庄树林
- 作品数：38 被引量：62H指数：3
- 供职机构：浙江大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金宁波市博士基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：医药卫生环境科学与工程化学工程理学更多>>
- 人体CYP4503A4酶介导的叶菌唑代谢的对映体选择性差异
- 詹婷洁王京鹏鲁莉萍张小芳崔世璇陈佳炎庄树林
- 关键词：CYP3A4代谢分子动力学构象
- 基于多模态融合模型筛选跨胎盘转运化合物的方法、装置及储存介质
- 本发明公开了基于多模态融合模型筛选跨胎盘转运化合物的方法、装置及储存介质，属于化合物属性预测技术领域，该方法包括：(1)建立全品类跨胎盘转运数据集；(2)构建结合图卷积神经网络、深度神经网络、以及分类器的多模态融合模型；...
- 庄树林 高雨晨 邱语 沈礼来
- DDT-related pesticides induce conformational changes in the LBD of ER alpha and ERR gamma
- ＜正＞The organic chlorinated compounds such as DDT-related pesticides are a class of highly persistent environme...
- 庄树林张靖张丰张志生刘维屏
- 文献传递
- 一种基于机器学习的化合物胎盘膜透过性的预测方法
- 本发明公开了一种基于机器学习的化合物胎盘膜透过性的预测方法，包括以下步骤：(1)建立化合物胎盘膜透过性判断标准；(2)采集化合物建立BPBData数据集，得到样本数据和样本标签，并对样本数据进行预处理；(3)基于机器学习...
- 庄树林高雨晨崔世璇张家晨苟艺源赵启明
- 文献传递
- 多氯联苯的定量结构-性质(活性)关系被引量：36
- 2005年
- 多氯联苯(PCBs)是一类重要的持久性环境污染物.首先对所有209个PCB分子进行了HF/6-31G水平上的结构优化,在优化结构上获得了分子的表面静电势分布,并在此基础上对其统计导出的参数进行了计算.其后,运用多元线性回归方法对PCBs的水溶性、正辛醇/水分配系数、正辛醇/空气分配系数、土壤吸附性、水溶液活度系数、298K超冷流体蒸汽压、总分子表面积、色谱保留指数、升华焓、蒸发焓、熔融焓、PCB结合芳烃受体活性数据、生物降解度以及生物降解速率参数等理化性质和生物活性与分子的结构参数进行了关联.结果表明:分子静电势参数结合分子表面积和常规的量子化学参数可以很好地用于表达多氯联苯分子理化性质和生物活性与其分子结构间的定量关系.
- 邹建卫蒋勇军胡桂香曾敏庄树林俞庆森
- 关键词：定量结构-性质关系定量结构-活性关系分子静电势从头算多氯联苯
- 先天性静止性夜盲的分子遗传学研究进展被引量：2
- 2004年
- 先天性静止性夜盲(CSNB)是一类非进行性遗传性跟病,具有高度遗传异质性,患者在黑暗处视力受损。到目前已发现3个基因的5种杂合错义突变与常染色体显性遗传CSNB有关,这三个致病基因已被克隆,相关蛋白突变体的性质已通过体外表达得以研究,对于致病基因的结构、突变功能、蛋白突变体及其发病机制的研究目前已有了新的进展。
- 庄树林胡松年邹建卫商志才俞庆森
- 关键词：先天性静止性夜盲分子遗传学
- 分子起始事件在计算毒理学中的研究展望被引量：2
- 2021年
- 自2010年有害结局路径(adverse outcome pathways, AOPs)概念框架提出以来,化学品风险评估更加注重围绕关键毒性通路,并强化了分子起始事件(molecular initiating events, MIEs)研究.计算毒理学可在原子、分子水平上研究MIEs,揭示污染物与毒性通路相关的DNA、蛋白质等生物大分子的相互作用,能够促进基于毒性作用机制的化学品风险评估.随着计算毒理学、生物物理学、组学以及人工智能的快速发展,整合计算毒理学以及基于人源细胞的多组学研究,能够快速筛选关键毒性通路,识别相关生物大分子,定量表征MIEs并建立预测模型,强力助推化学品高通量测试及风险评估.
- 张家晨张良庄树林
- 关键词：相互作用风险评估
- TR受体二聚化影响配体解离通路的计算模拟
- Thyroid hormone receptors (TRs) are becoming an important target in enⅥronmental toxicityresearch .Chemicals m...
- 庄树林刘维屏
- 关键词：毒理学甲状腺激素受体环境污染物
- 文献传递
- 二苯甲酮BP-1及氯化产物雄激素干扰效应的高斯加速分子动力学模拟研究
- 紫外吸收剂2,4-二羟基二苯甲酮(BP-1)广泛应用于化妆品与防晒霜等个人护理品中,其残留在多种水体包括泳池水中被频繁检出[1]。针对BP-1在游泳池水中的实际暴露场景,模拟了BP-1在实际水体中的氯化过程,采用高分辨质...
- 詹婷洁张家晨张良庄树林
- 关键词：分子模拟联合毒性雄激素受体
- 文献传递
- 基于图神经网络模型的系统毒理学研究展望被引量：3
- 2021年
- 系统毒理学是建立在系统生物学基础上,综合多组学分析和传统毒理学方法,借助生物信息学和计算毒理学等模型化信息整合技术,对生物系统在外源化学物质扰动下保持稳定的能力进行评估,研究外源化学物质与生物系统相互作用机制的一门学科.转录组、蛋白质组、代谢组、暴露组等多组学数据,有多维度、多尺度、多关联的特征,为系统毒理学建模奠定了数据基础.如何利用计算建模,对多组学数据进行有效挖掘成为有待攻克的瓶颈.针对多组学数据的特点,基于网络的模型有着通用性强、灵活性强、包含节点间关系信息等优势,在系统毒理学中起到整合与挖掘多组学数据的关键作用.图神经网络(GNN)作为一种深度学习方法,在系统毒理学建模中展现了良好的应用前景.本文介绍了系统毒理学的研究目的、网络分析方法的研究策略,对GNN在系统毒理学领域的应用进行了展望.
- 王浩博王中钰陈景文张爱茜庄树林
- 关键词：网络分析方法
