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上海药物所药物研发信息管理平台简介: 2009年; 介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发信息平台方面积累宝贵的经验,具有十分重要的推广价值。; 廖国平于坤千陈湘萍冯华; 关键词：药物研发信息管理平台

刚性环状低聚物的二维有序单分子膜结构被引量：3: 2001年; The spreading behavior of new type of chiral and achiral rigid cyclic oligomer on the water surface was investigated by measuring the surface pressure(π) area( A ) isotherms, with the aim of comparison of new type LB films of chiral and achiral rigid cyclic oligomers. Molecular resolution atomic force microscope images of the Langmuir Blodgett(LB) film was observed and the structure of their two dimensional crystals on the basal plane of mica was studied.; 贲腾陈春海孙辉曹晖于坤千刘新才王兴裘赫吴忠文张万金夏清涛危岩; 关键词：LB膜 AFM 有机纳米功能材料

高性能计算在药物设计中的应用被引量：2: 2015年; 计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了高性能计算技术在蛋白质分子动力学模拟、药物虚拟筛选、药靶反向对接、个性化药物设计中的应用。; 刘婷婷于坤千; 关键词：分子动力学模拟

高分子体系玻璃化转变和扩散现象及分子自组装的分子动力学模拟研究: 该文利用分子力学方法和分子动力学模拟方法,分别对五种高分子的玻璃化转变、小分子在高分子母体中的扩散以及长烷基链酰氨基酸在云母表面自组装成层状结构等几个方面进行了研究,主要内容包括:对不同链骨架(C-C,Si-O,和C-O...; 于坤千; 关键词：分子动力学模拟云母; 文献传递

新药研发网格中药物分子的对接方法: 2011年; 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率.; 李正夫康玲于坤千王希诚; 关键词：网格计算药物分子设计受体配体

科研信息化助力合理药物设计新发展被引量：4: 2016年; 大数据时代,超级计算机促进了合理药物设计研发,这种药物研究模式的转变推动了创新新药发现又一个春天的到来。科研信息化基础设施的升级,包括高性能计算机处理器技术的不断更新,新的资源模式的出现,使得超算技术与计算生物学、计算化学密切结合,进一步为传统的药物发现和计算机辅助药物设计增添了新功能,加速了分子动力学模拟和虚拟筛选等的研究进程。文章从药物设计学方法研究、药代动力学模型设计和药物设计方法的具体应用三个方面对当今合理药物设计领域的新发展进行了评述,详尽阐释了科研信息化在提高效率、降低成本、加快进程、管控风险及提升研发价值和创新能力方面的优势。; 胡骏驰徐盼陈彦韬刘婷婷陆冬徐圆阳怀宇罗小民朱维良郑明月于坤千罗成蒋华良; 关键词：科研信息化合理药物设计计算机辅助药物设计

计算预知未来——基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区被引量：2: 2016年; 基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区得到了国家十三五重点研发专项的继续支持,通过项目实施将进一步推进高性能计算在生物信息和药物研发领域的应用服务。项目将从生物医药应用服务社区、精准医疗和个性化药物应用示范两个课题开展社区建设和应用服务推广的研究,为患者量身设计出最佳治疗方案,以期达到疗效最大化和副作用最小化;为医院临床研究提供可能的更精准更个性化的医疗解决方案,产生经济和社会效益。; 金钟刘倩肖景发于坤千; 关键词：高性能计算环境

数据到知识的沉淀——以信息化的手段驱动药物研发的新一轮创新被引量：3: 2016年; 计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了以信息化的手段驱动药物研发的新一轮创新,并作为案例,介绍了中国科学院上海药物所的"新药研发集成化平台",该平台将信息情报系统、GRP实验管理系统、GLP新药申报系统、和新药研发标准化流程管理系统进行整合,形成的新药研发信息管理支持平台,具有显著的技术集成创新性,可以从整体上提高药物研发的进度和质量。; 刘婷婷于坤千; 关键词：药物研发信息管理平台

计算机模拟蝎毒与钾离子通道的相互作用、相互识别: 本文用布朗动力学方法研究了钾离子通道与蝎毒的相互作用和相互识别的过程，阐明了它们之间的作用机制。基于Kv1.3钾离子通道的同源模建模型，我们综合采用布朗动力学方法和分子动力学方法研究了六种蝎毒分子AgTX2，ChTX，K...; 于坤千; 关键词：蝎毒钾离子通道计算机模拟生物学; 文献传递

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于坤千