜱Ixodes scapularis的全基因组测序结果,对其基因组中的微卫星序列进行了系统分析和比较。结果表明:在二斑叶螨基因组中共找到微卫星7934个,出现频率为1/11.45kb,占全基因组碱基总数的0.16%,其中三碱基重复微卫星最多,占总数的72.83%;在肩突硬蜱基因组中共找到550629个微卫星,出现频率为1/3.21kb,占全基因组碱基总数的0.57%,其中单碱基重复微卫星最多,占总数的73.74%。另外,肩突硬蜱基因组中微卫星的重复次数普遍高于二斑叶螨基因组中微卫星的重复次数,二斑叶螨基因组中微卫星的GC含量(34.10%)明显高于肩突硬蜱(24.35%)。微卫星家族方面,二斑叶螨基因组倾向拥有更多的唯一序列(P<0.0001)。A、T、AG、TC、TG、GAT、ATTT、AATA是两个物种共有的常见核心重复序列。
- 汪自立黄杰杜联明李午佼岳碧松张修月
- 关键词：二斑叶螨基因组微卫星
- 林麝全基因组测序与分析
- 范振鑫李午佼戚文华晋家正崔凯严超超彭长军张修月沈咏梅岳碧松
- 德国小蠊(Blattella germanica)转座子进化分析
- 转座子是真核生物基因组的重要组成部分.其中自主型的逆转座子如LTR和LINE元件在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究中得到了广泛的应用.为了揭示德国小蠊(Blattella germanica)基因组中转座...
- 牟必琴李午佼严超超范振鑫张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊转座子
- 美洲大蠊(Periplanetaamericana)转录组学研究
- 李午佼杜联明张丽芳景洁范振鑫张修月岳碧松
- 德国小蠊(Blattellagermanica)转座子进化分析
- 牟必琴李午佼严超超范振鑫张修月岳碧松
- 化脓隐秘杆菌TP8基因组学研究
- 化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)可能是林麝脓肿病的原发致病菌。本研究采用Roche 454公司的GS FLX+第二代测序技术对从林麝脓包中分离到的一株化脓隐秘杆菌TP8进行全基因测序,经过读长过滤...
- 李午佼赵克雷康春兰黄挺张修月岳碧松
- 关键词：化脓隐秘杆菌基因组基因注释基因家族共线性
- 文献传递
- 美洲大蠊基因组重复序列分析
- 2017年
- 重复序列是真核生物基因组的重要组成部分。一些重复序列,如自主型的逆转录转座子LINE,在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用。de novo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta americana基因组,共鉴定出大约占全基因组62%的重复序列。研究发现,散在重复序列中,DNA转座子占美洲大蠊基因组的16.18%;逆转座元件中LINE最多,占基因组的13.64%,SINE和LTR分别占基因组的3.52%和1.32%。LINEs中的Bov Bs亚家族在所有转座子亚家族中比例最高(约6.73%)。美洲大蠊与德国小蠊Blattella germanica相比,除LTR外,其他类型的转座子占基因组的比例均高于德国小蠊。通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离,从美洲大蠊基因组中鉴定出一类BovBs:RTE-1_PAm。BovBs的反转录酶氨基酸序列的系统树表明,美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsis nevadensis的进化关系比与其同属蜚蠊科Blattidae的德国小蠊的关系更近。昆虫中BovBs的进化关系与传统核基因进化关系的不同,表明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性。
- 牟必琴严超超李午佼李静沈咏梅岳碧松
- 关键词：美洲大蠊基因组转座子系统进化
