程正华
- 作品数：16 被引量：6H指数：2
- 供职机构：浙江工业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金杭州市产学研合作项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学机械工程更多>>
- 一种基于抽象凸下界估计的蛋白质结构预测方法
- 一种基于抽象凸下界估计的蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：首先针对蛋白质高维构象空间采样难题，采用一系列变换方法将ECEPP/3力场模型转换为单位单纯性约束条件下的递增射线凸函数；基于抽象凸理论，证明并分析给出了递增射线...
- 张贵军邓勇跃程正华周晓根姚春龙张贝金明洁
- 文献传递
- 一种新的蛋白质结构预测多模态优化算法被引量：1
- 2013年
- 针对现阶段药物设计中对于蛋白质结构多模态的需求,提出了一种基于排挤差分进化策略的多模态优化算法。为了降低蛋白质构象空间求解的复杂度,算法采用能量极小化过程,有效缩小了可行域的搜索空间;同时,为了有效地平衡多模态优化问题的局部收敛性和模态多样性,在排挤差分进化算法的框架下,在保证算法收敛速度的前提下,算法采用空间局部性原理,同时随机选取不同交叉策略的集结思想又有效改善了种群的多样性。以脑啡肽为例,算法不仅得到了其全局最稳定结构,还获得了一系列局部最优结构。
- 程正华张贵军邓勇跃金媚媚
- 关键词：差分进化算法多模态优化
- 一种多模态蛋白质构象空间搜索方法
- 本发明提出了一种多模态蛋白质构象空间搜索方法，即在排挤差分进化算法的基础上，综合了空间局部性原理和集结过程思想，并采用能量极小化过程对实验所得蛋白质构象进行处理。空间局部性原理提升了算法的收敛速度，并有效地平衡了多模态优...
- 张贵军程正华邓勇跃周晓根何阳军姚春龙张贝金
- 文献传递
- 基于富网络属性路网模型配送问题研究及仿真被引量：2
- 2014年
- 为解决多仓库对多客户点进行配送以及在配送过程中车辆调度决策者面对道路突发状况的应急问题,采用组合优化算法对配送提供最短路径和最短时间两种决策模式进行研究.首先建立GIS富网络模型,包含道路等级权值,同时根据不同等级建立不同行车速度,求得相应的距离最短和时间最短OD矩阵;其次借鉴系统生物学中进化树分类的思想,对目标节点动态回溯分类,有效降低客户点数目,实现多仓库货存量协调优化;再次,建立配送模型,将非线性问题转化为线性问题,进而,采用线性规划计算得到配送方案.最后,结合杭州市卷烟配送实例验证了算法的有效性.
- 姚春龙张贵军程正华郭冰冰
- 关键词：进化树数学规划
- 一种基于片段组装的蛋白质构象空间优化算法被引量：3
- 2015年
- 针对蛋白质构象空间优化问题,提出一种基于片段组装的构象空间优化算法。算法利用基于Rosetta粗粒度的知识能量模型有效地提高了收敛速度;同时,借助片段组装技术可以有效弥补因能量函数不精确而导致的预测精度不足的缺陷;此外,差分进化算法的引入使得算法具有较好的全局搜索能力。5种测试蛋白的实验结果表明,所提算法具有较好的搜索性能和预测精度。
- 郝小虎张贵军周晓根程正华张启鹏
- 关键词：蛋白质结构预测差分进化算法
- 一种构象空间动态步长搜索方法
- 一种构象空间动态步长搜索方法，包括以下步骤：对构象空间按照能量和温度分层，在每一层中再细分得到“构象室”，完成构象空间的初始化；随机扰动氨基酸序列得到一个初始构象，通过Rosetta Score3计算得到其能量值，存入相...
- 张贵军郝小虎秦传庆周晓根程正华陈铭明洁
- 文献传递
- 基于差分进化和构象空间退火的蛋白质三维结构预测方法
- 针对蛋白质三维结构预测这个高维复杂的优化问题，本发明提出了一种综合差分进化算法和构象空间退火算法的一种蛋白质三维结构预测方法，将差分进化算法融入到构象空间退火算法中，形成混合优化算法。在构象空间退火算法的框架下，差分进化...
- 张贵军程正华姚春龙邓勇跃周晓根陈先跑
- 文献传递
- 一种基于富网络属性路网的物流配送方法
- 一种基于富网络属性路网的物流配送方法，包括以下步骤：A1.获得带有至少OBJECTID*，Shape*，NAME，Shape_Length，TIME5个字段的路网矢量数据，原始数据需要处理才能拓扑分析。A2.采用自动方法...
- 张贵军姚春龙张贝金陈麒伉程正华邓勇跃明洁刘玉栋秦传庆钟思恒
- 文献传递
- 基于集结过程的蛋白质构象优化方法
- 2013年
- 混合优化算法结合两种或更多种算法的优点,成为解决非凸优化问题的有效方法.针对蛋白质结构预测,提出了一种有效的混合优化算法.这个方法在传统的差分进化算法基础上,结合了集结过程思想,保存了较好的片段,并同时使用构象空间退火中的种子保存策略,可以得到更多质量较高的后代.实验表明:提出的方法可以有效的寻找到脑啡肽(Met-enkephalin)的最低能量构象,相比于其他现有方法,其可靠性更高,速度更快.
- 张贵军金媚媚程正华
- 关键词：蛋白质结构预测差分进化算法脑啡肽
- 一种基于富网络属性路网的物流配送方法
- 一种基于富网络属性路网的物流配送方法，包括以下步骤：A1、获得带有至少OBJECTID*，Shape*，NAME，Shape_Length，TIME5个字段的路网矢量数据，原始数据需要处理才能拓扑分析。A2、采用自动方法...
- 张贵军姚春龙张贝金陈麒伉程正华邓勇跃明洁刘玉栋秦传庆钟思恒
- 文献传递
