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聚球藻Synechococcus sp.PCC 7336基因组结构解析: 2014年; 目的:对新测序菌株Synechococcus sp.PCC 7336的基因组结构分析。方法:利用多种生物信息学工具进行基本信息分析。构建本地比对数据库进行多序列比对分析。构建本地注释数据库进行基因、蛋白质功能分析。基于16S rRNA构建进化树对不同菌株进行聚类并分析进化差异。结果:GC含量为53.7%,共有5 096个蛋白质编码基因,47个RNA基因和不同类型的重复回文序列。与光合作用相关的基因分为9大类,信号传导以"双组分调控系统"为代表,11个次级代谢基因簇合成生物活性物质。进化分析显示其与传统聚球藻菌株差异较大,而与无类囊体蓝藻亲缘关系更密切。结论:Synechococcus sp.PCC 7336是聚球藻属中一个特殊的菌株,在基因组结构、基因数量、进化历程等方面都与其他菌株存在较大差异。; 李益饶妮妮刘汉明杨峰; 关键词：聚球藻基因组光合作用信号传导进化

结合主成分与独立成分分析识别胃癌相关差异表达基因的方法研究被引量：2: 2013年; 筛选潜在的差异表达基因能够帮助人们了解基因的功能及基因在疾病发生发展中的作用。由于主成分与独立成分分析的侧重点不同,因此,结合两种方法发展了一种识别胃癌相关差异表达基因新方法,以提高结果的准确度和可信度。从包含7129个基因和29个样本的胃癌基因表达谱数据中,新方法识别了16个与胃癌发生发展显著相关的差异表达基因,这些基因被认为值得进一步开展实验研究。研究结果对揭示胃癌发生与发展机制具有促进作用。; 陈战雷李博宇李益饶妮妮; 关键词：胃癌基因表达数据差异表达基因主成分分析

基于最大信息系数的永久性房颤差异表达基因识别被引量：6: 2015年; 心房颤动是一种常见的、与年龄相关的心律失常,由其所导致的脑卒中具有高致残率和致死率。通过对高通量基因表达谱的分析,可以帮助理解心房颤动的生物学过程和功能紊乱机制,并发现相关致病基因。新型的非参数统计方法——最大信息系数,在探索双变量之间的关联方面具有独特的优点。利用该方法,发现差异与非差异基因表达值与样本表型之间的关联程度不同,构建差异表达基因识别方法。对永久性房颤基因表达谱GSE2240的分析,识别出41个差异表达基因,其中有14基因是已有工作未发现的新差异表达基因。信号通路和富集分析表明,这些差异表达基因与房颤高度相关。同时,对乳腺癌基因表达数据GSE24037的分析,进一步说明该方法在差异表达基因识别方面的有效性。最大信息系数的非参数特性与抗噪能力,使它非常适合于差异表达基因的识别。; 刘汉明饶妮妮李益罗恒荣杨阳杨锋; 关键词：心房颤动差异表达基因

蓝藻非编码RNA Yfr7的生物学特征分析: 2014年; Yfr家族是广泛存在于蓝藻基因组中的一类非编码RNA,在细胞代谢和环境适应方面发挥重要作用。文中选取Yfr7作为研究对象,首先根据序列特征确定Yfr7的二级结构,然后结合动态规划和自由能的计算方法预测Yfr7的调控基因,从细胞定位、分子功能和调控路径三方面对这些基因进行分析,以快速发现Yfr7的功能,最后通过构建进化树来揭示Yfr7的遗传特征。结果表明:Yfr7拥有独立的启动子区和操纵子,通过保守片段5'-GTGCTCTGATCTGACT-3'与目标mRNA序列互补来调控特定基因的表达;目标基因包括看家基因和酶基因,这些目标基因的功能说明Yfr7广泛参与细胞的次级代谢;进化树聚类表明Yfr7与菌株光照类型有关,参与蓝藻最重要的光合反应;Yfr7与6S RNA在序列、结构和遗传距离上都高度一致,推测可能来自同一个祖先。这些研究结果可为进一步开展相关实验研究提供理论基础。; 李益饶妮妮杨峰杨阳张莹; 关键词：蓝藻分子功能进化

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李益