刘学军 作品数:78 被引量:161 H指数:6 供职机构: 南京航空航天大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 中国航空科学基金 中央高校基本科研业务费专项资金 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 航空宇航科学技术 医药卫生 电子电信 更多>>
基于RNA-seq数据的差异基因和异构体检测 被引量:2 2016年 基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布,通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现存的负二项分布模型大都是直接对基因读段计数进行建模,不能进行差异异构体检测.提出基于PGseq模型计算出的基因和异构体表达水平的负二项分布模型,采用exact test方法进行差异分析,解决了异构体的差异检测的问题.经实验验证,该方法在基因和异构体两方面的差异检测中都具有较高的准确度和灵敏度. 王黎黎 刘学军 张礼关键词:RNA-SEQ 差异基因 负二项分布 EXACT TEST 基于并行计算的大规模外显子芯片数据分析 2015年 快速准确地计算出转录组表达水平对转录组研究具有重要的作用。本文针对伽玛分布的概率模型(Gamma model for exon array data,GME)在处理大规模外显子芯片数据集上效率低下的特点,提出一种充分利用多核处理机或者集群环境来提高效率的并行计算方法。首先分析GME模型的原理,其次分析模型并行算法的选择,最后在不同规模的数据集上分析并行计算的效率。通过实验验证了并行计算极大地提高了模型的计算效率。实验结果表明,与先前的串行计算相比,并行计算使得GME模型更适用于大规模的外显子芯片分析。 张武军 刘学军 张礼关键词:基因表达 并行计算 一种用于机翼气动载荷重构的传感器优化布置方法及装置 本发明实施例公开了一种用于机翼气动载荷重构的传感器优化布置方法及装置,涉及流体力学的流场重构技术领域,能够利用有限传感器达到最高重构精度,最终可以一定程度上节约实验成本。本发明包括:接收客户端发送的模型信息,所述模型信息... 刘学军 余柏杨 吕宏强 虞建一种用于数据处理的跨模态检索方法及系统 本发明实施例公开了一种用于数据处理的跨模态检索方法,涉及图文数据处理领域,能够在具有较强的跨模态相似性的同时,还减少信息损失。本发明包括:将待处理的样本数据,输入模态特定的预处理模块并进行特征提取,并得到特征向量信息。将... 冯爱民 王鸿飞 刘学军文献传递 基于多样本RNA-Seq数据的表达水平估计方法 被引量:1 2016年 随着下一代高通量DNA测序的快速发展,RNA-Seq测序已成为转录组学分析的标准技术。在处理多样本RNA-Seq数据时,现有表达水平估计方法通常基于单个样本逐个处理,忽略了基因读段分布在样本间高度相似的特点。因此,提出了一个基于多样本RNA-Seq数据的表达水平估计方法,称为MRSeq。其关键是通过建立偏差曲线估计模型获得基因读段分布在样本之间的共享特征,通过偏差权重将共享特征嵌入到模型中,用来修正读段数据,同时通过增加稀疏约束来表现基因和异构体表达水平之间的稀疏性。进而将该模型应用到多个真实数据集进行评测,与目前主流方法的比较结果表明:MRSeq不仅能得到准确的基因和异构体表达水平,同时也获得了更有意义的生物解释。 张礼 刘学军 陈松灿关键词:RNA-SEQ 一种磁场辅助激光焊接熔池磁流体-热电磁效应模拟方法 本发明公开了一种磁场辅助激光焊接熔池磁流体‑热电磁效应模拟方法,属于焊接过程多物理场数值模拟技术领域。该方法基于连续性方程、N‑S方程、能量方程及电流守恒方程建立了磁控激光焊接熔池热‑流‑电磁耦合数学模型,充分考虑了由温... 陈纪城 唐枫叶 蔡佳思 金洪西 魏艳红 刘学军文献传递 一种用于CFD的通用网格自适应方法 本发明实施例公开了一种用于CFD的通用网格自适应方法,涉及流体力学的流场分析实验技术领域,能够提高CFD计算的精度和收敛性,同时,在不需要更新流场解并且实现容易的前提下,计算效率不会差于应用初始网格本发明包括:建立流场方... 刘学军 吕宏强 虞建 武廷繁文献传递 基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测 被引量:3 2017年 近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。 欧书华 刘学军 张礼关键词:KL散度 用于目标相关翼型设计的贝叶斯优化方法、装置及存储介质 本发明实施例公开了一种用于目标相关翼型设计的贝叶斯优化方法、装置及存储介质,涉及飞行器设计技术和最优化技术,能够提升设计效率、提高优化性能。本发明包括:生成初始训练样本,数值仿真软件对初始样本性能评估,训练CMOGP代理... 刘学军 刘子敬 吕宏强文献传递 基于零样本学习的吉布斯噪声消除方法及装置 本发明实施例公开了一种基于零样本学习的吉布斯噪声消除方法及装置,涉及计算流体力学的激波捕捉领域,能够通过消除吉布斯噪声的方式捕捉激波,确保数值计算顺利进行。本发明包括:服务器接收客户端发送的待处理流场数据,待处理流场数据... 吕宏强 刘嘉文 刘学军