张小白
- 作品数：4 被引量：72H指数：2
- 供职机构：南京航空航天大学自动化学院生物医学工程系更多>>
- 发文基金：江苏省自然科学基金国家留学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 布氏锥虫线粒体蛋白质组及其表达调控的研究
- 锥虫病对人类健康和经济发展的危害极其严重，已被世界卫生组织列为重点防治对象之一。随着寄生性原虫基因组计划的实施，对人体有致命威胁的三种代表性寄生原虫(包括布氏锥虫、克氏锥虫和利什曼原虫)的全基因组测序工作已经完成，为锥虫...
- 张小白
- 关键词：布氏锥虫线粒体蛋白质亚细胞定位
- 文献传递
- 用ENDEAVOUR软件鉴定肥胖症致病基因GAD2被引量：2
- 2011年
- 鉴别复杂疾病致病基因对于治疗和预防疾病作用非常重要,致病基因预测软件是鉴别致病基因的有效工具。位于染色体10p12的基因GAD2是尚有争议的肥胖基因,许多研究者用实验方法研究基因GAD2,却得出了不一致的结论。基于生物计算的致病基因预测软件能弥补实验的不足,已成为揭示疾病发病机理和预测致病基因的有效途径,本文采用ENDEAVOUR软件来验证基因GAD2是否为肥胖症致病基因,该软件运用多种生物数据,根据每一个候选基因与已知致病基因的相似程度以排序,结果在35个候选基因中,基因GAD2排在最前面,表明基因GAD2最可能是肥胖症致病基因。预测结果有利于重新解释基因GAD2的生物功能,促使肥胖症药物的研制及治疗水平的提高。
- 张焕萍张小白
- 关键词：致病基因肥胖症
- 一种无参数的微阵列缺失值填补方法(英文)
- 2007年
- 微阵列数据中的缺失值会对随后的数据分析造成影响。因此,正确地估计这些缺失值是很必要的。将一个k值选取算法结合到有序的局部最小二乘填补算法中,提出了一种无参数的缺失值填补方法(SLLSkimpute)。该方法的三个特点是:第一,无需事先确定参数;第二,针对不同的目标基因使用不同数目的邻居基因;第三,有序地估计缺失值,并有选择地将已得到的估计值应用到后续的估计过程中。实验结果证实了该算法的有效性,其估计性能优于其它一些常用的填补方法。
- 张小白王惠南宋晓峰张焕萍
- 关键词：缺失值最小二乘法微阵列数据
- 人类胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位的相关性研究被引量：70
- 2011年
- 胞内蛋白的稳定性直接影响着生命活动与细胞周期。蛋白的选择性降解是通过泛素-蛋白酶体途径实现的,它是蛋白消亡的主要方式之一,同时也是细胞主动调节自身状态的体现。蛋白的稳定性除了与自身序列和结构相关外,还和成熟蛋白所处的细胞内环境,即蛋白的亚细胞定位有关。本文主要从蛋白质在细胞中的区域化分布角度研究其与蛋白寿命的关系。结合大量的蛋白半衰期实验数据以及生物信息数据库,文章统计并分析了每个蛋白的定位信息,并进一步研究了与定位有关的信号肽情况,以及应用F检验筛选出了部分能够显著区分长短寿命蛋白的N端序列特征。结果表明胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位之间存在一定的关联性。短寿命蛋白往往定位于细胞膜或者膜性囊泡结构上,大多由信号肽引导定位,作为细胞的分泌蛋白、信号转导蛋白或者功能性蛋白发挥作用并迅速降解;而长寿命蛋白多数属于持家蛋白,定位于细胞胞浆中或直接在胞浆中合成,作为细胞骨架或者发挥着支撑细胞的作用。另外,蛋白的区域化分布影响着蛋白质的折叠、聚合以及翻译后修饰,这些过程与蛋白的稳定性有着密切的联系。本研究为将来蛋白稳定性的深入研究提供了新的思路,同时也为生物信息学中开发蛋白质稳定性相关的预测工具提供了参考。
- 贾浩张小白宋晓峰
- 关键词：亚细胞定位信号肽
