杨雪
- 作品数：22 被引量：16H指数：3
- 供职机构：中国科学院天津工业生物技术研究所更多>>
- 发文基金：天津市科技支撑计划重点项目国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：轻工技术与工程生物学文化科学化学工程更多>>
- 一种通过丙酮酸羧化酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法
- 本发明公开了一种通过丙酮酸羧化酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法。本发明对实验室驯化的耐受高浓度甲酸盐的野生型解脂耶氏酵母进行了转录组测序，通过代谢网络模型预测的通量分布数据辅助转录组学分析后，发现了一条来...
- 张燕飞杨雪陈倩马雨悦
- 一种通过苏氨酸醛缩酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法
- 本发明公开了一种通过苏氨酸醛缩酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法。本发明对实验室驯化的耐受高浓度甲酸盐的野生型解脂耶氏酵母进行了转录组测序，通过代谢网络模型预测的通量分布数据辅助转录组学分析后，发现了一条来...
- 张燕飞杨雪陈倩马雨悦
- 数字细胞模型的研究及应用被引量：3
- 2022年
- 组学分析技术的发展推动生物学逐渐成为一门以数据分析为中心的科学。依托生物数据在细胞整体系统水平建立数字细胞模型,对于理解细胞系统组织原理和生命产生进化规律,预测各种环境和基因扰动对细胞功能的影响并指导设计人工生命具有重要意义,因此数字细胞的构建模拟设计已成为合成生物学的核心研究内容与底层支撑技术。本文重点对天津工业生物技术研究所创立十年来在数字细胞研究方面的进展进行回顾介绍,重点包括基因组尺度代谢网络模型的构建、质控以及其在途径设计和指导菌种代谢工程改造方面的应用,进一步结合近年来细胞模型研究的前沿趋势,对整合多种约束的模型的构建和分析研究方面的最新成果进行了介绍,最后对数字细胞研究的未来发展方向进行展望。数字细胞技术将与基因组测序、合成和编辑等合成生物学前沿技术一起提升人们对生命进行读写改创的能力。
- 袁倩倩毛志涛杨雪杨雪马红武
- 关键词：代谢工程
- 多角度运用生物学信息构建糖酵解途径动力学模型
- 作为前体和能量的重要合成过程,糖酵解途径普遍存在于好氧与兼性厌氧生物的细胞中,其高效运转对于氨基酸、醇类、脂类等目标产物的合成具有普遍意义。动力学模型分析有利于理解生物系统的调控机制,从而为高效细胞工厂的理性设计提供指导...
- 杨雪马春玲马红武
- 关键词：动力学模型生物调控
- 文献传递
- 一种甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法
- 本发明公开了一种甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法。本发明对实验室驯化的耐受高浓度甲酸盐的野生型解脂耶氏酵母进行了转录组测序，通过代谢网络模型预测的通量分布数据辅助转录组学分析后，发现了一条来自于解脂耶氏酵母菌株内源的甲...
- 张燕飞杨雪陈倩马雨悦
- 一种通过双功能的乙酰-CoA水解酶/琥珀酰-CoA:乙酸-CoA转移酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法
- 本发明公开了一种通过双功能的乙酰‑CoA水解酶/琥珀酰‑CoA:乙酸‑CoA转移酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法。本发明对实验室驯化的耐受高浓度甲酸盐的野生型解脂耶氏酵母进行了转录组测序，通过代谢网络模型...
- 张燕飞杨雪陈倩马雨悦
- 一种通过甲酸脱氢酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法
- 本发明公开了一种通过甲酸脱氢酶过表达获得的甲酸利用的解脂耶氏酵母及其制备方法。本发明对实验室驯化的耐受高浓度甲酸盐的野生型解脂耶氏酵母进行了转录组测序，通过代谢网络模型预测的通量分布数据辅助转录组学分析后，发现了一条来自...
- 张燕飞杨雪陈倩马雨悦
- 基于酶约束的代谢网络模型研究进展及其应用被引量：6
- 2019年
- 基因组尺度代谢网络模型已经成功地应用于指导代谢工程改造,但由于传统通量平衡分析法仅考虑化学计量学和反应方向约束,模拟得到的是理论最优结果,对一些现象如代谢溢流、底物层级利用等无法准确描述。近年来人们通过在代谢网络模型中引入新的蛋白量、热力学等约束发展了新的约束优化计算方法,可以更准确真实地模拟细胞在不同条件下的代谢行为。文中主要对近年来提出的多种酶约束模型进行评述,对酶约束引入的基本思路、酶约束的数学方程表示及优化目标设定、引入酶约束后对代谢通量计算结果的影响及酶约束模型在代谢工程菌种改造中的应用等进行了全面深入的介绍,并提出了已有各种方法存在的主要问题,展望了相关方法的未来发展方向。通过引入新的约束,代谢网络模型能够更精确模拟和预测细胞在环境和基因扰动下的代谢行为,为代谢工程菌种改造提供更准确可靠的指导。
- 赵欣杨雪毛志涛马红武
- 关键词：代谢工程酶动力学热力学
- 多约束代谢网络模型的研究进展被引量：3
- 2022年
- 基于约束的基因组尺度代谢网络模型(genome-scale metabolic models,GEMs)分析已被广泛应用于代谢表型的预测。而实际细胞中代谢速率除计量学约束外,还受到酶资源可用性和反应热力学可行性等其他因素影响,在GEMs中整合酶资源约束或者热力学约束构建多约束代谢网络模型可以进一步缩小优化解空间,提升细胞表型预测的准确性。文中主要对近年来多约束模型的研究进展进行了综述,介绍了不同多约束模型的构建方法,以及其在研究基因敲除影响、预测可行途径和提供代谢瓶颈信息等方面的应用。将多种约束条件进一步与代谢模型整合,可更准确地预测细胞代谢的瓶颈和关键调控改造靶点,从而为工业菌种代谢工程改造提供精确的设计指导。
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- 关键词：关键酶
- 利用乙醇醛合成乙酰辅酶A及其衍生产品的新途径
- 本发明公开了一种利用乙醇醛合成乙酰辅酶A及其衍生产品的新途径，所述方法包括在酶催化下乙醇醛和3‑磷酸甘油醛反应生成5‑磷酸阿拉伯糖的反应，所述的酶选自醛缩酶、转醛醇酶、及其同工酶、突变酶。该方法的催化速率较高，反应路线的...
- 马红武杨雪袁倩倩江会锋
- 文献传递
