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牦牛部分功能基因密码子偏好性的聚类分析被引量：4: 2006年; 本文利用系统聚类法对牦牛部分功能基因进行了密码子偏好性的聚类分析,并同普通牛和猪的相关基因作了对比。结果表明:不同物种间,类型或功能相似的基因具有相近的密码子偏好性;三个物种的基因在类型或功能上的差异决定了其密码子使用偏好性的聚类结果;在功能或类型相近的前提下,物种间的差异在一定程度上决定了密码子使用的偏好性。; 赵胜张琴陈智华钟金城; 关键词：牦牛密码子偏好性聚类分析

肉兔微卫星标记与生产性能的相关性研究: 本研究检测了13个微卫星标记与家兔生产性状(产仔数、初生窝重、21天窝重、28天窝重、90天重)间的相关性,试验动物包括齐卡巨型兔、齐卡大型兔、齐卡巨型兔与齐卡大型兔的杂交后代、齐兴肉兔与齐卡大型兔的杂交后代、加利福尼亚...; 黄邓萍谢晓红雷岷曹胜兰银永忠张琴钟金城赵胜刘勇涛陈玉红; 文献传递

41条牦牛CDS序列的密码子偏好性分析被引量：8: 2005年; 密码子简并性特征造成了不同物种密码子使用偏好性不同.在对牦牛功能基因组学研究的基础上,利用EMBOSS中的CUSP程序、SMS2中的CodonUsage程序和软件Codonw对牦牛功能基因的41条CDS序列进行了密码子偏好性的分析,并与人、普通牛、猪等物种进行了比较基因组学研究.结果显示:TTC、TTG、CTC、CTG、ATT、GGA、GGG等27个密码子为牦牛的偏好性密码子.研究结果为以后进一步开展牦牛新基因的发现、功能基因表达调控研究、蛋白质结构和功能的预测以、与其他牛种的比较基因组举研究以及牦牛分子标记育种等工作.提供了理论基础.; 赵胜张琴廖伟璇何凯; 关键词：牦牛密码子偏好性

牦牛HSP72蛋白的生物信息学分析: 2006年; 利用一系列的生物信息学软件分析了牦牛HSP72蛋白的氨基酸组成、等电点、亚细胞定位、跨膜区、疏水/亲水区、结构域、特征位点、二级结构等蛋白质性质,并同普通牛、猪和人的蛋白作了对比。结果表明:牦牛的HSP72蛋白共有641个氨基酸;在所分析的指标中,牦牛的HSP72蛋白与普通牛、猪、人相比存在着一定差异,这些差异是否与它们的分布和适应性有关,还有待于进一步研究。; 钟金城竺笑赵胜陈智华刘盛纲; 关键词：牦牛生物信息学

影响鼻疽伯克霍尔德氏菌基因组密码子用法的因素分析: 鼻疽伯克霍尔德氏菌(Burkholderia mallei ATCC 23344)的基因组密码子使用受多种因素的影响,本研究根据该菌的完整基因组序列,运用多元统计分析和对应分析的方法,探讨了鼻疽伯克霍尔德氏菌全基因组序列...; 赵胜张琴陈智华赵益新钟金城; 文献传递

动物基因图谱的研究现状及其应用被引量：4: 2004年; 随着人类基因组测序的完成,近年来,动物基因组计划也取得了巨大进展.目前已有猪、牛、羊、马、鹿、鸡等动物绘制了较完善的遗传图谱.这些图谱的建立对了解动物整个基因组结构和对家畜中与重要经济性状相关的基因或遗传标记的鉴定及对家畜开展分子标记辅助选择均十分重要.该文从国内外构建动物基因图谱的方法、研究现状及发展趋势等方面对动物基因图谱的研究作了简要阐述;并探讨了其在基因定位、遗传分析、分子标记辅助选择和研究动物染色体行为等方面的应用.; 张琴赵胜何凯; 关键词：动物基因图谱遗传育种

牦牛肥胖基因和肿瘤坏死因子α基因的序列分析: 2004年; 肥胖基因(ob gene)是近年来刚被克隆的新基因,该基因的表达产物瘦蛋白(Leptin)具有调节体重、影响动物生长和繁殖率等一系列生物学功能.肿瘤坏死因子-α(Tumor Necrosis Factor-α,TNF-α)是一种主要由活化单核巨噬细胞和T淋巴细胞产生的多效性细胞因子,对TNF-α基因的基础及应用研究已成为近年来动物抗病育种的研究热点之一.本文克隆及测序分析了牦牛上述两个基因的部分片段,结果表明:ob基因大小为1773bp,TNF-α基因为1160bp,通过genebank中的blastn比较分析牦牛ob基因和TNF-α基因与普通牛种的相应基因同源性都高达98％.; 马省强江涛赵胜何凯张琴陈智华钟金城; 关键词：牦牛肥胖基因肿瘤坏死因子Α基因基因序列克隆

The Factors Shaping Synonymous Codon Usage in the Genome of Burkholderia mallei被引量：4: 2007年; Burkholderia mallei is regarded as a potential biological weapon by the Centers for Disease Control and Prevention. In this study, the main factors shaping codon usage in the genome of B. mallei ATCC 23344 were firstly reported. The results showed that the primary trend in codon usage variation in the B. mallei is due to translational selection; while compositional mutation bias is relatively the weaker influence and the hydrophobicity of each protein and gene length are only the minor influences. At the same time, 21 codons defined firstly as ＇optimal codons＇ might provide more useful information for the expression of target genes and development of a vaccine to prevent glanders.; 赵胜张琴陈智华赵益新钟金城

单核苷酸多态性研究进展被引量：10: 2004年; 单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在系统分析研究相关资料的基础上,论述了SNP的概念、优点、检测分析方法及其应用领域.; 何凯张琴赵胜; 关键词：单核苷酸多态性分子标记

牦牛HSP72基因的结构及生物信息学分析被引量：1: 2006年; 克隆测序了牦牛HSP72基因的全序列,并分析了该基因的结构,以及HSP72蛋白的氨基酸组成、等电点、亚细胞定位、跨膜区、疏水/亲水区、结构域、特征位点、密码子偏好性、二级结构等蛋白质性质。结果表明:牦牛的HSP72基因序列全长为1926bp,无内含子,共编码641个氨基酸;牦牛的HSP72基因和HSP72蛋白与普通牛、猪、人相比存在着一定差异,这可能是导致他们之间对温度适应性差异的主要原因之一。; 钟金城竺笑赵胜陈智华; 关键词：牦牛生物信息学

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赵胜